COVID-VASTAUSTUTKIMUS (COVRES) (COVRES)

Sairaala- ja hoitokotipotilaiden rekrytointi:

COVID-19-positiiviset/SARS-CoV-2-sairaalapotilaat ja sairaalahoidossa olevat potilaat (n = 700) vähintään 18-vuotiaat, jotka on testattu WHSCT:ssä, BHSCT:ssä ja SHSCT:ssä ja heidät on otettu COVID-19/SARS-CoV-2-sairaalan osastoille (mukaan lukien tehohoitoyksiköt) tai avohoitoon kuuluvien hoitokotien asukkaiden puoleen kääntyy aluksi heidän kliinikon, vanhempi sairaanhoitaja tai NICRN-tutkimussairaanhoitaja. Tutkijat puhuvat potilaalle (potilaille) tutkimuksesta, ja jos potilas on kiinnostunut, hänelle hankitaan suullinen suostumus osallistujatietolomakkeella (PIS) (liite 6). Osallistumiskriteerit täyttävät kiinnostuneet potilaat voivat sitten puhua suoraan kasvokkain (jolloin sairaanhoitaja järjestää tutkijalle sopivan ajan potilaan luona), tutkimuksesta keskustellaan yksityiskohtaisesti ja mahdollisiin kysymyksiin puututaan. Jos osallistujat ovat edelleen kiinnostuneita osallistumaan, tutkijalta (tutkijoilta) hankitaan kirjallinen tietoinen suostumus (liite 7) ennen tutkimukseen ilmoittautumista.

Näiden ALC:n tapauksessa ja jos perheenjäsen ei ole käytettävissä toimimaan nimettynä henkilönä, tutkimusryhmä yhdessä PI:n kanssa tunnistaa nimetyn henkilön, joka ei liity tutkimuksen suorittamiseen ja on valmis antamaan selvityksen Tämä tutkimus. Nimetty henkilö on aina hoitohenkilökunnan tai johtoryhmän jäsen ja osa laajempaa monialaista tiimiä kyvyttömän henkilön sairaalan osastolla tai hoitokodissa. Nimetylle toimitetaan myös kutsukirje ja PIS (liite 13) sekä mahdollisiin tiedusteluihin vastataan, jonka jälkeen ehdolla oleva henkilö voi ottaa yhteyttä tutkimusryhmään, jos arvelee, että mahdollinen osallistuja olisi ollut kiinnostunut tästä tutkimuksesta. Mahdollista osallistujaa ei oteta mukaan tutkimukseen ennen kuin nimetty henkilö on antanut täydellisen tietoon perustuvan suostumuksen (liite 14). Tämä pätee edelleen kaikkina aikoina henkilöihin, jotka eivät todennäköisesti palaa toimintakykyisiksi, ja sairaalassa oleviin potilaisiin, joita rauhoitetaan/hengitetään COVID-19-oireidensa vuoksi, ja jotka saattavat palata toimintakykynsä. Näiden potilaiden kapasiteetin arvioi aina heidän suoran kliinisen hoitotiimin jäsen, hoitokodin vastaava sairaanhoitaja/johtaja ja kunkin sairaalan toimipisteen PI, joka on konsultti COVID-osastolla tai linkitetty siihen. henkilö, joka arvioi kapasiteettia, kirjataan kaikkina aikoina, ja kirjaa pidetään). Niille, jotka palautuvat toimintakykynsä tämän tutkimuksen aikana, toimitetaan osallistujatietolomake (liite 4) luettavaksi ja pyydetään suostumus (liite 5), jos he haluavat jatkaa tutkimusta. Jos osallistujat eivät halua jatkaa, mahdolliset näytteet ja tiedot voidaan poistaa ja tuhota.

Näytteenotto: Kun tietoinen suostumus on saatu, jokainen osallistuja toimittaa (i) yhden 30 ml:n kokoverinäytteen, sylkinäytteen (~4 ml) ja yhden sarjan, jossa on enintään viisi 20 ul:n kuivattua veripistettä (DBS; vastaa viiden sormen lansetin verta). pisaroita) ja sivuvirtaustesti COVID-19-vasta-aineiden varalta, joka suoritetaan värväyksen yhteydessä (0–10 päivää oireiden alkamisesta), (ii) jälleen 14–28 päivää oireiden alkamisen jälkeen (iii) uudelleen näytteet otetaan vain, jos keuhkokuume ilmenee jakson aikana (yleensä vain vaikeissa oiretapauksissa) (iv) Lisäksi, jos mahdolliset näytteet otetaan 3 kuukauden, 6 kuukauden, 12 kuukauden ja 18 kuukauden kuluttua oireiden alkamisesta, jälkimmäiset näytteenotto tapahtuu sovittuna sopivana ajankohtana. aika ja paikka.

Sairaala- ja hoitokotihenkilöstön rekrytointi:

Kaikki 18-vuotiaat ja sitä vanhemmat HSC:n työntekijät, jotka työskentelevät WHSCT:n, BHSCT:n ja SHSCT:n tiloissa sekä luottamusalueilla sijaitsevissa hoitokodeissa (n = 500), voivat osallistua tähän tutkimukseen. Kaikille henkilökunnalle lähetetään luottamus-/hoitokodin laajuiset sähköpostit, joihin on liitetty tutkimusta selostava PIS (liite 6). Lisäksi tutkimukseen liittyvää tietoa laitetaan Luottamus- ja Hoitokodin nettisivuille ja sosiaalisen median alustoille mm. Facebook ja Twitter. Julisteet (liite 8) sijoitetaan myös yleisiin tiloihin, jotta tiedot ovat kaikkien saatavilla. Henkilökunta ohjataan tutkimukseen osallistuvien tutkijoiden luo sähköpostitse tai puhelimitse keskustelemaan tutkimuksesta tarkemmin. Niille, jotka edelleen haluavat osallistua ja jotka täyttävät osallistumiskriteerit, hankitaan tutkija(t)lta kirjallinen tietoinen suostumus (liite 7).

Näytteenotto: Kun tietoinen suostumus on saatu, jokainen osallistuja toimittaa (i) yhden 30 ml:n kokoverinäytteen, yhden sarjan kuivattuja veripisteitä (DBS) ja sylkinäytteen (~ 4 ml) rekrytoinnin yhteydessä. Sitten vain, jos SARS-CoV-2-oireita, kuten korkea lämpötila / uusi jatkuva yskä https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ koettu 2 viikon rekrytointijakson aikana: (ii) sylkinäyte, yksi 30 ml:n kokoverinäyte ja yksi sarja kuivattuja veripisteitä (DBS) ja suoritettu lateraalivirtausmääritys COVID-19-vasta-aineiden varalta (0–10 päivää oireista) (iii) sylkinäyte, yksi 30 ml:n kokoverinäyte ja yksi DBS-sarja sekä lateraalivirtausmääritys COVID-19-vasta-aineiden toteamiseksi 14–28 päivän kuluttua oireiden alkamisesta (iii) sylkinäyte, yksi ylimääräinen sarja 30 ml kokoverta ja DBS otetaan vain, jos keuhkokuume ilmenee aikana (yleensä vain vaikeissa oiretapauksissa) (iv) Lisäksi, mikäli mahdollista, näyte otetaan myös 3 kuukauden, 6 kuukauden ja 12 kuukauden kuluttua oireiden alkamisesta. Näytteenotto tapahtuu sovittuna aikana ja sopivassa paikassa.

Tiedonkeruu kaikille kohorteille (mukaan lukien COVRES2-seuranta):

Kerätyt ilmiötiedot vastaavat kansainvälisiä/kansallisia fenotyyppitietojen keräämistä koskevia tietoja (HDRUK). Kun tutkimusryhmän jäsen on saanut tietoisen suostumuksen (liitteet 3, 5 ja 7), osallistujia pyydetään vastaamaan jokaisena ajankohtana terveys- ja elämäntapakyselyyn (liite 9), joka sisältää kysymyksiä heidän yleisestä lääketieteellisestä ja kliinisestä historiastaan, kuten kuten liitännäissairaudet, lääkkeet, hengityselinten sairaudet, COVID-19-oireet, sairaalahoitoon saapumisaika (jos sairaalassa) sekä elämäntottumukset, sukuhistoria jne.

Tutkijat keräävät puuttuvat tiedot käyttämällä osallistujien sähköisiä hoitotietueita tai osallistujien lääketieteellisiä muistiinpanoja, mikäli tälle vaihtoehdolle on saatu huomio. Väestömuuttujat iän ja sukupuolen lisäksi sisältävät pituuden, painon ja verenpaineen, jotka haetaan myös osallistujien sähköisestä hoitotiedosta. Tutkijoilla on kunniasopimus Health Trustissa, ja heillä on hyväksyntä ja koulutus päästäkseen ja käyttämään potilasasiakirjoja. Mikäli tiettyjä tietoja puuttuu, tutkijat pyytävät lupaa seurata potilasta myöhemmin puhelimitse. Kaikki potilastiedot ovat käytettävissä Altnagelvinin sairaalan sivustolla C-TRIC:ssä ja tiedot syötetään manuaalisesti tietokantaan yliopiston salasanalla suojatulla ja salatulla kannettavalla tietokoneella.

Osallistujilta kysytään myös, vahvistetaanko suostumus joka ajankohtana, jotta he voivat täyttää validoidun mielenterveyskyselyn, yleisen terveyskyselyn (GHQ-12) (liite 10) arvioidakseen heidän tilansa tai havaitun riskin ja mielenterveyden välistä yhteyttä. ja hyvinvointia. Tutkijat järjestävät tämän kyselyn täyttämisen osallistujalle sopivaan aikaan joko rekrytointipäivänä, seurantakäyntien aikana, verkossa tai puhelimitse.

Osallistujilla on myös mahdollisuus suostua siihen, että heihin otetaan uudelleen yhteyttä saadakseen tietoa tulevista tutkimuksista.

Näytteiden käsittely, varastointi ja analysointi

Sylkeä ~ 4 ml kerätään Oragenen syljenkeräyssarjoihin (DNA Genotek), käsitellään ja analysoidaan COVID-19-genomisekvenssin ja mikrobiomianalyysin varalta.

Kokoverinäytteet käsitellään plasman ja virtaussytometrian uuttamiseksi. Paperilevyjä rei'itetään kuivatuista veripistenäytteistä (DBS) ja proteiineista, määrätyistä lääkkeistä, lääkeaineenvaihduntatuotteista ja DNA:sta, joka uutetaan lisäämällä rutiinieluointipuskuria. Sivuvirtaustiedot kirjataan lokiin määrityshetkellä ja mahdollisuuksien mukaan COVID-19-sovelluksen valokuva testiliuskatuloksista arkistoidaan. DBS-uutteet ja plasmanäytteet kirjataan, jaetaan eriin ja merkitään yksilöllisillä viivakooditunnisteilla ennen varastointia -80'C:ssa Northern Ireland Center for Stratified Medicine (NICSM) -keskuksessa analyysiin asti. DBS-proteiini (IgG, C-reaktiivinen proteiini ja sytokiinit ja plasma analysoidaan ELISA- ja OLINK-menetelmällä tai lääkeaineenvaihduntatuotteet massaspektrometrialla). Osallistujan suostumuksella DBS:stä/verinäytteistä uutettu DNA tulevaa koko genomin sekvensointia (WGS) varten ja uutetut lääkeaineenvaihduntatuotteet säilytetään -80 C:ssa. Jokaisesta osallistujan DNA-näytteestä luodaan koko genomisekvenssi. Valitulle potilasnäytteiden ryhmälle tehdään myös transkriptomiikka (RNA Seq), mikrobiomi- ja metylaatioanalyysit.

Kokoverinäytteille ja vanupuikkouutteelle tehdään virusgenomianalyysit, sekvensointi, transkriptomiikka, epigenetiikka, yhden nukleotidin polymorfismin (SNP) genotyypitys, WGS- ja RNAseq-sukupolvi. Tutkijat tai kolmas osapuoli, kuten Queens University Belfastin (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Ruotsi) tai Genomics Medicine Ireland (GMI) virologialaboratoriot, tekevät näyteanalyysin NICSM:ssä. , Dublin, Dublin). Tämä edellyttää plasman/seerumin tai DNA:n alikvoottien siirtämistä hyväksytyille kolmannen osapuolen proteomi- tai genomi- tai palveluntarjoajille (kuten QUB, Olink tai GMI). Tässä tapauksessa kaikki näytteet pseudoanonymisoidaan. Osallistujan tunnistamiseen liittyviä koodeja ei paljasteta tälle tutkimuskumppanille, vaan ne ovat päätutkijan hallussa. Kolmannen osapuolen palveluntarjoajat on jo hyväksytty palveluntarjoajiksi, joilla on riittävät todisteet tietojen tallennuksen ja siirron salauksesta sekä asianmukaiset materiaalinsiirto-, luottamuksellisuus- ja immateriaaliomaisuussopimukset, jotka on allekirjoitettu sekä kolmannen osapuolen että yliopiston kanssa. Käyttämätön DNA tai plasma, jonka kolmas osapuoli, kuten GMI tai Olink®-proteomiikka, analysoi, tuhotaan. Tutkimusorganisaatiot, jotka käyttävät näytteitä tai näytteiden analysoinnista saatua dataa, voivat olla voittoa tavoittelemattomia esim. yliopistot tai voittoa tavoittelevat kaupalliset yhtiöt (kuten GMI). GMI on kuitenkin suostunut suorittamaan: SNP-genotyypityksen, WGS- ja RNAseq-sukupolvianalyysin ilman kustannuksia. Osallistujan nimeä, osoitetta ja henkilötietoja ei anneta minkään tutkimusryhmän ulkopuolisen organisaation saataville

Analyysi

Kaikki sekvensointi, metylaatio ja proteoomianalyysi on hankittu Azenta (GeneWiz), Genuity ja Olink Proteomicsilta. Virtaussytometria ja 16s mikrobiomianalyysi valmistuvat CTRIC:ssä.