COVID 反应研究 (COVRES) (COVRES)

医院和疗养院患者招募：

COVID-19 阳性/SARS-CoV-2 住院患者和非住院患者 (n = 700)，年龄在 18 岁及以上，在 WHSCT、BHSCT 和 SHSCT 中接受检测，并已入住 COVID-19/SARS-CoV-2 医院病房（包括来自重症监护病房的）或信托附属疗养院的门诊病人和居民最初将由他们的临床医生、高级护士或 NICRN 研究护士联系。 调查人员将与患者谈论研究，如果患者有兴趣，将获得口头同意，以便研究人员跟进参与者信息表 (PIS)（附录 6）。 那些符合纳入标准的有兴趣的患者可以直接与研究人员面对面交谈（护士会安排方便的时间让研究人员拜访患者），将详细讨论研究并解决任何问题。 如果参与者仍然有兴趣参与，研究人员将在注册研究之前获得书面知情同意书（附录 7）。

在这些 ALC 的情况下，如果家庭成员无法担任提名人，研究团队将与 PI 一起确定与研究行为无关并愿意提供声明的提名人这项研究。 被提名人将始终是护理人员或管理团队的成员，以及医院病房或疗养院设施内更广泛的多学科团队的一部分。 被提名人还将收到一封邀请函和 PIS（附录 13），并回答任何疑问，如果认为潜在参与者对这项研究感兴趣，被提名人可以联系研究团队。 在被提名人完全知情同意（附录 14）之前，潜在参与者将不会被纳入研究。 这仍然适用于那些不太可能恢复能力的个人以及因 COVID-19 症状而接受镇静/通气治疗的住院患者，他们可能会恢复能力。 对于这些患者，能力将始终由其直接临床护理团队的成员、疗养院的主管护士/经理和每个医院现场的 PI 进行评估，他们将成为 COVID 病房的顾问或与 COVID 病房相关联（评估能力的人将在所有时间点进行记录并保存记录）。 对于那些在本研究期间恢复能力的人，将提供参与者信息表（附录 4）供阅读，如果希望继续研究，将征求同意（附录 5）。 如果参与者不想继续，将提供撤回和销毁任何样本和数据的选项。

样本采集：一旦获得知情同意，每位参与者将提供 (i) 一份 30 毫升全血样本、一份唾液样本（~4 毫升）和一组最多五个 20ul 干血点（DBS；相当于五个手指的柳叶刀血）液滴）和在招募时（症状出现后 0 到 10 天之间）进行的 COVID-19 抗体侧向流动测定，(ii) 在症状出现后 14-28 天之间再次进行 (iii) 只有在发生肺炎时才会再次收集样本发作期间（通常仅在症状严重的情况下）(iv) 此外，如果可能的话，样本将在症状发作后 3 个月、6 个月、12 个月和 18 个月收集，后者的样本收集将在商定的方便时间进行时间和地点。

医院和疗养院工作人员招聘：

在 WHSCT、BHSCT 和 SHSCT 的设施内工作的所有 18 岁及以上的 HSC 员工以及信托区域内的信托附属疗养院 (n = 500) 都有资格参与这项研究。 信托/疗养院范围内的电子邮件以及附加的 PIS 解释研究（附录 6）将发送给所有员工。 此外，有关研究的信息将发布在 Trust 和 Nursing home 网站以及社交媒体平台上，例如 脸书和推特。 海报（附录 8）也将放置在公共区域，以确保每个人都可以访问信息。 工作人员将通过电子邮件或电话与研究人员联系，以更详细地讨论该研究。 对于那些仍然希望参加并符合纳入标准的人，研究人员将获得书面知情同意书（附录 7）。

样本采集：一旦获得知情同意，每个参与者将在招募时提供 (i) 一份 30 毫升全血样本、一组干血斑 (DBS) 和一份唾液样本 (~4ml)。 然后，只有出现 SARS-CoV-2 症状，例如高温/新的持续咳嗽 https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ 在招募后 2 周内经历过：(ii) 一份唾液样本、一份 30 毫升全血样本和一组干血点 (DBS) 以及对 COVID-19 抗体进行的侧流分析（出现症状后 0 到 10 天）发作），(iii) 唾液样本、一份 30 毫升全血样本和一套 DBS 以及在症状发作后 14-28 天进行的 COVID-19 抗体侧向流动检测 (iii) 唾液样本，额外一套30ml 全血和 DBS 仅在发生肺炎时才采集（通常仅在严重症状的情况下） (iv) 此外，如果可能，还将在症状发作的 3 个月、6 个月和 12 个月收集样本。 样品采集将在商定的方便时间和地点进行。

所有队列的数据收集（包括 COVRES2 跟进）：

收集的表型数据将与表型数据收集的国际/国家数据 (HDRUK) 保持一致。 在研究小组的一名成员获得知情同意书（附录 3、5 和 7）后，将要求参与者在每个时间点（附录 9）回答健康和生活方式问卷，其中包括有关他们的一般医疗和临床病史的问题，例如如合并症、药物、呼吸系统疾病、COVID-19 症状、入院时间（如果住院）以及生活习惯、家族史等。

研究人员将通过访问参与者的电子护理记录或参与者的医疗记录来收集缺失的信息，前提是已获得此选项的浓度。 除年龄和性别外的人口统计变量还将包括身高、体重和血压，也将从参与者的电子护理记录中检索。 研究人员将在 Health Trust(s) 内签订名誉合同，并将获得访问和使用患者护理记录的批准和培训。 如果缺少某些信息，研究人员将请求允许稍后通过电话对患者进行跟进。 所有医疗记录都将在 C-TRIC 的 Altnagelvin 医院网站上访问，信息将手动输入到大学密码保护和加密笔记本电脑上的数据库中。

还将询问参与者是否在每个时间点确认同意，以完成经过验证的心理健康问卷，一般健康问卷 (GHQ-12)，（附录 10）以评估他们的状况或感知风险与他们的心理健康之间的关联和幸福。 研究人员将在招募当天、后续访问期间、在线或通过电话安排参与者在方便的时间完成此问卷。

参与者还可以选择同意再次联系以接收有关未来研究的信息。

样品处理、储存和分析

唾液 ~ 4ml 将收集在 Oragene 唾液收集套件 (DNA Genotek) 中，进行处理和分析以进行 COVID-19 基因组测序和微生物组分析。

全血样本将被处理以提取血浆和流式细胞术。 将干血斑样本 (DBS) 和蛋白质、处方药、药物代谢物和通过添加常规洗脱缓冲液提取的 DNA 冲压出纸盘。 侧流数据将在化验时记录，并尽可能存档试纸结果的专用 COVID-19 应用程序照片。 DBS 提取物和血浆样本将被记录、等分并用独特的条形码标识符标记，然后在北爱尔兰分层医学中心 (NICSM) 的 -80'C 下储存直至分析。 DBS 蛋白（IgG、C 反应蛋白和细胞因子）和血浆将使用 ELISA 和 OLINK 或药物代谢物通过质谱法进行分析。 经参与者同意，从 DBS/血液样本中提取的用于未来全基因组测序 (WGS) 的 DNA 和提取的药物代谢物将保存在 -80C 中。 将从每个参与者的 DNA 样本中生成一个完整的基因组序列。 选定的一组患者样本也将接受转录组学（RNA Seq）、微生物组和甲基化分析。

全血样本和拭子提取物将进行病毒基因组分析、测序、转录组学、表观遗传学、单核苷酸多态性 (SNP) 基因分型、WGS 和 RNAseq 生成。 样本分析将由研究人员或第三方在 NICSM 进行，例如贝尔法斯特皇后大学 (QUB) 的病毒学实验室、贝尔法斯特区域病毒实验室 (RVL)、Olink® 蛋白质组学（瑞典乌普萨拉）或爱尔兰基因组学医学 (GMI) ，都柏林，都柏林）。 这将需要将等份的血浆/血清或 DNA 转移到经批准的第三方蛋白质组学或基因组学或服务提供商（例如 QUB、Olink 或 GMI）。 在这种情况下，所有样本都将被伪匿名化。 与参与者身份相关的代码不会透露给该研究合作伙伴，并由首席调查员保管。 第三方供应商已被批准为服务供应商，并提供令人满意的数据存储和传输加密证据以及第三方和大学签署的适当的材料传输、保密和知识产权协议。 由第三方（如 GMI 或 Olink® 蛋白质组学）分析的未使用的 DNA 或血浆将被销毁。 将使用样品或从样品分析中得出的数据的研究组织可以是非营利性的，例如 大学或营利性商业公司（如 GMI）。 然而，GMI 已同意免费承担：SNP 基因分型、WGS 和 RNAseq 生成分析。 参与者的姓名、地址和个人详细信息将不会提供给研究团队以外的任何组织

分析

所有测序、甲基化和蛋白质组学分析外包给 Azenta (GeneWiz)、Genuity 和 Olink Proteomics。 流式细胞术和 16s 微生物组分析将在 CTRIC 完成。