NIPD op cffDNA voor Triplet Repeat Diseases

Context:

Het vermogen om foetaal cfDNA te sequensen heeft geleid tot opwindende nieuwe ontwikkelingen voor de niet-invasieve genetische diagnose van monogene ziekten (DPNI_MGR). Er worden verschillende tests voorgesteld voor ziekten met overwegend de novo dominante, dominante vaderlijke en sommige recessieve vaderlijke mutaties. Er blijven echter technische problemen met betrekking tot de bepaling van de maternale allelische balans bestaan, met name tijdens de fasering van haplotypes van de ouders volgens een triostrategie die de beschikbaarheid van genomisch DNA van de ouders en ten minste één gezond of aangetast kind vereist. Bovendien staan ​​sequencers van de tweede generatie geen haplotypering toe van allelen die dynamische mutaties dragen.

Doelstellingen:

Dit project stelt de validatie voor van een semi-universele DPNI_MGR-test die toepasbaar is op de meerderheid van de genen en mutaties die betrokken zijn bij DPN-verzoeken door fasering van ouderlijke haplotypes door 3e generatie DNA-sequencingtechnieken met lange fragmenten in combinatie met gerichte sequencing van vrij circulerend DNA uit maternaal plasma . Deze test zal worden gevalideerd met behulp van triplet-expansieziekten, de tweede indicatie van DPN op nationaal niveau.

Methodologie :

Retrospectieve studie van 16 paren die het risico lopen een ziekte met triplet-uitbreidingen over te dragen (Myotone dystrofie van Steinert, ziekte van Huntington, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fase 1 :

• Bepaling van 8 paren ouderlijke haplotypes volgens de techniek "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) en validatie van de analytische parameters en kwaliteit van deze methode (dekkingsgraad van de interessegebieden, foutenpercentage, identificatie van de ziekelijke alleldragende de uitbreiding ...),
• Vergelijking van de ouderlijke haplotypes verkregen in "Nanopore" -techniek versus die verkregen door de "Linked Reads 10xGenomics" -techniek in dezelfde 8 paren (de sequencing- en faseringsgegevens door deze 2e benadering zijn beschikbaar uit een eerdere studie),
• Evaluatie van de concordantie van de foetale genotyperesultaten verkregen tijdens het standaardonderzoek (DPN door vruchtwaterpunctie of choriocentese) en die verkregen met deze nieuwe benaderingen van fasering in PNID.

Fase 2:

- Validatie van de best presterende workflow (efficiëntie / kosten) van fase 1 over 8 extra paren voor een klinische overdracht van de aanpak.

Verwachte resultaten en vooruitzichten:

Deze studie moet het mogelijk maken om de best presterende test voor de DPNI van triplet-expansieziekten te definiëren in overeenstemming met de kennis van het vakgebied en om de overdrachtsvoorwaarden in de klinische praktijk van de aanpak te valideren (apparatuur, reagentia, kostenanalyse, analytische validatiecriteria ....).

De gevalideerde workflow moet zo universeel mogelijk zijn om secundair toegang op nationaal niveau te bieden tot een breed scala aan zeldzame ziekten NIDP door toekomstige aanpassingen van de geninhoud van de vrij circulerende DNA-sequencingpanels.