NIPD på cffDNA för Triplet Repeat Diseases

Sammanhang:

Förmågan att sekvensera fetalt cfDNA har lett till spännande nya utvecklingar för den icke-invasiva genetiska diagnosen av monogena sjukdomar (DPNI_MGR). Olika tester föreslås för sjukdomar med övervägande de novo dominanta, dominanta paternala och vissa recessiva paternala mutationer. Emellertid kvarstår tekniska svårigheter relaterade till bestämning av moderns allelbalans, i synnerhet under fasningen av föräldrahaplotyper enligt en triostrategi som kräver tillgången på förälders genomiska DNA och åtminstone ett friskt eller påverkat barn. Dessutom tillåter inte andra generationens sekvenserare haplotypning av alleler som bär dynamiska mutationer.

Mål:

Detta projekt föreslår validering av ett semi-universellt DPNI_MGR-test som är tillämpligt på majoriteten av generna och mutationerna som är involverade i DPN-förfrågningar från fasning av parentala haplotyper genom 3:e generationens långa fragment DNA-sekvenseringstekniker i kombination med riktad sekvensering av fritt cirkulerande DNA från moderns plasma . Detta test kommer att valideras med triplettexpansionssjukdomar, som är den andra indikationen på DPN på nationell nivå.

Metodik:

Retrospektiv studie av 16 par som riskerar att överföra en sjukdom med triplettexpansion (Myotonisk dystrofi av Steinert, Huntingtons sjukdom, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fas 1 :

• Bestämning för 8 par av parentala haplotyper enligt tekniken "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) och validering av de analytiska parametrarna och kvaliteten på denna metod (täckningsgrad för regionerna av intresse, felfrekvens, identifiering av den sjukliga allelen som bär på expansionen...),
• Jämförelse av föräldrahaplotyperna som erhållits i "Nanopore"-tekniken mot de som erhållits med "Linked Reads 10xGenomics"-tekniken i samma 8 par (sekvenserings- och fasdata med denna andra metod är tillgängliga från en tidigare studie),
• Utvärdering av överensstämmelsen mellan de fostergenotypresultat som erhölls under standardundersökningen (DPN genom fostervattenprov eller choriocentes) och de som erhölls med dessa nya metoder för infasning av PNID.

Fas 2:

- Validering av det bästa arbetsflödet (effektivitet / kostnad) av fas 1 över 8 ytterligare par för en klinisk överföring av metoden.

Förväntade resultat och framtidsutsikter:

Denna studie bör göra det möjligt att definiera det bäst presterande testet för DPNI av triplettexpansionssjukdomar i enlighet med kunskapen inom tekniken och att validera överföringsförhållandena i klinisk praxis för metoden (utrustning, reagens, kostnadsanalys, analytiska valideringskriterier ....).

Det validerade arbetsflödet bör vara så universellt som möjligt för att sekundärt ge nationell nivå tillgång till ett brett spektrum av sällsynta sjukdomar NIDP genom framtida justeringar av geninnehållet i de fritt cirkulerande DNA-sekvenseringspanelerna.