NIPD cffDNA:ssa toistuvien kolmoissairauksien varalta

Konteksti:

Kyky sekvensoida sikiön cfDNA:ta on johtanut jännittäviin uusiin kehitykseen monogeenisten sairauksien ei-invasiiviseen geneettiseen diagnoosiin (DPNI_MGR). Erilaisia ​​testejä ehdotetaan sairauksille, joissa on pääosin de novo -dominantteja, hallitsevia isän ja joitain resessiivisiä isän mutaatioita. Äidin alleelitasapainon määrittämiseen liittyvät tekniset vaikeudet ovat kuitenkin edelleen olemassa, erityisesti vanhempien haplotyyppien vaiheistuksen aikana triostrategian mukaisesti, joka edellyttää vanhempien genomisen DNA:iden ja vähintään yhden terveen tai sairaan lapsen saatavuutta. Lisäksi toisen sukupolven sekvensserit eivät salli dynaamisia mutaatioita sisältävien alleelien haplotyypitystä.

Tavoitteet:

Tämä projekti ehdottaa puoliuniversaalisen DPNI_MGR-testin validointia, jota voidaan soveltaa useimpiin geeneihin ja mutaatioihin, jotka liittyvät vanhempien haplotyyppien vaiheittamiseen liittyviin DPN-pyyntöihin kolmannen sukupolven pitkän fragmentin DNA-sekvensointitekniikoilla yhdistettynä äidin plasmasta vapaasti kiertävän DNA:n kohdistettuun sekvensointiin. . Tämä testi validoidaan käyttämällä triplettilaajenemissairauksia, jotka ovat DPN:n toinen indikaatio kansallisella tasolla.

Metodologia :

Retrospektiivinen tutkimus 16 pariskunnalla, joilla oli riski saada tauti, jossa on kolmoislaajeneminen (Steinertin myotoninen dystrofia, Huntingtonin tauti, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Vaihe 1 :

• 8 vanhempien haplotyyppiparin määrittäminen tekniikalla "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) ja tämän menetelmän analyyttisten parametrien ja laadun validointi (kiinnostavien alueiden kattavuus, virheprosentti, sairastuneen alleelin tunnistus laajennus...),
• "Nanopore"-tekniikalla saatujen vanhempien haplotyyppien vertailu näissä samoissa kahdeksassa parissa "Linked Reads 10xGenomics" -tekniikalla saatuihin haplotyyppeihin (tämän 2. lähestymistavan mukaiset sekvensointi- ja vaiheistustiedot ovat saatavilla aiemmasta tutkimuksesta),
• Sikiön genotyyppitulosten yhteensopivuuden arviointi, jotka on saatu standarditutkimuksessa (DPN amniocenteesillä tai suonikosenteesin avulla) ja näillä uusilla PNID-vaiheistusmenetelmillä saatujen tulosten yhteensopivuudesta.

Vaihe 2:

- Vaiheen 1 parhaiten suoriutuneen työnkulun (tehokkuus/kustannus) validointi 8 lisäparilla lähestymistavan kliinistä siirtoa varten.

Odotetut tulokset ja näkymät:

Tämän tutkimuksen pitäisi mahdollistaa parhaiten suoriutuvien testien määrittäminen triplettilaajentumissairauksien DPNI:lle alan tietämyksen mukaisesti ja validoida siirtoolosuhteet lähestymistavan kliinisessä käytännössä (laitteet, reagenssit, kustannusanalyysi, analyyttiset validointikriteerit). ....).

Validoidun työnkulun tulisi olla mahdollisimman universaali, jotta toissijaisesti voidaan tarjota kansallisella tasolla pääsy laajaan valikoimaan harvinaisten sairauksien NIDP:tä muuttamalla tulevaisuudessa vapaasti kiertävien DNA-sekvensointipaneelien geenisisältöä.