使用废培养基中的无细胞 DNA 对非整倍体进行非侵入性植入前基因检测 (niPGT-A)
2023年3月17日 更新者：ART Fertility Clinics LLC
非整倍体的非侵入性植入前基因检测 (niPGT-A) - 用过的培养基中游离 DNA 分析的评估
对存在于用过的培养基 (SCM) 中的胚胎无细胞 DNA (cfDNA) 的分析是非整倍体 (PGT-A) 植入前基因检测的一种非侵入性替代方法，可避免活检的技术挑战和局限性。 调查这种非侵入性 PGT-A (niPGT-A) 方法的初步研究报告了 SCM 中的 cfDNA 与滋养外胚层样本之间的可变一致性（~ 30%-86%），并表明内细胞团和滋养外胚层对 cfDNA 的贡献在单片机中。
本研究旨在评估胚胎培养基作为 PGT-A 遗传物质来源的用途，并在 SCM 中使用 cfDNA 验证 niPGT-A 方案。
研究概览
详细说明
多项研究表明，在胚胎发育的不同阶段，SCM 能够检测和扩增 cfDNA，扩增成功率各不相同。 分析物的差异、SCM 收集的时间和收集培养基中胚胎培养的持续时间、辅助孵化 (AH) 的性能、全基因组扩增方法、综合染色体筛选方法和下一代测序 (NGS) 平台、生物信息学分析和策略识别母体污染都有助于 niPGT-A 的最终性能。
本研究旨在验证一种利用从人类胚泡释放到 SCM 中的 cfDNA 的非侵入性 PGT-A (niPGT-A) 方法。
将招募因继发性不孕而接受 PGT-A 生育治疗的患者。 在受精后第 6 天，将在囊胚活检之前收集 SCM。 SCM 通常在这个阶段被丢弃。 滋养外胚层活检和样本采集将遵循 IVF 实验室针对临床 PGT-A 的标准做法。
将比较三种非整倍体筛选试剂盒，它们依赖于不同的全基因组扩增方法，然后在 Ion GeneStudio™ S5 Prime System (ThermoFisher Scientific) 上进行 NGS。 cfDNA 和滋养外胚层活检之间的一致性将通过性能最佳的 niPGT-A 方案对大约 150 个胚泡进行评估。
移植胚胎的选择将完全基于活检细胞的 PGT-A 结果。 患者的 IVF+PGT-A 治疗计划和时间表不会改变。
研究类型
观察性的
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
18年 至 46年 (成人)
接受健康志愿者
是的
有资格学习的性别
女性
取样方法
非概率样本
研究人群
接受 PGT-A 生育治疗并符合资格标准的夫妇产生的第 6 天囊胚
描述
纳入标准：
- 接受 PGT-A 生育治疗的患者（具有双重触发的重组 FSH 拮抗剂方案）
- 继发性不孕
- 体重指数 18- 35 公斤/平方米
- 精子：新鲜射出的精子（禁欲：2-3天）
- 第 6 天至少对一个胚泡进行活检
排除标准：
- 触发当天高孕酮 (>1.5ng/ml)
- 玻璃化卵母细胞
- 冷冻精子
- PGT-SR 和 PGT-M 的适应症
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
- 观测模型：队列
- 时间观点：预期
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
|
将为研究中包含的所有胚泡收集两种类型的样本（TE 和 SCM）
|
PGT-A 和 niPGT-A 将使用下一代测序 (NGS) 分析染色体拷贝数变异 (CNV) 来执行。
胚胎移植将完全依赖于 PGT-A 的滋养外胚层活检结果。
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
SCM 和滋养外胚层活检结果之间的一般一致性
大体时间：4个月
|
一般倍性一致性率：匹配（整倍体-整倍体或非整倍体-非整倍体）结果的数量/具有结果的 cfDNA 样本总数
|
4个月
|
|
SCM 和滋养外胚层活检中 cfDNA 结果之间每条染色体的不一致
大体时间：4个月
|
每条染色体的不一致性：错误识别的染色体错误数/24*具有 cfDNA 结果的胚胎总数
|
4个月
|
|
SCM 和滋养外胚层中 cfDNA 结果之间每条染色体的一致性
大体时间：4个月
|
染色体错误一致性：正确识别的染色体错误数/检测到的染色体错误总数
|
4个月
|
|
在 SCM 中使用 cfDNA 的 niPGT-A 的灵敏度
大体时间：4个月
|
假阴性率：1-（真整倍体结果/有结果的样本总数）
|
4个月
|
|
在 SCM 中使用 cfDNA 的 niPGT-A 的特异性
大体时间：4个月
|
假阳性率：1-（真正的非整倍体结果/有结果的样本总数）
|
4个月
|
次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
胚胎移植患者的妊娠结果 - 着床率
大体时间：12个月
|
着床率 = 妊娠 6 周超声筛查观察到的孕囊数 / 移植的胚胎数
|
12个月
|
|
胚胎移植患者的妊娠结局——生化妊娠率
大体时间：12个月
|
生化妊娠率 = βhCG 阳性 > 15IU 但超声检查无胎心/孕囊
|
12个月
|
|
胚胎移植患者的妊娠结局——临床妊娠率
大体时间：12个月
|
临床妊娠率 (%) 定义为阳性 βhCG 测试和妊娠囊或心跳的超声确认
|
12个月
|
|
胚胎移植患者的妊娠结果 - 流产率
大体时间：12个月
|
流产率 (%) 由一个或多个妊娠囊的超声可视化定义，包括异位妊娠，20 周前自然流产
|
12个月
|
|
胚胎移植患者的妊娠结局——临床妊娠率
大体时间：12个月
|
持续妊娠率（超过 20 周）
|
12个月
|
|
胚胎移植患者的妊娠结果 - 植入失败率
大体时间：12个月
|
着床失败 (%)
|
12个月
|
合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
调查人员
- 首席研究员：Souraya Jaroudi、ART Fertility Clinics
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Shamonki MI, Jin H, Haimowitz Z, Liu L. Proof of concept: preimplantation genetic screening without embryo biopsy through analysis of cell-free DNA in spent embryo culture media. Fertil Steril. 2016 Nov;106(6):1312-1318. doi: 10.1016/j.fertnstert.2016.07.1112. Epub 2016 Aug 24.
- Feichtinger M, Vaccari E, Carli L, Wallner E, Madel U, Figl K, Palini S, Feichtinger W. Non-invasive preimplantation genetic screening using array comparative genomic hybridization on spent culture media: a proof-of-concept pilot study. Reprod Biomed Online. 2017 Jun;34(6):583-589. doi: 10.1016/j.rbmo.2017.03.015. Epub 2017 Mar 28.
- Rubio C, Navarro-Sanchez L, Garcia-Pascual CM, Ocali O, Cimadomo D, Venier W, Barroso G, Kopcow L, Bahceci M, Kulmann MIR, Lopez L, De la Fuente E, Navarro R, Valbuena D, Sakkas D, Rienzi L, Simon C. Multicenter prospective study of concordance between embryonic cell-free DNA and trophectoderm biopsies from 1301 human blastocysts. Am J Obstet Gynecol. 2020 Nov;223(5):751.e1-751.e13. doi: 10.1016/j.ajog.2020.04.035. Epub 2020 May 26.
- Fang R, Yang W, Zhao X, Xiong F, Guo C, Xiao J, Chen L, Song X, Wang H, Chen J, Xiao X, Yao B, Cai LY. Chromosome screening using culture medium of embryos fertilised in vitro: a pilot clinical study. J Transl Med. 2019 Mar 8;17(1):73. doi: 10.1186/s12967-019-1827-1.
- Huang L, Bogale B, Tang Y, Lu S, Xie XS, Racowsky C. Noninvasive preimplantation genetic testing for aneuploidy in spent medium may be more reliable than trophectoderm biopsy. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Jul 9;116(28):14105-14112. doi: 10.1073/pnas.1907472116. Epub 2019 Jun 24.
- Capalbo A, Romanelli V, Patassini C, Poli M, Girardi L, Giancani A, Stoppa M, Cimadomo D, Ubaldi FM, Rienzi L. Diagnostic efficacy of blastocoel fluid and spent media as sources of DNA for preimplantation genetic testing in standard clinical conditions. Fertil Steril. 2018 Oct;110(5):870-879.e5. doi: 10.1016/j.fertnstert.2018.05.031. Erratum In: Fertil Steril. 2019 Jan;111(1):194.
- Ho JR, Arrach N, Rhodes-Long K, Ahmady A, Ingles S, Chung K, Bendikson KA, Paulson RJ, McGinnis LK. Pushing the limits of detection: investigation of cell-free DNA for aneuploidy screening in embryos. Fertil Steril. 2018 Aug;110(3):467-475.e2. doi: 10.1016/j.fertnstert.2018.03.036. Epub 2018 Jun 28.
- Kuznyetsov V, Madjunkova S, Antes R, Abramov R, Motamedi G, Ibarrientos Z, Librach C. Evaluation of a novel non-invasive preimplantation genetic screening approach. PLoS One. 2018 May 10;13(5):e0197262. doi: 10.1371/journal.pone.0197262. eCollection 2018.
- Vera-Rodriguez M, Diez-Juan A, Jimenez-Almazan J, Martinez S, Navarro R, Peinado V, Mercader A, Meseguer M, Blesa D, Moreno I, Valbuena D, Rubio C, Simon C. Origin and composition of cell-free DNA in spent medium from human embryo culture during preimplantation development. Hum Reprod. 2018 Apr 1;33(4):745-756. doi: 10.1093/humrep/dey028.
- Xu J, Fang R, Chen L, Chen D, Xiao JP, Yang W, Wang H, Song X, Ma T, Bo S, Shi C, Ren J, Huang L, Cai LY, Yao B, Xie XS, Lu S. Noninvasive chromosome screening of human embryos by genome sequencing of embryo culture medium for in vitro fertilization. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Oct 18;113(42):11907-11912. doi: 10.1073/pnas.1613294113. Epub 2016 Sep 29.
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2021年10月15日
初级完成 (实际的)
2021年10月15日
研究完成 (实际的)
2021年10月15日
研究注册日期
首次提交
2021年1月8日
首先提交符合 QC 标准的
2021年1月12日
首次发布 (实际的)
2021年1月15日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2023年3月20日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2023年3月17日
最后验证
2023年3月1日
更多信息
此信息直接从 clinicaltrials.gov 网站检索，没有任何更改。如果您有任何更改、删除或更新研究详细信息的请求，请联系 register@clinicaltrials.gov. clinicaltrials.gov 上实施更改，我们的网站上也会自动更新.