COVID-RESPONS-ONDERZOEK (COVRES) (COVRES)

Werving van ziekenhuis- en verpleeghuispatiënten:

COVID-19-positieve/SARS-CoV-2-gehospitaliseerde patiënten en niet-gehospitaliseerde patiënten (n = 700) van 18 jaar en ouder getest bij de WHSCT, BHSCT en SHSCT en zijn opgenomen op COVID-19/SARS-CoV-2-ziekenhuisafdelingen (inclusief van de Intensive Care Units) of poliklinische patiënten en bewoners van verpleeghuizen die zijn aangesloten bij trusts, worden in eerste instantie benaderd door hun clinicus, hoofdverpleegkundige of een NICRN-onderzoeksverpleegkundige. Onderzoekers spreken met de patiënt(en) over het onderzoek en als de patiënt geïnteresseerd is, zal mondelinge toestemming worden verkregen voor de onderzoeker om op te volgen met een deelnemersinformatieblad (PIS) (bijlage 6). Geïnteresseerde patiënten die aan de inclusiecriteria voldoen, kunnen dan rechtstreeks face-to-face spreken (waarbij de verpleegkundige een geschikte tijd voor de onderzoeker zal regelen om de patiënt te bezoeken) met de onderzoekers, het onderzoek zal in detail worden besproken en eventuele problemen zullen worden aangepakt. Als deelnemers nog steeds geïnteresseerd zijn in deelname, zal schriftelijke geïnformeerde toestemming (bijlage 7) worden verkregen door de onderzoeker(s) voorafgaand aan inschrijving voor het onderzoek.

In het geval van die ALC, en wanneer een familielid niet beschikbaar is om als genomineerde persoon op te treden, zal het onderzoeksteam in samenwerking met de PI een genomineerde persoon identificeren die geen verband houdt met de uitvoering van het onderzoek en bereid is een verklaring af te geven voor deze studie. De genomineerde persoon zal altijd lid zijn van het verplegend personeel of het managementteam en deel uitmaken van het bredere multidisciplinaire team binnen de ziekenhuisafdeling of verpleeghuisfaciliteit van de persoon met een capaciteitstekort. De genomineerde persoon krijgt ook een uitnodigingsbrief en PIS (bijlage 13) en eventuele vragen worden beantwoord. De genomineerde persoon kan dan contact opnemen met het onderzoeksteam als vermoed wordt dat de potentiële deelnemer geïnteresseerd zou zijn in dit onderzoek. De potentiële deelnemer zal niet worden ingeschreven voor het onderzoek totdat volledige geïnformeerde toestemming (bijlage 14) is gegeven door de genomineerde persoon. Dit zal nog steeds van toepassing zijn op alle tijdstippen voor die personen van wie het onwaarschijnlijk is dat ze weer capaciteit zullen krijgen en voor die patiënten in het ziekenhuis die verdoofd/beademd zijn vanwege hun COVID-19-symptomen, die mogelijk weer capaciteit zullen krijgen. Voor die patiënten zal de capaciteit altijd worden beoordeeld door een lid van hun directe klinische zorgteam, de verantwoordelijke verpleegkundige/manager in het verpleeghuis en de PI op elke ziekenhuislocatie die de consultant zal zijn op of verbonden is met de COVID-afdeling (de persoon die de capaciteit beoordeelt, wordt op alle tijdstippen geregistreerd en bijgehouden). Voor degenen die tijdens de duur van dit onderzoek capaciteit herwinnen, zal een informatieblad voor deelnemers worden verstrekt (bijlage 4) om te lezen en er zal toestemming worden gevraagd (bijlage 5) als men door wil gaan met het onderzoek. Als deelnemers niet verder willen, wordt de mogelijkheid geboden om eventuele monsters en gegevens in te trekken en te vernietigen.

Monsterafname: zodra geïnformeerde toestemming is verkregen, zal elke deelnemer (i) een volbloedmonster van 30 ml, een speekselmonster (~ 4 ml) en een set van maximaal vijf 20 µl gedroogde bloedspots (DBS; gelijk aan bloed met vijf vingerlancetten) verstrekken druppeltjes) en een laterale flow-test voor COVID-19-antilichamen uitgevoerd bij rekrutering (tussen 0 en 10 dagen na het begin van de symptomen), (ii) opnieuw tussen 14-28 dagen na het begin van de symptomen (iii) opnieuw zullen er alleen monsters worden verzameld als longontsteking optreedt tijdens de episode (meestal alleen in gevallen van ernstige symptomen) (iv) Bovendien, waar mogelijk zullen monsters worden verzameld na 3 maanden, 6 maanden, 12 maanden en 18 maanden na het begin van de symptomen, zullen de laatste monsterafnames plaatsvinden op een overeengekomen geschikte datum tijd en plaats.

Werving ziekenhuis- en verpleeghuispersoneel:

Alle HSC-medewerkers van 18 jaar en ouder, werkzaam binnen faciliteiten van de WHSCT, BHSCT en de SHSCT en trust-aangesloten verpleeghuizen binnen de trustgebieden (n = 500) komen in aanmerking om deel te nemen aan dit onderzoek. Vertrouwen/verpleeghuisbrede e-mails met een bijgevoegd PIS waarin het onderzoek wordt uitgelegd (bijlage 6) zullen naar alle medewerkers worden gestuurd. Daarnaast zal informatie over het onderzoek worden geplaatst op Trust- en Verpleeghuiswebsites en socialemediaplatforms, b.v. Facebook en Twitter. Ook zullen er posters (bijlage 8) in de gemeenschappelijke ruimtes worden geplaatst zodat informatie voor iedereen toegankelijk is. Het personeel zal via e-mail of telefoon worden doorverwezen naar de onderzoekers van het onderzoek om het onderzoek in meer detail te bespreken. Voor degenen die alsnog wensen deel te nemen en die voldoen aan de inclusiecriteria, zal schriftelijke geïnformeerde toestemming (bijlage 7) worden verkregen door de onderzoeker(s).

Monsterafname: zodra geïnformeerde toestemming is verkregen, zal elke deelnemer (i) een volbloedmonster van 30 ml, een set gedroogde bloedspots (DBS) en een speekselmonster (~ 4 ml) verstrekken bij werving. Dan, alleen als SARS-CoV-2-symptomen zoals een hoge temperatuur/een nieuwe aanhoudende hoest https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ ervaren gedurende 2 weken na wervingsperiode: (ii) een speekselmonster, één volbloedmonster van 30 ml en één set gedroogde bloedspots (DBS) en een laterale flow-assay voor COVID-19-antilichamen uitgevoerd (tussen 0 en 10 dagen van symptoom begin), (iii) een speekselmonster, één volbloedmonster van 30 ml en één set DBS en een laterale flow-assay voor COVID-19-antilichamen uitgevoerd tussen 14-28 dagen na het begin van de symptomen (iii) een speekselmonster, één extra set van 30 ml volbloed en DBS alleen te nemen als longontsteking optreedt tijdens (meestal alleen in gevallen met ernstige symptomen) (iv) Bovendien zal waar mogelijk ook monster worden genomen na 3 maanden, 6 maanden en 12 maanden na het begin van de symptomen. Monsterafnames vinden plaats op een overeengekomen geschikte tijd en plaats.

Gegevensverzameling voor alle cohorten (inclusief COVRES2-follow-up):

De verzamelde fenomische gegevens komen overeen met internationale/nationale gegevens voor fenotypische gegevensverzameling (HDRUK). Nadat geïnformeerde toestemming (bijlagen 3, 5 en 7) is verkregen door een lid van het onderzoeksteam, wordt de deelnemers gevraagd om op elk tijdstip een vragenlijst over gezondheid en levensstijl in te vullen (bijlage 9) met vragen over hun algemene medische en klinische geschiedenis, zoals zoals comorbiditeiten, medicijnen, luchtwegaandoeningen, COVID-19-symptomatologie, tijd tot opname in het ziekenhuis (indien in het ziekenhuis opgenomen), evenals levensstijlgewoonten, familiegeschiedenis enz.

Ontbrekende informatie zal door de onderzoekers worden verzameld door toegang te krijgen tot de elektronische zorgdossiers van de deelnemers of de medische notities van de deelnemers, op voorwaarde dat toestemming is verkregen voor deze optie. Demografische variabelen naast leeftijd en geslacht, zoals lengte, gewicht en bloeddruk, worden ook opgehaald uit het elektronische zorgdossier van de deelnemer. De onderzoekers krijgen een erecontract binnen de Health Trust(s) en krijgen goedkeuring en training om toegang te krijgen tot en gebruik te maken van de patiëntenzorgdossiers. Indien bepaalde informatie ontbreekt, zullen de onderzoekers toestemming vragen om op een later tijdstip telefonisch contact op te nemen met de patiënt. Alle medische dossiers zijn toegankelijk op de site van het Altnagelvin-ziekenhuis op C-TRIC en de informatie wordt handmatig ingevoerd in een database op een met een wachtwoord beveiligde en gecodeerde laptop van de universiteit.

Deelnemers wordt ook gevraagd of toestemming op elk tijdstip wordt bevestigd, om een ​​gevalideerde vragenlijst over de geestelijke gezondheid in te vullen, de General Health Questionnaire (GHQ-12), (bijlage 10) om het verband tussen hun toestand of waargenomen risico en hun geestelijke gezondheid te beoordelen. en welzijn. De onderzoekers zullen ervoor zorgen dat deze vragenlijst wordt ingevuld op een tijdstip dat de deelnemer schikt, hetzij op de dag van werving, tijdens de vervolgbezoeken, online of telefonisch.

Deelnemers hebben ook de keuze om toestemming te geven om opnieuw gecontacteerd te worden om informatie over toekomstige studies te ontvangen.

Monsterverwerking, opslag en analyse

Speeksel ~ 4 ml wordt verzameld in Oragene-speekselverzamelingskits (DNA Genotek), verwerkt en geanalyseerd voor COVID-19-genoomsequencing en microbioomanalyse.

Volbloedmonsters zullen worden verwerkt om plasma- en flowcytometrie te extraheren. Papieren schijfjes worden geponst uit gedroogde bloedvlekmonsters (DBS) en eiwit, voorgeschreven medicatie, medicijnmetabolieten en DNA dat wordt geëxtraheerd door toevoeging van een routinematige elutiebuffer. Laterale stroomgegevens worden gelogd op het moment van de assay en waar mogelijk wordt een speciale COVID-19-app-foto van het resultaat van de teststrip gearchiveerd. DBS-extracten en plasmamonsters worden gelogd, in porties verdeeld en gelabeld met unieke streepjescode-identificatoren voorafgaand aan opslag bij -80°C in het Northern Ireland Centre for Stratified Medicine (NICSM) tot analyse. DBS-eiwit (IgG, C-reactief eiwit en cytokines en plasma zullen worden geanalyseerd met behulp van ELISA en OLINK of geneesmiddelmetabolieten door middel van massaspectrometrie. Met instemming van de deelnemers worden DNA dat is geëxtraheerd uit DBS/bloedmonsters voor toekomstige sequentiebepaling van het hele genoom (WGS) en geëxtraheerde geneesmiddelmetabolieten opgeslagen bij -80 °C. Van elk DNA-monster van een deelnemer wordt een volledige genoomsequentie gegenereerd. Een geselecteerd cohort van patiëntmonsters zal ook worden onderworpen aan transcriptomics (RNA Seq), microbioom- en methyleringsanalyses.

Volbloedmonsters en extracten van uitstrijkjes ondergaan virale genoomanalyses, sequencing, transcriptomics, epigenetica, single nucleotide polymorphism (SNP) genotypering, WGS en RNAseq generatie. Monsteranalyse zal worden uitgevoerd bij NICSM door de onderzoekers of door een derde partij, zoals de virologielaboratoria van Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Zweden) of Genomics Medicine Ireland (GMI). , Dublin, Dublin). Hiervoor moeten aliquots van plasma/serum of DNA worden overgedragen aan de goedgekeurde externe proteomische of genomische of dienstverleners (zoals QUB, Olink of GMI). In dat geval worden alle monsters pseudo-geanonimiseerd. De codes met betrekking tot de identificatie van de deelnemer worden niet bekendgemaakt aan deze onderzoekspartner en blijven in bewaring bij de hoofdonderzoeker. Externe aanbieders zijn al goedgekeurd als dienstverleners met voldoende bewijs van versleuteling bij opslag en overdracht van gegevens en passende overeenkomsten voor materiaaloverdracht, vertrouwelijkheid en intellectueel eigendom ondertekend door zowel de derde partij als de universiteit. Ongebruikt DNA of plasma dat is geanalyseerd door een derde partij zoals GMI of Olink® proteomics zal worden vernietigd. De onderzoeksorganisaties die monsters of gegevens die zijn afgeleid van analyse van monsters zullen gebruiken, kunnen geen winstoogmerk hebben, b.v. universiteiten of commerciële bedrijven met winstoogmerk (zoals GMI). GMI is echter overeengekomen om kosteloos SNP-genotypering, WGS- en RNAseq-generatieanalyse uit te voeren. De naam, het adres en de persoonlijke gegevens van de deelnemer worden niet beschikbaar gesteld aan enige organisatie buiten het onderzoeksteam

Analyse

Alle sequencing, methylatie en proteoomanalyse zijn uitbesteed aan Azenta (GeneWiz), Genuity en Olink Proteomics. Flowcytometrie en 16s microbioomanalyse zullen worden voltooid bij CTRIC.