BADANIE ODPOWIEDZI NA COVID (COVRES) (COVRES)

Rekrutacja pacjentów szpitali i domów opieki:

Pacjenci z dodatnim wynikiem COVID-19/SARS-CoV-2 hospitalizowani i niehospitalizowani (n = 700) w wieku 18 lat i starsi, przebadani w WHSCT, BHSCT i SHSCT i zostali przyjęci na oddziały szpitalne COVID-19/SARS-CoV-2 (w tym z Oddziałów Intensywnej Terapii) lub pacjentów ambulatoryjnych i mieszkańców domów opieki stowarzyszonych z funduszem powierniczym początkowo skontaktuje się z lekarzem, starszą pielęgniarką lub pielęgniarką badawczą NICRN. Badacze porozmawiają z pacjentem (pacjentami) na temat badania, a jeśli pacjent jest zainteresowany, uzyskana zostanie ustna zgoda badacza na uzupełnienie arkusza informacyjnego uczestnika (PIS) (załącznik 6). Zainteresowani pacjenci spełniający kryteria włączenia mogą następnie porozmawiać bezpośrednio z badaczami (pielęgniarka ustali dogodny termin wizyty badacza u pacjenta), badanie zostanie szczegółowo omówione, a wszelkie kwestie zostaną omówione. Jeśli uczestnicy są nadal zainteresowani udziałem, przed włączeniem do badania naukowiec uzyska pisemną świadomą zgodę (załącznik 7).

W przypadku tych ALC, gdy członek rodziny nie jest dostępny do pełnienia funkcji osoby nominowanej, zespół badawczy w porozumieniu z PI wskaże osobę nominowaną niezwiązaną z prowadzeniem badań i chętną do złożenia oświadczenia o to badanie. Nominowana osoba zawsze będzie członkiem personelu pielęgniarskiego lub zespołu zarządzającego oraz członkiem szerszego zespołu multidyscyplinarnego w oddziale szpitalnym lub placówce domu opieki osoby niepełnosprawnej. Nominowana osoba otrzyma również list z zaproszeniem i PIS (załącznik 13) oraz odpowiedzi na wszelkie pytania, nominowana osoba może następnie skontaktować się z zespołem badawczym, jeśli uzna, że ​​potencjalny uczestnik byłby zainteresowany tymi badaniami. Potencjalny uczestnik nie zostanie zapisany na badanie do czasu wyrażenia pełnej świadomej zgody (załącznik 14) przez osobę nominowaną. Będzie to nadal obowiązywać we wszystkich punktach czasowych w przypadku osób, które prawdopodobnie nie odzyskają zdolności oraz pacjentów w szpitalu, którzy są poddawani sedacji/wentylacji z powodu objawów COVID-19, którzy mogą odzyskać zdolność. W przypadku tych pacjentów zdolność będzie zawsze oceniana przez członka ich zespołu bezpośredniej opieki klinicznej, pielęgniarkę/kierownika domu opieki oraz PI w każdym szpitalu, który będzie konsultantem na oddziale COVID lub z nim powiązanym (The osoba oceniająca zdolność będzie rejestrowana we wszystkich punktach czasowych i prowadzona będzie dokumentacja). Osobom, które odzyskają sprawność w czasie trwania tego badania, zostanie udostępniona karta informacyjna uczestnika (załącznik 4) do przeczytania i zostanie poproszona o zgodę (załącznik 5), jeśli będą chcieli kontynuować badanie. Jeśli uczestnicy nie chcą kontynuować, zapewniona zostanie opcja wycofania i zniszczenia wszelkich próbek i danych.

Pobieranie próbek: Po uzyskaniu świadomej zgody każdy uczestnik dostarczy (i) jedną 30 ml próbkę krwi pełnej, próbkę śliny (~4 ml) i jeden zestaw maksymalnie pięciu 20ul wysuszonych plamek krwi (DBS; odpowiednik krwi nakłutej pięcioma palcami kropelek) oraz test przepływu bocznego na obecność przeciwciał COVID-19 wykonany podczas rekrutacji (między 0 a 10 dniem wystąpienia objawów), (ii) ponownie między 14-28 dniem od wystąpienia objawów (iii) ponownie próbki zostaną pobrane tylko w przypadku wystąpienia zapalenia płuc podczas epizodu (zwykle tylko w przypadkach ciężkich objawów) (iv) Ponadto, jeśli to możliwe, próbki zostaną pobrane po 3 miesiącach, 6 miesiącach, 12 miesiącach i 18 miesiącach od wystąpienia objawów, te ostatnie pobieranie próbek odbędzie się w uzgodnionym dogodnym terminie czas i miejsce.

Rekrutacja personelu szpitali i domów opieki:

Wszyscy pracownicy HSC w wieku 18 lat i starsi, zatrudnieni w placówkach WHSCT, BHSCT i SHSCT oraz w domach opieki stowarzyszonych z trustami na obszarach powierniczych (n = 500) są uprawnieni do udziału w tym badaniu. Do całego personelu zostaną wysłane e-maile z funduszu/domu opieki z załączonym PIS wyjaśniającym badanie (załącznik 6). Ponadto informacje dotyczące badań zostaną umieszczone na stronach internetowych Domów Opieki i Opieki oraz platformach społecznościowych m.in. Facebooka i Twittera. Plakaty (załącznik 8) zostaną również umieszczone w pomieszczeniach ogólnodostępnych, zapewniając wszystkim dostęp do informacji. Personel zostanie skierowany do naukowców biorących udział w badaniu za pośrednictwem poczty elektronicznej lub telefonu w celu bardziej szczegółowego omówienia badania. W przypadku osób, które nadal chcą uczestniczyć i spełniają kryteria włączenia, badacz(e) uzyskają pisemną świadomą zgodę (załącznik 7).

Pobieranie próbek: Po uzyskaniu świadomej zgody każdy uczestnik dostarczy (i) jedną 30 ml próbkę krwi pełnej, jeden zestaw wysuszonych plam krwi (DBS) i próbkę śliny (~4 ml) podczas rekrutacji. Wtedy tylko wtedy, gdy objawy SARS-CoV-2, takie jak wysoka temperatura/nowy ciągły kaszel https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ wystąpiły w ciągu 2 tygodni po rekrutacji: (ii) pobrano próbkę śliny, jedną 30 ml próbkę krwi pełnej i jeden zestaw wysuszonych plam krwi (DBS) oraz wykonano test bocznego przepływu na obecność przeciwciał COVID-19 (między 0 a 10 dniem wystąpienia objawów początku), (iii) próbka śliny, jedna próbka krwi pełnej 30 ml i jeden zestaw DBS oraz test z przepływem bocznym na obecność przeciwciał COVID-19 wykonany między 14 a 28 dniem od wystąpienia objawów (iii) próbka śliny, jeden dodatkowy zestaw 30 ml krwi pełnej i DBS należy pobrać tylko w przypadku wystąpienia zapalenia płuc w trakcie (zwykle tylko w przypadkach ciężkich objawów) (iv) Ponadto, jeśli to możliwe, próbki zostaną również pobrane po 3 miesiącach, 6 miesiącach i 12 miesiącach od wystąpienia objawów. Pobieranie próbek odbywać się będzie w uzgodnionym dogodnym miejscu i czasie.

Gromadzenie danych dla wszystkich kohort (w tym obserwacja COVRES2):

Zebrane dane fenomiczne będą zgodne z międzynarodowymi/krajowymi danymi do zbierania danych fenotypowych (HDRUK). Po uzyskaniu świadomej zgody (załączniki 3, 5 i 7) przez członka zespołu badawczego, uczestnicy zostaną poproszeni o wypełnienie kwestionariusza dotyczącego zdrowia i stylu życia w każdym punkcie czasowym (załącznik 9), który zawiera pytania dotyczące ich ogólnej historii medycznej i klinicznej, takie jak jak choroby współistniejące, leki, choroby układu oddechowego, symptomatologia COVID-19, czas do przyjęcia do szpitala (jeśli był hospitalizowany), a także nawyki związane ze stylem życia, wywiad rodzinny itp.

Brakujące informacje zostaną zebrane przez badaczy poprzez dostęp do elektronicznych zapisów opieki nad uczestnikami lub do dokumentacji medycznej uczestników, pod warunkiem uzyskania zgody na tę opcję. Zmienne demograficzne oprócz wieku i płci będą obejmować wzrost, wagę i ciśnienie krwi, które zostaną również pobrane z elektronicznego rejestru opieki nad uczestnikiem. Naukowcy będą mieli honorowy kontrakt w ramach Health Trust (-ów) i będą mieli zatwierdzenie i szkolenie w zakresie dostępu do dokumentacji opieki nad pacjentem i korzystania z niej. W przypadku braku pewnych informacji badacze poproszą o pozwolenie na kontakt telefoniczny z pacjentem w późniejszym terminie. Cała dokumentacja medyczna będzie dostępna na stronie szpitala Altnagelvin w C-TRIC, a informacje będą ręcznie wprowadzane do bazy danych na uniwersyteckim laptopie chronionym hasłem i szyfrowanym.

Uczestnicy zostaną również poproszeni o potwierdzenie zgody w każdym punkcie czasowym, o wypełnienie zatwierdzonego kwestionariusza zdrowia psychicznego, kwestionariusza ogólnego stanu zdrowia (GHQ-12) (załącznik 10) w celu oceny związku między ich stanem lub postrzeganym ryzykiem a ich zdrowiem psychicznym i dobre samopoczucie. Badacze zorganizują wypełnienie tego kwestionariusza w dogodnym dla uczestnika terminie w dniu rekrutacji, podczas wizyt kontrolnych, online lub telefonicznie.

Uczestnicy mają również możliwość wyrażenia zgody na ponowny kontakt w celu otrzymania informacji dotyczących przyszłych studiów.

Przetwarzanie, przechowywanie i analiza próbek

Ślina ~ 4 ml zostanie pobrana w zestawach do pobierania śliny Oragene (DNA Genotek), przetworzona i przeanalizowana pod kątem sekwencjonowania genomu COVID-19 i analizy mikrobiomu.

Próbki krwi pełnej zostaną przetworzone w celu ekstrakcji osocza i cytometrii przepływowej. Krążki papierowe będą wycinane z wysuszonych próbek plam krwi (DBS) i białek, przepisanych leków, metabolitów leków i DNA ekstrahowanego przez dodanie rutynowego buforu do elucji. Dane przepływu bocznego będą rejestrowane w czasie wykonywania testu i, jeśli to możliwe, zdjęcie wyniku testu paskowego z dedykowanej aplikacji COVID-19 zostanie zarchiwizowane. Ekstrakty DBS i próbki osocza zostaną zarejestrowane, podzielone na porcje i oznaczone unikalnymi identyfikatorami kodów kreskowych przed przechowywaniem w temperaturze -80°C w Centrum Medycyny Stratyfikowanej Irlandii Północnej (NICSM) do czasu analizy. Białko DBS (IgG, białko C-reaktywne oraz cytokiny i osocze będą analizowane przy użyciu testów ELISA i OLINK lub metabolitów leków metodą spektrometrii mas. Za zgodą uczestnika DNA wyekstrahowane z DBS/próbek krwi do przyszłego sekwencjonowania całego genomu (WGS) i wyekstrahowane metabolity leków będą przechowywane w temperaturze -80°C. Cała sekwencja genomu zostanie wygenerowana z próbki DNA każdego uczestnika. Wybrana kohorta próbek pacjentów zostanie również poddana analizie transkryptomicznej (RNA Seq), analizie mikrobiomu i metylacji.

Próbki pełnej krwi i ekstrakt z wymazu zostaną poddane analizom genomu wirusowego, sekwencjonowaniu, transkryptomice, epigenetyce, genotypowaniu polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), generowaniu WGS i RNAseq. Analiza próbek zostanie przeprowadzona w NICSM przez naukowców lub stronę trzecią, taką jak laboratoria wirusologiczne na Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Szwecja) lub Genomics Medicine Ireland (GMI , Dublinie, Dublinie). Będzie to wymagało przeniesienia porcji osocza/surowicy lub DNA do zatwierdzonych zewnętrznych dostawców usług proteomicznych, genomicznych lub usługowych (takich jak QUB, Olink lub GMI). W takim przypadku wszystkie próbki zostaną pseudoanonimizowane. Kody związane z identyfikacją uczestników nie zostaną ujawnione temu partnerowi badania i pozostaną pod opieką głównego badacza. Dostawcy zewnętrzni zostali już zatwierdzeni jako usługodawcy z zadowalającymi dowodami na szyfrowanie podczas przechowywania i przesyłania danych oraz odpowiednimi umowami o przekazywaniu materiałów, zachowaniu poufności i własności intelektualnej, podpisanymi zarówno przez stronę trzecią, jak i Uniwersytet. Niewykorzystane DNA lub osocze analizowane przez stronę trzecią, taką jak GMI lub Olink® proteomics, zostaną zniszczone. Organizacje badawcze, które będą wykorzystywać próbki lub dane pochodzące z analizy próbek, mogą być organizacjami non-profit, np. uniwersytety lub komercyjne firmy nastawione na zysk (takie jak GMI). GMI zgodziło się jednak na bezpłatne wykonanie: genotypowania SNP, analizy WGS i generowania RNAseq. Nazwisko, adres i dane osobowe uczestnika nie zostaną udostępnione żadnej organizacji poza zespołem badawczym

Analiza

Całe sekwencjonowanie, metylacja i analiza proteomiczna zostały zlecone Azenta (GeneWiz), Genuity i Olink Proteomics. Cytometria przepływowa i analiza mikrobiomu 16s zostaną zakończone w CTRIC.