COVID-RESPONSSTUDIE (COVRES) (COVRES)

Patientrekrytering på sjukhus och vårdhem:

Covid-19 positiva/SARS-CoV-2 slutenpatienter och icke-inlagda patienter (n = 700) i åldern 18 år och äldre testade vid WHSCT, BHSCT och SHSCT och har lagts in på covid-19/SARS-CoV-2 sjukhusavdelningar (inklusive från intensivvårdsavdelningarna) eller öppenvårdspatienter och invånare på vårdhem som är anslutna till vårdhem kommer till en början att kontaktas av sin läkare, äldre sjuksköterska eller en NICRN-forskningssköterska. Utredarna kommer att tala med patienten/patienterna om studien och om patienten är intresserad erhålls muntligt samtycke för att forskaren ska följa upp med ett deltagarinformationsblad (PIS) (bilaga 6). De intresserade patienter som uppfyller inklusionskriterierna kan sedan tala direkt ansikte mot ansikte (där sjuksköterskan kommer att ordna en lämplig tidpunkt för forskaren att besöka patienten) med forskarna, studien kommer att diskuteras i detalj och eventuella frågor kommer att tas upp. Om deltagarna fortfarande är intresserade av att delta kommer skriftligt informerat samtycke (bilaga 7) att erhållas av forskaren/erna innan registreringen i studien.

När det gäller dessa ALC, och där en familjemedlem inte är tillgänglig att agera som nominerad person kommer forskargruppen i samarbete med PI att identifiera en nominerad person som inte är relaterad till forskningens genomförande och som är villig att lämna en förklaring för den här studien. Den nominerade personen kommer alltid att vara en medlem av vårdpersonalen eller ledningsgruppen och en del av det bredare multidisciplinära teamet inom sjukhusavdelningen eller vårdhemmet för den kapacitetsbristande individen. Den nominerade personen kommer även att få ett inbjudningsbrev och PIS (bilaga 13) och eventuella frågor besvarade, den nominerade personen kan då kontakta forskargruppen om man tror att den potentiella deltagaren skulle ha varit intresserad av denna forskning. Den potentiella deltagaren kommer inte att registreras i studien förrän fullt informerat samtycke (bilaga 14) har givits av den nominerade personen. Detta kommer fortfarande att gälla vid alla tidpunkter för de individer som sannolikt inte kommer att återfå kapaciteten och för de patienter på sjukhus som är sövda/ventilerade på grund av sina covid-19-symtom, som kan återfå kapaciteten. För dessa patienter kommer kapaciteten alltid att bedömas av en medlem av deras direkta kliniska vårdteam, ansvarig sjuksköterska/chef på vårdhemmet och PI på varje sjukhusplats som kommer att vara konsult på eller kopplad till covid-avdelningen (The person som bedömer kapacitet kommer att registreras vid alla tidpunkter och ett register förs). För dem som återfår kapaciteten under den här forskningens varaktighet kommer ett deltagarinformationsblad att tillhandahållas (bilaga 4) för att läsa och samtycke (bilaga 5) kommer att sökas om det finns önskemål om att fortsätta med studien. Om deltagarna inte vill fortsätta kommer det att finnas möjlighet att eventuella prover och data dras tillbaka och förstörs.

Provtagning: När informerat samtycke har erhållits kommer varje deltagare att tillhandahålla (i) ett 30 ml helblodsprov, ett salivprov (~4 ml) och en uppsättning med upp till fem 20 ul torkade blodfläckar (DBS; motsvarande fem finger lansettblod droppar) och en sidoflödesanalys för covid-19-antikroppar utförd vid rekrytering (mellan 0 och 10 dagar efter symtomdebut), (ii) igen mellan 14-28 dagar efter symtomdebut (iii) igen kommer prover att samlas in endast om lunginflammation inträffar under episod (vanligtvis endast vid allvarliga symtomfall) (iv) Dessutom, där eventuella prover kommer att samlas in efter 3 månader, 6 månader, 12 månader och 18 månader efter symtomdebut, kommer de senare provtagningarna att ske vid en överenskommen lämplig tid och plats.

Rekrytering av personal på sjukhus och vårdhem:

Alla HSC-anställda i åldern 18 år och äldre, anställda inom anläggningar vid WHSCT, BHSCT och SHSCT och litar på anslutna vårdhem inom förtroendeområdena (n = 500) är berättigade att delta i denna forskning. E-postmeddelanden med ett bifogat PIS som förklarar studien (bilaga 6) kommer att skickas till all personal. Dessutom kommer information angående forskningen att läggas ut på förtroende- och vårdhemswebbplatser och sociala medieplattformar t.ex. Facebook och Twitter. Affischer (bilaga 8) kommer också att placeras i gemensamma utrymmen för att säkerställa att information är tillgänglig för alla. Personalen kommer att hänvisas till forskarna i studien via e-post eller telefon för att diskutera studien mer i detalj. För de som ändå vill delta och som uppfyller inklusionskriterierna inhämtas skriftligt informerat samtycke (bilaga 7) av forskaren/forskarna.

Provtagning: När informerat samtycke har erhållits kommer varje deltagare att tillhandahålla (i) ett 30 ml helblodsprov, en uppsättning torkade blodfläckar (DBS) och ett salivprov (~4 ml) vid rekryteringen. Då, bara om SARS-CoV-2-symtom som hög temperatur/en ny kontinuerlig hosta https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ upplevt under 2 veckor efter rekryteringsperioden: (ii) ett salivprov, ett 30 ml helblodsprov och en uppsättning torkade blodfläckar (DBS) och en sidoflödesanalys för COVID-19-antikroppar utförd (mellan 0 och 10 dagars symtom debut), (iii) ett salivprov, ett 30 ml helblodsprov och en uppsättning DBS och en sidoflödesanalys för covid-19-antikroppar utförd mellan 14-28 dagar efter symtomdebut (iii) ett salivprov, en extra uppsättning 30 ml helblod och DBS som ska tas endast om lunginflammation inträffar under (vanligtvis endast vid allvarliga symtomfall) (iv) Dessutom kommer prov om möjligt att tas efter 3 månader, 6 månader och 12 månader efter symtomdebut. Provtagningar kommer att ske vid en överenskommen lämplig tid och plats.

Datainsamling för alla kohorter (inklusive COVRES2-uppföljning):

Den insamlade fenomiska data kommer att överensstämma med internationella/nationella data för fenotypisk datainsamling (HDRUK). Efter informerat samtycke (bilagorna 3, 5 & 7) har erhållits av en medlem av forskargruppen, kommer deltagarna att uppmanas att besvara ett hälso- och livsstilsformulär vid varje tidpunkt (bilaga 9) som inkluderar frågor om deras allmänna medicinska och kliniska historia, t.ex. som komorbiditeter, mediciner, luftvägssjukdomar, COVID-19-symptomatologi, tid till sjukhusvård (om inlagd på sjukhus) samt livsstilsvanor, familjehistoria etc.

Saknad information kommer att samlas in av forskarna genom att få tillgång till deltagarnas elektroniska vårdjournaler eller deltagarnas medicinska anteckningar, förutsatt att man har fått tillstånd för detta alternativ. Demografiska variabler utöver ålder och kön kommer att omfatta längd, vikt och blodtryck kommer också att hämtas från deltagarnas elektroniska vårdjournal. Forskarna kommer att ha ett hederskontrakt inom Health Trust(s) och kommer att ha godkännande och utbildning för att få tillgång till och använda patientvårdsjournalerna. Om viss information saknas kommer forskarna att be om tillstånd att följa upp patienten vid ett senare tillfälle via telefon. Alla medicinska journaler kommer att nås på Altnagelvin-sjukhusets webbplats vid C-TRIC och information kommer att matas in manuellt till en databas på en universitetslösenordsskyddad och krypterad bärbar dator.

Deltagarna kommer också att tillfrågas om samtycke bekräftas vid varje tidpunkt för att fylla i ett validerat frågeformulär för mental hälsa, General Health Questionnaire (GHQ-12), (bilaga 10) för att bedöma sambandet mellan deras tillstånd eller upplevda risk och deras mentala hälsa och välbefinnande. Forskarna kommer att ordna med att fylla i detta frågeformulär vid en lämplig tidpunkt för deltagaren antingen på rekryteringsdagen, under uppföljningsbesöken, online eller per telefon.

Deltagarna har också valet att samtycka till att bli kontaktade igen för att få information om framtida studier.

Provbearbetning, lagring och analys

Saliv ~ 4 ml kommer att samlas in i Oragene salivinsamlingskit (DNA Genotek), bearbetas och analyseras för COVID-19-genomsekvensering och mikrobiomanalys.

Helblodsprover kommer att bearbetas för att extrahera plasma och flödescytometri. Pappersskivor kommer att stansas ut ur torkade blodfläcksprover (DBS) och protein, ordinerad medicin, läkemedelsmetaboliter och DNA extraherat genom tillsats av en rutinmässig elueringsbuffert. Lateralflödesdata kommer att loggas vid tidpunkten för analysen och där det är möjligt arkiveras ett dedikerat COVID-19-appfoto av teststicksresultat. DBS-extrakt och plasmaprover kommer att loggas, alikvoteras och märkas med unika streckkodsidentifierare innan de lagras vid -80°C i Northern Ireland Center for Stratified Medicine (NICSM) fram till analys. DBS-protein (IgG, C-reaktivt protein och cytokiner och plasma kommer att analyseras med hjälp av ELISA och OLINK eller läkemedelsmetaboliter genom masspektrometri. Med deltagaröverenskommelse kommer DNA extraherat från DBS/blodprover för framtida helgenomsekvensering (WGS) och extraherade läkemedelsmetaboliter att lagras vid -80C in. En hel genomsekvens kommer att genereras från varje deltagares DNA-prov. En utvald kohort av patientprover kommer också att utsättas för transkriptomik (RNA Seq), mikrobiom och metyleringsanalyser.

Helblodsprover och svabbextrakt kommer att genomgå viral genomanalys, sekvensering, transkriptomik, epigenetik, genotypning av singelnukleotidpolymorfism (SNP), generering av WGS och RNAseq. Provanalys kommer att utföras vid NICSM av forskarna eller av en tredje part, såsom virologilaboratorierna vid Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Sverige) eller Genomics Medicine Ireland (GMI) , Dublin, Dublin). Detta kräver att alikvoter av plasma/serum eller DNA överförs till de godkända tredjepartsleverantörerna av proteomik eller genom eller tjänsteleverantörer (som QUB, Olink eller GMI). I detta fall kommer alla prover att pseudo-anonymiseras. Koderna för deltagaridentifikation kommer inte att avslöjas för denna studiepartner och förblir i chefsutredarens förvar. Tredjepartsleverantörer har redan godkänts som tjänsteleverantörer med tillfredsställande bevis på kryptering vid lagring och överföring av data och lämpliga avtal om materialöverföring, konfidentialitet och immateriella rättigheter som undertecknats av både tredje parten och universitetet. Oanvänt DNA eller plasma som analyseras av en tredje part såsom GMI eller Olink® proteomics kommer att förstöras. De forskningsorganisationer som kommer att använda prover eller data som härrör från analys av prover skulle kunna vara icke-vinstdrivande t.ex. universitet eller kommersiella företag med vinstsyfte (såsom GMI). GMI har dock gått med på att genomföra: SNP-genotypning, WGS- och RNAseq-genereringsanalys utan kostnad. Deltagarens namn, adress och personliga uppgifter kommer inte att göras tillgängliga för någon organisation utöver studieteamet

Analys

All sekvensering, metylering och proteoomanalys kommer från Azenta (GeneWiz), Genuity och Olink Proteomics. Flödescytometri och 16s mikrobiomanalys kommer att slutföras vid CTRIC.