ИССЛЕДОВАНИЕ РЕАГИРОВАНИЯ НА COVID (COVRES) (COVRES)

Набор пациентов в больницы и дома престарелых:

Стационарные пациенты с положительным результатом на COVID-19 / SARS-CoV-2 и негоспитализированные пациенты (n = 700) в возрасте 18 лет и старше, протестированные в WHSCT, BHSCT и SHSCT и поступившие в больничные отделения COVID-19 / SARS-CoV-2 (в том числе из отделений интенсивной терапии) или амбулаторных пациентов, а также проживающих в домах престарелых, дочерних фондах траста, сначала свяжутся с лечащим врачом, старшей медсестрой или медсестрой-исследователем NICRN. Исследователи будут говорить с пациентом (пациентами) об исследовании, и, если пациент заинтересован, будет получено устное согласие исследователя на последующую отправку Информационного листа участника (PIS) (приложение 6). Заинтересованные пациенты, отвечающие критериям включения, могут затем напрямую поговорить лицом к лицу (при этом медсестра назначит удобное время для посещения исследователем пациента) с исследователями, исследование будет подробно обсуждено и любые вопросы будут решены. Если участники по-прежнему заинтересованы в участии, исследователь (исследователи) должен получить письменное информированное согласие (приложение 7) до включения в исследование.

В случае таких ALC и когда член семьи не может выступать в качестве назначенного лица, исследовательская группа совместно с PI определяет назначенное лицо, которое не имеет отношения к проведению исследования и готово предоставить декларацию для эта учеба. Назначенное лицо всегда будет членом сестринского персонала или управленческой команды и частью более широкой междисциплинарной команды в больничном отделении или учреждении дома престарелых человека, которому не хватает дееспособности. Назначенному лицу также будет предоставлено письмо-приглашение и PIS (приложение 13), а также ответы на любые вопросы. Назначенное лицо может затем связаться с исследовательской группой, если предполагается, что потенциальный участник был бы заинтересован в этом исследовании. Потенциальный участник не будет включен в исследование до тех пор, пока номинированное лицо не даст полного информированного согласия (приложение 14). Это по-прежнему будет применяться в любое время для тех пациентов, которые вряд ли восстановят дееспособность, и для тех пациентов в больнице, которые находятся на седации/вентиляции из-за симптомов COVID-19, которые могут восстановить дееспособность. Для этих пациентов возможности всегда будут оцениваться членом их бригады непосредственной клинической помощи, ответственной медсестрой/менеджером в доме престарелых и PI в каждой больнице, который будет консультантом в отделении COVID или связанным с ним (The лицо, оценивающее дееспособность, будет записано во все моменты времени и будет вестись запись). Тем, кто восстановит дееспособность в течение этого исследования, будет предоставлен информационный лист участника (приложение 4) для прочтения, и будет запрошено согласие (приложение 5), если есть желание продолжить исследование. Если участники не захотят продолжать, будет предоставлена ​​возможность изъять и уничтожить любые образцы и данные.

Сбор проб: После получения информированного согласия каждый участник предоставит (i) один образец цельной крови объемом 30 мл, образец слюны (~ 4 мл) и один набор из пяти 20-мкл сухих пятен крови (DBS; эквивалентно крови из ланцета из пяти пальцев). капли) и анализ латерального потока на антитела к COVID-19, проводимый при наборе (между 0 и 10 днями появления симптомов), (ii) снова между 14-28 днями после появления симптомов (iii) снова образцы будут собираться только в случае возникновения пневмонии во время эпизода (обычно только в случаях тяжелых симптомов) (iv) Кроме того, если возможные образцы будут взяты через 3 месяца, 6 месяцев, 12 месяцев и 18 месяцев после появления симптомов, последний сбор образцов будет проводиться в согласованное удобное время. время и место.

Подбор персонала для больниц и домов престарелых:

Все сотрудники HSC в возрасте 18 лет и старше, работающие в учреждениях WHSCT, BHSCT и SHSCT, а также в дочерних домах престарелых на территории доверия (n = 500), имеют право участвовать в этом исследовании. Всем сотрудникам будут разосланы электронные письма траста/дома престарелых с прикрепленным PIS, объясняющим исследование (приложение 6). Кроме того, информация об исследовании будет размещена на веб-сайтах Trust и Дома престарелых, а также на платформах социальных сетей, например. Фейсбук и Твиттер. Плакаты (приложение 8) также будут размещены в местах общего пользования, чтобы каждый мог получить доступ к информации. Сотрудники будут направлены к исследователям, участвующим в исследовании, по электронной почте или по телефону, чтобы обсудить исследование более подробно. Для тех, кто по-прежнему желает участвовать и соответствует критериям включения, исследователь (исследователи) получит письменное информированное согласие (приложение 7).

Сбор образцов: после получения информированного согласия каждый участник предоставит (i) один образец цельной крови объемом 30 мл, один набор высушенных пятен крови (DBS) и образец слюны (~ 4 мл) при наборе. Затем, только если симптомы SARS-CoV-2, такие как высокая температура/новый непрерывный кашель https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ в течение 2 недель после набора: (ii) образец слюны, один образец цельной крови объемом 30 мл и один набор высушенных пятен крови (DBS), а также проведен анализ бокового потока на антитела к COVID-19 (между 0 и 10 днями появления симптомов). начало), (iii) образец слюны, один образец цельной крови объемом 30 мл и один набор DBS, а также анализ латерального потока на антитела к COVID-19, проведенный между 14-28 днями после появления симптомов (iii) образец слюны, один дополнительный набор 30 мл цельной крови и DBS следует брать только в том случае, если пневмония возникает во время (обычно только в случаях тяжелых симптомов) (iv) Кроме того, по возможности образец также будет собираться через 3 месяца, 6 месяцев и 12 месяцев после появления симптомов. Сбор проб будет осуществляться в согласованное удобное время и в удобном месте.

Сбор данных для всех когорт (включая последующее наблюдение COVRES2):

Собранные фенотипические данные будут соответствовать международным/национальным данным для сбора фенотипических данных (HDRUK). После того, как член исследовательской группы получит информированное согласие (приложения 3, 5 и 7), участникам будет предложено ответить на вопросник о здоровье и образе жизни в каждый момент времени (приложение 9), который включает вопросы об их общем медицинском и клиническом анамнезе, такие как как сопутствующие заболевания, лекарства, респираторные заболевания, симптоматика COVID-19, время до госпитализации (в случае госпитализации), а также образ жизни, семейный анамнез и т. д.

Недостающая информация будет собрана исследователями путем доступа к электронным записям участников или их медицинским записям при условии, что для этого варианта было получено согласие. Демографические переменные в дополнение к возрасту и полу будут включать рост, вес и кровяное давление, которые также будут извлечены из электронной карты участников. Исследователи будут иметь почетный контракт с Health Trust(s), а также будут иметь одобрение и обучение для доступа и использования записей об уходе за пациентами. В случае отсутствия определенной информации исследователи попросят разрешения связаться с пациентом позже по телефону. Все медицинские записи будут доступны на сайте больницы Altnagelvin в C-TRIC, и информация будет вручную введена в базу данных на защищенном паролем и зашифрованном ноутбуке университета.

Участников также будут спрашивать, подтверждается ли согласие в каждый момент времени, чтобы заполнить утвержденную анкету по психическому здоровью, Анкету общего состояния здоровья (GHQ-12) (приложение 10) для оценки связи между их состоянием или предполагаемым риском и их психическим здоровьем. и благополучие. Исследователи организуют заполнение этой анкеты в удобное для участника время в день набора, во время последующих посещений, онлайн или по телефону.

Участники также могут дать согласие на повторную связь с ними для получения информации о будущих исследованиях.

Обработка, хранение и анализ проб

Слюна объемом ~ 4 мл будет собрана в наборы для сбора слюны Oragene (DNA Genotek), обработана и проанализирована для секвенирования генома COVID-19 и анализа микробиома.

Образцы цельной крови будут обработаны для извлечения плазмы и проточной цитометрии. Бумажные диски будут вырезаны из высушенных образцов капель крови (DBS) и белков, назначенных лекарств, метаболитов лекарств и ДНК, извлеченных путем добавления стандартного буфера для элюирования. Данные о боковом потоке будут регистрироваться во время анализа, и, по возможности, будет архивирована фотография результата тест-полоски, предназначенная для приложения COVID-19. Экстракты DBS и образцы плазмы будут регистрироваться, разделяться на аликвоты и маркироваться уникальными идентификаторами штрих-кода перед хранением при температуре -80°C в Центре стратифицированной медицины Северной Ирландии (NICSM) до проведения анализа. Белок DBS (IgG, С-реактивный белок и цитокины и плазма будут проанализированы с использованием ELISA и OLINK или метаболитов лекарственного средства с помощью масс-спектрометрии. С согласия участников ДНК, извлеченная из образцов DBS/крови для будущего полногеномного секвенирования (WGS), и извлеченные метаболиты лекарств будут храниться при температуре -80°C. Полная последовательность генома будет создана из образца ДНК каждого участника. Отобранная когорта образцов пациентов также будет подвергнута транскриптомике (РНК Seq), анализу микробиома и метилирования.

Образцы цельной крови и экстракт мазка будут подвергнуты анализу вирусного генома, секвенированию, транскриптомике, эпигенетике, генотипированию однонуклеотидного полиморфизма (SNP), WGS и генерации RNAseq. Анализ образцов будет выполняться в NICSM исследователями или третьей стороной, такой как вирусологические лаборатории Королевского университета Белфаста (QUB), Региональная вирусная лаборатория Белфаста (RVL), протеомика Olink® (Уппсала, Швеция) или Genomics Medicine Ireland (GMI). , Дублин, Дублин). Для этого потребуется передать аликвоты плазмы/сыворотки или ДНК утвержденным сторонним поставщикам протеомных или геномных исследований или услуг (таким как QUB, Olink или GMI). В этом случае все образцы будут псевдоанонимизированы. Коды, относящиеся к идентификации участников, не будут разглашаться этому партнеру по исследованию и останутся у главного исследователя. Сторонние поставщики уже были утверждены в качестве поставщиков услуг с удовлетворительными доказательствами шифрования при хранении и передаче данных и соответствующими соглашениями о передаче материалов, конфиденциальности и интеллектуальной собственности, подписанными как третьей стороной, так и Университетом. Неиспользованная ДНК или плазма, проанализированные третьей стороной, такой как протеомика GMI или Olink®, будут уничтожены. Исследовательские организации, которые будут использовать образцы или данные, полученные в результате анализа образцов, могут быть некоммерческими, например. университеты или коммерческие компании (например, GMI). GMI, однако, согласилась провести: генотипирование SNP, WGS и анализ генерации RNAseq бесплатно. Имя, адрес и личные данные участника не будут доступны какой-либо организации, кроме исследовательской группы.

Анализ

Все секвенирование, метилирование и протеомный анализ переданы Azenta (GeneWiz), Genuity и Olink Proteomics. Проточная цитометрия и 16-секундный анализ микробиома будут завершены в CTRIC.