NIPD na cffDNA pro onemocnění opakování tripletů

Kontext:

Schopnost sekvenovat fetální cfDNA vedla k vzrušujícímu novému vývoji pro neinvazivní genetickou diagnostiku monogenních onemocnění (DPNI_MGR). Pro onemocnění s převážně de novo dominantními, dominantními otcovskými a některými recesivními otcovskými mutacemi jsou navrženy různé testy. Technické potíže související se stanovením mateřské alelické rovnováhy však přetrvávají, zejména během fázování rodičovských haplotypů podle strategie tria, která vyžaduje dostupnost genomové DNA rodičů a alespoň jednoho zdravého nebo postiženého dítěte. Navíc sekvencery 2. generace neumožňují haplotypizaci alel nesoucích dynamické mutace.

Cíle:

Tento projekt navrhuje validaci semiuniverzálního testu DPNI_MGR použitelného na většinu genů a mutací zapojených do požadavků DPN z fázování rodičovských haplotypů pomocí technik sekvenování dlouhých fragmentů DNA 3. generace ve spojení s cíleným sekvenováním volné cirkulující DNA z mateřské plazmy. . Tento test bude validován pomocí tripletových expanzních chorob, které jsou druhou indikací DPN na národní úrovni.

Metodika:

Retrospektivní studie 16 párů s rizikem přenosu onemocnění s expanzemi tripletů (Steinertova myotonická dystrofie, Huntingtonova choroba, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fáze 1 :

• Stanovení pro 8 párů rodičovských haplotypů technikou „Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing“ (nCATS) a validace analytických parametrů a kvality této metody (míra pokrytí oblastí zájmu, chybovost, identifikace morbidní alely nesoucí rozšíření...),
• Porovnání rodičovských haplotypů získaných technikou „Nanopore“ s těmi, které byly získány pomocí techniky „Linked Reads 10xGenomics“ u těchto stejných 8 párů (data o sekvenování a fázování podle tohoto 2. přístupu jsou dostupná z předchozí studie),
• Hodnocení shody výsledků genotypu plodu získaných při standardním vyšetření (DPN amniocentézou nebo choriocentézou) a výsledků získaných těmito novými přístupy k fázování PNID.

Fáze 2:

- Ověření nejvýkonnějšího pracovního postupu (efektivita / náklady) fáze 1 na 8 dalších párech pro klinický přenos přístupu.

Očekávané výsledky a vyhlídky:

Tato studie by měla umožnit definovat nejvýkonnější test pro DPNI onemocnění z expanze tripletů v souladu se znalostmi v oboru a ověřit podmínky přenosu v klinické praxi přístupu (zařízení, činidla, analýza nákladů, analytická validační kritéria ....).

Ověřený pracovní postup by měl být co nejuniverzálnější, aby sekundárně poskytoval celostátní přístup k široké škále vzácných onemocnění NIDP prostřednictvím budoucích úprav obsahu genů v panelech sekvenování volně cirkulující DNA.