NIPD en cffDNA para enfermedades de repetición triplete

Contexto:

La capacidad de secuenciar cfDNA fetal ha dado lugar a nuevos e interesantes desarrollos para el diagnóstico genético no invasivo de enfermedades monogénicas (DPNI_MGR). Se proponen varias pruebas para enfermedades con mutaciones predominantemente de novo dominantes, dominantes paternas y algunas recesivas paternas. Sin embargo, persisten las dificultades técnicas relacionadas con la determinación del equilibrio alélico materno, en particular durante la fase de haplotipos parentales de acuerdo con una estrategia de trío que requiere la disponibilidad de ADN genómico parental y al menos un niño sano o afectado. Además, los secuenciadores de segunda generación no permiten el haplotipado de alelos que portan mutaciones dinámicas.

Objetivos:

Este proyecto propone la validación de una prueba semiuniversal DPNI_MGR aplicable a la mayoría de los genes y mutaciones involucrados en las solicitudes de DPN de la eliminación gradual de haplotipos parentales mediante técnicas de secuenciación de ADN de fragmentos largos de tercera generación junto con secuenciación dirigida de ADN circulante libre del plasma materno. . Esta prueba se validará utilizando enfermedades de expansión de tripletes, que son la segunda indicación de DPN a nivel nacional.

Metodología :

Estudio retrospectivo de 16 parejas en riesgo de transmitir una enfermedad con triplete expansiones (Distrofia miotónica de Steinert, enfermedad de Huntington, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fase 1 :

• Determinación para 8 pares de haplotipos parentales según la técnica "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) y validación de los parámetros analíticos y calidad de este método (tasa de cobertura de las regiones de interés, tasa de error, identificación del alelo mórbido portador la expansión ...),
• Comparación de los haplotipos parentales obtenidos en la técnica "Nanopore" versus los obtenidos por la técnica "Linked Reads 10xGenomics" en estos mismos 8 pares (los datos de secuenciación y fase por este segundo enfoque están disponibles en un estudio anterior),
• Evaluación de la concordancia de los resultados del genotipo fetal obtenidos durante el examen estándar (DPN por amniocentesis o coriocentesis) y los obtenidos con estos nuevos enfoques de phasing in PNID.

Fase 2:

- Validación del flujo de trabajo de mejor desempeño (eficiencia/costo) de la fase 1 sobre 8 pares adicionales para una transferencia clínica del abordaje.

Resultados esperados y perspectivas:

Este estudio debe permitir definir la prueba de mejor rendimiento para la DPNI de enfermedades de expansión triple de acuerdo con el conocimiento del arte y validar las condiciones de transferencia en la práctica clínica del enfoque (equipo, reactivos, análisis de costos, criterios de validación analíticos ....).

El flujo de trabajo validado debe ser lo más universal posible para proporcionar de forma secundaria acceso a nivel nacional a una amplia gama de NIDP de enfermedades raras mediante ajustes futuros del contenido genético de los paneles de secuenciación de ADN de libre circulación.