COVID-RESPONSSTUDIE (COVRES) (COVRES)

Sykehus- og sykehjemspasientrekruttering:

COVID-19-positive/SARS-CoV-2-innlagte pasienter og ikke-innlagte pasienter (n = 700) i alderen 18 år og over testet ved WHSCT, BHSCT og SHSCT og har vært innlagt på COVID-19/SARS-CoV-2 sykehusavdelinger (inkludert fra intensivavdelingene) eller polikliniske pasienter og beboere i tillitstilknyttede sykehjem vil i utgangspunktet bli kontaktet av sin kliniker, seniorsykepleier eller en NICRN-forskningssykepleier. Etterforskerne vil snakke med pasienten(e) om studien, og hvis pasienten er interessert, vil det innhentes muntlig samtykke til at forskeren følger opp med et deltakerinformasjonsark (PIS) (vedlegg 6). De interesserte pasienter som oppfyller inklusjonskriteriene kan deretter snakke direkte ansikt til ansikt (hvor sykepleieren vil avtale et passende tidspunkt for forsker til å besøke pasienten) til forskerne, studien vil bli diskutert i detalj og eventuelle problemer vil bli tatt opp. Hvis deltakerne fortsatt er interessert i å delta, vil skriftlig informert samtykke (vedlegg 7) innhentes av forskeren(e) før påmelding til studien.

Når det gjelder disse ALC, og der et familiemedlem ikke er tilgjengelig for å fungere som en nominert person, vil forskerteamet i forbindelse med PI identifisere en nominert person som ikke er relatert til gjennomføringen av forskningen og villig til å gi en erklæring for denne studien. Den nominerte personen vil alltid være medlem av pleiepersonalet eller lederteamet og en del av det bredere tverrfaglige teamet innenfor sykehusavdelingen eller sykehjemsanlegget til den enkelte med manglende kapasitet. Den nominerte personen vil også få et invitasjonsbrev og PIS (vedlegg 13) og eventuelle spørsmål besvart, den nominerte personen kan da kontakte forskerteamet dersom det antas at den potensielle deltakeren ville vært interessert i denne forskningen. Den potensielle deltakeren vil ikke bli registrert i studien før fullt informert samtykke (vedlegg 14) er gitt av den nominerte personen. Dette vil fortsatt gjelde til enhver tid for de individene som neppe vil gjenvinne kapasiteten og for de pasientene på sykehus som er bedøvet/ventilert på grunn av deres COVID-19-symptomer, som kan gjenvinne kapasiteten. For disse pasientene vil kapasiteten alltid bli vurdert av et medlem av deres direkte kliniske omsorgsteam, ansvarlig sykepleier/leder på sykehjemmet og PI på hvert sykehussted som vil være konsulent på eller knyttet til COVID-avdelingen (The person som vurderer kapasitet vil bli registrert på alle tidspunkter og journal føres). For de som gjenvinner kapasitet i løpet av denne forskningen, vil et deltakerinformasjonsark bli gitt (vedlegg 4) for å lese og samtykke (vedlegg 5) vil bli søkt dersom det er ønsker om å fortsette med studien. Hvis deltakerne ikke ønsker å fortsette, vil det bli gitt mulighet for at eventuelle prøver og data kan trekkes tilbake og destrueres.

Prøveinnsamling: Når informert samtykke er innhentet, vil hver deltaker gi (i) én 30 ml fullblodprøve, en spyttprøve (~4 ml) og ett sett med opptil fem 20 ul tørkede blodflekker (DBS; tilsvarende fem fingerlansettblod) dråper) og en lateral strømningsanalyse for COVID-19-antistoffer utført ved rekruttering (mellom 0 og 10 dager etter symptomdebut), (ii) igjen mellom 14-28 dager etter symptomdebut (iii) igjen prøver vil bare bli samlet inn hvis lungebetennelse oppstår under episode (vanligvis bare i alvorlige symptomtilfeller) (iv) I tillegg, der mulige prøver vil bli tatt etter 3 måneder, 6 måneder, 12 måneder og 18 måneder etter symptomdebut, vil sistnevnte prøvetaking finne sted på en avtalt passende måte tid og sted.

Rekruttering av sykehus- og sykehjemspersonell:

Alle HSC-ansatte i alderen 18 år og over, ansatt i fasiliteter ved WHSCT, BHSCT og SHSCT og tillitstilknyttede sykehjem innenfor tillitsområdene (n = 500) er kvalifisert til å delta i denne forskningen. Tillits-/sykehjemsomfattende e-poster med vedlagt PIS som forklarer studien (vedlegg 6) vil bli sendt til alle ansatte. I tillegg vil informasjon om forskningen bli lagt ut på tillits- og sykehjemsnettsteder og sosiale medieplattformer, f.eks. Facebook og Twitter. Plakater (vedlegg 8) vil også bli plassert i fellesarealer for å sikre at informasjon er tilgjengelig for alle. Personalet vil bli henvist til forskerne på studien via e-post eller telefon for å diskutere studien mer detaljert. For de som fortsatt ønsker å delta og som oppfyller inklusjonskriteriene vil skriftlig informert samtykke (vedlegg 7) innhentes av forskeren(e).

Prøvetaking: Når informert samtykke er innhentet, vil hver deltaker gi (i) én 30 ml fullblodprøve, ett sett med tørkede blodflekker (DBS) og en spyttprøve (~4 ml) ved rekruttering. Deretter, bare hvis SARS-CoV-2-symptomer som høy temperatur/en ny kontinuerlig hoste https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ opplevd i løpet av 2 uker etter rekrutteringsperioden: (ii) en spyttprøve, en 30 ml fullblodprøve og ett sett med tørkede blodflekker (DBS) og en lateral flow-analyse for COVID-19-antistoffer utført (mellom 0 og 10 dager med symptom debut), (iii) en spyttprøve, en 30 ml fullblodprøve og ett sett med DBS og en lateral flow-analyse for COVID-19-antistoffer utført mellom 14-28 dager etter symptomdebut (iii) en spyttprøve, ett ekstra sett på 30 ml fullblod og DBS som skal tas kun hvis lungebetennelse oppstår under (vanligvis bare ved alvorlige symptomtilfeller) (iv) I tillegg vil prøven, der det er mulig, også tas etter 3 måneder, 6 måneder og 12 måneder etter symptomdebut. Prøvetaking vil finne sted til avtalt passende tid og sted.

Datainnsamling for alle kohorter (inkludert COVRES2-oppfølging):

De innsamlede fenomiske dataene vil samsvare med internasjonale/nasjonale data for fenotypisk datainnsamling (HDRUK). Etter at informert samtykke (vedlegg 3, 5 og 7) er innhentet av et medlem av forskerteamet, vil deltakerne bli bedt om å svare på et helse- og livsstilsspørreskjema på hvert tidspunkt (vedlegg 9) som inkluderer spørsmål om deres generelle medisinske og kliniske historie, som f.eks. som komorbiditeter, medisiner, luftveissykdommer, COVID-19-symptomatologi, tid til sykehusinnleggelse (hvis innlagt på sykehus) samt livsstilsvaner, familiehistorie etc.

Manglende informasjon vil bli samlet inn av forskerne ved å få tilgang til deltakernes elektroniske omsorgsjournaler eller deltakernes medisinske notater forutsatt at det er innhentet samtykke for dette alternativet. Demografiske variabler i tillegg til alder og kjønn vil inkludere høyde, vekt og blodtrykk vil også bli hentet fra deltakernes elektroniske omsorgsjournal. Forskerne vil ha en æreskontrakt innenfor helseforetaket(e) og vil ha godkjenning og opplæring for å få tilgang til og bruke pasientjournalene. I tilfelle viss informasjon mangler, vil forskerne be om tillatelse til å følge opp pasienten på et senere tidspunkt via telefon. Alle medisinske journaler vil bli åpnet på Altnagelvin-sykehuset ved C-TRIC, og informasjon vil bli lagt inn manuelt i en database på en universitetspassordbeskyttet og kryptert bærbar datamaskin.

Deltakerne vil også bli spurt om samtykke er bekreftet på hvert tidspunkt, for å fylle ut et validert spørreskjema for psykisk helse, General Health Questionnaire (GHQ-12), (vedlegg 10) for å vurdere sammenhengen mellom deres tilstand eller opplevd risiko og deres mentale helse og velvære. Forskerne vil sørge for utfylling av dette spørreskjemaet på et passende tidspunkt for deltakeren enten på rekrutteringsdagen, under oppfølgingsbesøkene, online eller via telefon.

Deltakerne har også valget mellom å samtykke til å bli kontaktet på nytt for å motta informasjon om fremtidige studier.

Prøvebehandling, lagring og analyse

Spytt ~ 4 ml vil bli samlet inn i Oragene spyttoppsamlingssett (DNA Genotek), behandlet og analysert for COVID-19 genomsekvensering og mikrobiomanalyse.

Fullblodsprøver vil bli behandlet for å trekke ut plasma og flowcytometri. Papirplater vil bli stanset ut av tørkede blodflekkprøver (DBS) og protein, foreskrevet medisin, legemiddelmetabolitter og DNA ekstrahert ved tilsetning av en rutinemessig elueringsbuffer. Sidestrømsdata vil bli logget på tidspunktet for analysen, og der det er mulig, arkiveres et dedikert COVID-19-appfotografi av teststrimmelresultatet. DBS-ekstrakter og plasmaprøver vil bli logget, alikvotert og merket med unike strekkodeidentifikatorer før lagring ved -80'C i Northern Ireland Centre for Stratified Medicine (NICSM) frem til analyse. DBS-protein (IgG, C-reaktivt protein og cytokiner og plasma vil bli analysert ved hjelp av ELISA og OLINK eller legemiddelmetabolitter ved massespektrometri. Med deltakeravtale vil DNA ekstrahert fra DBS/blodprøver for fremtidig helgenomsekvensering (WGS) og ekstraherte legemiddelmetabolitter lagres ved -80C in. En hel genomsekvens vil bli generert fra hver deltaker DNA-prøve. En utvalgt kohort av pasientprøver vil også bli gjenstand for transkriptomikk (RNA Seq), mikrobiom og metyleringsanalyser.

Fullblodsprøver og vattpinneekstrakt vil gjennomgå viral genomanalyser sekvensering, transkriptomikk, epigenetikk, enkeltnukleotidpolymorfisme (SNP) genotyping, WGS og RNAseq generering. Prøveanalyse vil bli utført ved NICSM av forskerne eller av en tredjepart som virologilaboratoriene ved Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Sverige) eller Genomics Medicine Ireland (GMI) , Dublin, Dublin). Dette vil kreve at alikvoter av plasma/serum eller DNA overføres til godkjente tredjeparts proteomiske eller genomiske eller tjenesteleverandører (som QUB, Olink eller GMI). I dette tilfellet vil alle prøvene bli pseudo-anonymisert. Kodene knyttet til deltakeridentifikasjon vil ikke bli avslørt til denne studiepartneren og forblir i varetekt av sjefsetterforskeren. Tredjepartsleverandører har allerede blitt godkjent som tjenesteleverandører med tilfredsstillende bevis på kryptering ved lagring og overføring av data og passende avtaler om materialoverføring, konfidensialitet og intellektuell eiendom signert av både tredjeparten og universitetet. Ubrukt DNA eller plasma som er analysert av en tredjepart som GMI eller Olink® proteomics vil bli ødelagt. Forskningsorganisasjonene som vil bruke prøver eller data utledet fra analyse av prøver kan være non-profit f.eks. universiteter eller for-profit kommersielle selskaper (for eksempel GMI). GMI har imidlertid gått med på å gjennomføre: SNP-genotyping, WGS og RNAseq generasjonsanalyse uten kostnad. Deltakerens navn, adresse og personlige opplysninger vil ikke bli gjort tilgjengelig for noen organisasjon utover studieteamet

Analyse

All sekvensering, metylering og proteoomanalyse kommer fra Azenta (GeneWiz), Genuity og Olink Proteomics. Flowcytometri og 16s mikrobiomanalyse vil bli fullført ved CTRIC.