삼중항 반복 질환에 대한 cffDNA의 NIPD

문맥:

태아 cfDNA를 시퀀싱하는 능력은 단일 유전자 질환(DPNI_MGR)의 비침습적 유전 진단을 위한 흥미로운 새로운 개발로 이어졌습니다. 우세하게 새로운 우성, 우성 부계 및 일부 열성 부계 돌연변이가 있는 질병에 대해 다양한 테스트가 제안됩니다. 그러나 모계 대립유전자 균형의 결정과 관련된 기술적인 어려움은 특히 부모 게놈 DNA 및 적어도 한 명의 건강하거나 영향을 받는 자녀의 가용성을 요구하는 트리오 전략에 따라 부모 일배체형의 단계화 동안 남아 있습니다. 더욱이 2세대 시퀀서는 동적 돌연변이를 수반하는 대립유전자의 일배체형 분석을 허용하지 않습니다.

목표:

이 프로젝트는 모체 혈장에서 자유 순환하는 DNA의 표적 시퀀싱과 결합된 3세대 긴 단편 DNA 시퀀싱 기술에 의해 부모 일배체형의 단계적 단계에서 DPN 요청과 관련된 대부분의 유전자 및 돌연변이에 적용 가능한 준범용 DPNI_MGR 테스트의 검증을 제안합니다. . 이 테스트는 국가 차원에서 DPN의 두 번째 적응증인 삼중항 확장 질환을 사용하여 검증됩니다.

방법론 :

삼중항 확장(Steinert의 근긴장성 이영양증, 헌팅턴병, FRAXA, SCA1, 2, 3)을 동반한 질병 전파 위험이 있는 16쌍의 후향적 연구

1단계:

• "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing"(nCATS) 기술에 따른 8쌍의 부모 일배체형에 대한 결정 및 이 방법의 분석 매개변수 및 품질 검증(관심 영역의 커버리지율, 오류율, 보유하는 병적 대립유전자의 식별 확장 ...),
• 동일한 8 쌍에서 "Nanopore" 기술로 얻은 부모 일배체형과 "Linked Reads 10xGenomics" 기술로 얻은 것의 비교
• 표준 검사(양막천자 또는 융모막천자에 의한 DPN) 동안 얻은 태아 유전자형 결과와 PNID의 이러한 새로운 단계적 접근으로 얻은 일치성의 평가.

2 단계:

- 접근법의 임상 이전을 위한 8개의 추가 쌍에 대한 1단계의 최고 성능 워크플로우(효율성/비용) 검증.

예상 결과 및 전망:

이 연구는 당업계의 지식에 따라 삼중항 확장 질환의 DPNI에 대해 가장 잘 수행되는 테스트를 정의하고 접근 방식의 임상 실습에서 전달 조건(장비, 시약, 비용 분석, 분석적 검증 기준)을 검증할 수 있도록 해야 합니다. ....).

검증된 워크플로우는 자유 순환 DNA 시퀀싱 패널의 유전자 함량을 향후 조정하여 광범위한 희귀 질환 NIDP에 대한 국가 수준의 액세스를 2차적으로 제공하기 위해 가능한 한 보편적이어야 합니다.