トリプレットリピート病に対する cffDNA の NIPD

コンテクスト：

胎児の cfDNA をシーケンスする能力は、単一遺伝子疾患 (DPNI_MGR) の非侵襲的な遺伝子診断のための刺激的な新しい開発につながっています。 主に de novo 優性変異、優性父性変異、およびいくつかの劣性父性変異を伴う疾患に対して、さまざまな検査が提案されています。 ただし、特に親のゲノム DNA と少なくとも 1 人の健康な子供または罹患した子供の利用可能性を必要とするトリオ戦略に従って親のハプロタイプを段階的に決定する際には、母親の対立遺伝子バランスの決定に関連する技術的な問題が残ります。 さらに、第 2 世代のシーケンサーでは、動的変異を持つ対立遺伝子のハプロタイピングができません。

目的:

このプロジェクトは、母体血漿からの遊離循環 DNA の標的配列決定と組み合わせた第 3 世代ロングフラグメント DNA 配列決定技術による親ハプロタイプのフェージングからの DPN 要求に関与する遺伝子および変異の大部分に適用可能な半普遍的な DPNI_MGR テストの検証を提案します。 . このテストは、国レベルでのDPNの2番目の適応症であるトリプレット拡張疾患を使用して検証されます。

方法論:

トリプレット拡大を伴う病気を伝染させるリスクがある 16 組のカップルのレトロスペクティブ研究 (シュタイナート筋強直性ジストロフィー、ハンチントン病、FRAXA、SCA1、2、3)

フェーズ 1 :

• 技術「Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing」(nCATS) による 8 対の親ハプロタイプの決定と、この方法の分析パラメーターと品質の検証 (対象領域のカバレッジ率、エラー率、病的対立遺伝子の同定展開...）、
• 「Nanopore」技術で得られた親ハプロタイプと、これらの同じ 8 ペアの「Linked Reads 10xGenomics」技術で得られた親ハプロタイプの比較 (この 2 番目のアプローチによる配列決定およびフェージング データは、以前の研究から入手できます)、
• 標準的な検査 (羊水穿刺または絨毛穿刺による DPN) で得られた胎児の遺伝子型の結果と、これらの新しい PNID の段階的アプローチで得られた結果の一致の評価。

フェーズ2：

- アプローチの臨床移管のための 8 つの追加ペアに対するフェーズ 1 の最高のパフォーマンスのワークフロー (効率/コスト) の検証。

期待される結果と展望:

この研究により、当技術分野の知識に従って、トリプレット拡張疾患の DPNI の最適なテストを定義し、アプローチの臨床実践における転送条件を検証することが可能になるはずです (機器、試薬、コスト分析、分析的検証基準)。 ....)。

検証済みのワークフローは、フリー サーキュレーション DNA シーケンシング パネルの遺伝子内容を将来的に調整することにより、幅広い希少疾患 NIDP への国家レベルのアクセスを二次的に提供するために、可能な限り普遍的なものにする必要があります。