NIPD auf cffDNA für Triplett-Repeat-Erkrankungen

Kontext:

Die Möglichkeit, fötale cfDNA zu sequenzieren, hat zu aufregenden neuen Entwicklungen für die nicht-invasive genetische Diagnose monogener Krankheiten (DPNI_MGR) geführt. Für Krankheiten mit überwiegend de novo dominanten, dominanten väterlichen und einigen rezessiven väterlichen Mutationen werden verschiedene Tests vorgeschlagen. Es bleiben jedoch technische Schwierigkeiten im Zusammenhang mit der Bestimmung des mütterlichen Allelgleichgewichts, insbesondere während der Phase der elterlichen Haplotypen gemäß einer Trio-Strategie, die die Verfügbarkeit elterlicher genomischer DNAs und mindestens eines gesunden oder betroffenen Kindes erfordert. Darüber hinaus erlauben Sequenzer der 2. Generation keine Haplotypisierung von Allelen, die dynamische Mutationen tragen.

Ziele:

Dieses Projekt schlägt die Validierung eines semi-universellen DPNI_MGR-Tests vor, der auf die Mehrheit der Gene und Mutationen anwendbar ist, die an DPN-Anfragen beteiligt sind, von der Phaseneinstellung elterlicher Haplotypen durch Langfragment-DNA-Sequenzierungstechniken der 3. Generation, gekoppelt mit gezielter Sequenzierung von frei zirkulierender DNA aus mütterlichem Plasma . Dieser Test wird anhand von Triplett-Expansionskrankheiten validiert, die die zweite Indikation für DPN auf nationaler Ebene darstellen.

Methodik:

Retrospektive Studie an 16 Paaren mit Risiko für die Übertragung einer Krankheit mit Triplett-Expansion (Myotonische Steinert-Dystrophie, Chorea Huntington, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Phase 1 :

• Bestimmung für 8 Paare elterlicher Haplotypen nach der Technik „Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing“ (nCATS) und Validierung der analytischen Parameter und Qualität dieser Methode (Abdeckungsrate der interessierenden Regionen, Fehlerrate, Identifizierung des morbiden Allelträgers die Erweiterung ...),
• Vergleich der elterlichen Haplotypen, die mit der „Nanopore“-Technik erhalten wurden, mit denen, die mit der „Linked Reads 10xGenomics“-Technik in denselben 8 Paaren erhalten wurden (die Sequenzierungs- und Phasendaten dieses zweiten Ansatzes stammen aus einer früheren Studie),
• Bewertung der Konkordanz der fetalen Genotypergebnisse, die während der Standarduntersuchung (DPN durch Amniozentese oder Choriozentese) erhalten wurden, und denen, die mit diesen neuen Ansätzen zur schrittweisen Einführung von PNID erhalten wurden.

Phase 2:

- Validierung des leistungsstärksten Workflows (Effizienz / Kosten) von Phase 1 über 8 zusätzliche Paare für einen klinischen Transfer des Ansatzes.

Erwartete Ergebnisse und Aussichten:

Diese Studie soll es ermöglichen, den leistungsstärksten Test für die DPNI von Triplett-Expansionskrankheiten nach dem Stand der Technik zu definieren und die Transferbedingungen in der klinischen Praxis des Ansatzes (Geräte, Reagenzien, Kostenanalyse, analytische Validierungskriterien) zu validieren ....).

Der validierte Arbeitsablauf sollte so universell wie möglich sein, um durch zukünftige Anpassungen des Geninhalts der frei zirkulierenden DNA-Sequenzierungspanels sekundär einen Zugang auf nationaler Ebene zu einem breiten Spektrum seltener Krankheiten NIDP zu ermöglichen.