ESTUDIO DE RESPUESTA AL COVID (COVRES) (COVRES)

Captación de pacientes en hospitales y residencias de ancianos:

Pacientes hospitalizados y no hospitalizados con COVID-19 positivo/ SARS-CoV-2 (n = 700) mayores de 18 años evaluados en el WHSCT, BHSCT y SHSCT y que han sido admitidos en salas de hospital COVID-19/ SARS-CoV-2 (incluidos los de las Unidades de cuidados intensivos) o los pacientes ambulatorios y los residentes de hogares de ancianos afiliados al fideicomiso serán abordados inicialmente por su médico, enfermero principal o un enfermero de investigación de NICRN. Los investigadores hablarán con los pacientes sobre el estudio y, si el paciente está interesado, se obtendrá el consentimiento verbal para que el investigador haga un seguimiento con una hoja de información del participante (PIS) (apéndice 6). Aquellos pacientes interesados ​​que cumplan con los criterios de inclusión pueden hablar directamente cara a cara (por lo que la enfermera organizará un horario conveniente para que el investigador visite al paciente) con los investigadores, se discutirá el estudio en detalle y se abordarán todos los problemas. Si los participantes todavía están interesados ​​en participar, los investigadores obtendrán el consentimiento informado por escrito (apéndice 7) antes de la inscripción en el estudio.

En el caso de esos ALC, y cuando un miembro de la familia no esté disponible para actuar como persona nominada, el equipo de investigación junto con el PI identificará a una persona nominada que no esté relacionada con la realización de la investigación y que esté dispuesta a proporcionar una declaración para este estudio. La persona designada siempre será un miembro del personal de enfermería o del equipo de gestión y parte de un equipo multidisciplinario más amplio dentro de la sala del hospital o centro de enfermería de la persona que carece de capacidad. La persona nominada también recibirá una carta de invitación y PIS (anexo 13) y cualquier consulta respondida, la persona nominada puede contactar al equipo de investigación si cree que el participante potencial hubiera estado interesado en esta investigación. El participante potencial no se inscribirá en el estudio hasta que la persona designada haya dado su consentimiento informado completo (anexo 14). Esto seguirá aplicándose en todos los puntos de tiempo para aquellas personas que es poco probable que recuperen la capacidad y para aquellos pacientes en el hospital que están sedados/ventilados debido a sus síntomas de COVID-19, que pueden recuperar la capacidad. Para esos pacientes, la capacidad siempre será evaluada por un miembro de su equipo de atención clínica directa, la enfermera a cargo/gerente en el hogar de ancianos y el PI en cada sitio del hospital que será el consultor o vinculado a la sala COVID (El persona que evalúe la capacidad se registrará en todos los puntos de tiempo y se mantendrá un registro). Para aquellos que recuperen la capacidad durante la duración de esta investigación, se proporcionará una hoja de información del participante (anexo 4) para leer y se solicitará el consentimiento (anexo 5) si hay deseos de continuar con el estudio. Si los participantes no desean continuar, se brindará la opción de retirar y destruir las muestras y los datos.

Recolección de muestras: una vez que se haya obtenido el consentimiento informado, cada participante proporcionará (i) una muestra de sangre completa de 30 ml, una muestra de saliva (~ 4 ml) y un conjunto de hasta cinco gotas de sangre seca (DBS) de 20 ul; equivalente a sangre de lanceta de cinco dedos gotitas) y un ensayo de flujo lateral para anticuerpos COVID-19 realizado en el reclutamiento (entre 0 y 10 días del inicio de los síntomas), (ii) nuevamente entre 14-28 días después del inicio de los síntomas (iii) nuevamente se recolectarán muestras solo si ocurre neumonía durante el episodio (generalmente solo en casos de síntomas graves) (iv) Además, cuando sea posible, las muestras se recolectarán a los 3 meses, 6 meses, 12 meses y 18 meses después del inicio de los síntomas; tiempo y lugar.

Contratación de personal de hospitales y residencias de mayores:

Todos los empleados de HSC mayores de 18 años, empleados en instalaciones de WHSCT, BHSCT y SHSCT y hogares de ancianos afiliados a fideicomisos dentro de las áreas de fideicomiso (n = 500) son elegibles para participar en esta investigación. Se enviarán a todo el personal correos electrónicos de todo el fideicomiso/hogar de ancianos con un PIS adjunto que explique el estudio (apéndice 6). Además, la información sobre la investigación se colocará en los sitios web de Trust and Nursing Home y en las plataformas de redes sociales, p. Facebook y Twitter. También se colocarán carteles (anexo 8) en las áreas comunes para garantizar que todos puedan acceder a la información. Se dirigirá al personal a los investigadores del estudio por correo electrónico o por teléfono para discutir el estudio con más detalle. Para aquellos que todavía deseen participar y que cumplan con los criterios de inclusión, los investigadores obtendrán el consentimiento informado por escrito (anexo 7).

Recolección de muestras: una vez que se haya obtenido el consentimiento informado, cada participante proporcionará (i) una muestra de sangre completa de 30 ml, un juego de gotas de sangre seca (DBS) y una muestra de saliva (~ 4 ml) en el momento del reclutamiento. Entonces, solo si hay síntomas de SARS-CoV-2, como temperatura alta/una nueva tos continua https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ experimentado durante el período posterior al reclutamiento de 2 semanas: (ii) una muestra de saliva, una muestra de sangre completa de 30 ml y un conjunto de gotas de sangre seca (DBS) y un ensayo de flujo lateral para anticuerpos COVID-19 realizado (entre 0 y 10 días de síntomas inicio), (iii) una muestra de saliva, una muestra de sangre total de 30 ml y un juego de DBS y un ensayo de flujo lateral para anticuerpos COVID-19 realizados entre 14 y 28 días después del inicio de los síntomas (iii) una muestra de saliva, un juego adicional de 30 ml de sangre completa y DBS solo si se produce neumonía durante (normalmente solo en casos de síntomas graves) (iv) Además, cuando sea posible, también se recogerán muestras a los 3 meses, 6 meses y 12 meses desde el inicio de los síntomas. La recolección de muestras se llevará a cabo en un momento y lugar convenientes acordados.

Recopilación de datos para todas las cohortes (incluido el seguimiento de COVRES2):

Los datos fenómicos recopilados se alinearán con los datos internacionales/nacionales para la recopilación de datos fenotípicos (HDRUK). Después de que un miembro del equipo de investigación obtenga el consentimiento informado (apéndices 3, 5 y 7), se les pedirá a los participantes que respondan un cuestionario de salud y estilo de vida en cada momento (Apéndice 9) que incluye preguntas sobre su historial médico y clínico general, como como comorbilidades, medicamentos, enfermedades respiratorias, sintomatología de COVID-19, tiempo de ingreso hospitalario (si está hospitalizado) así como hábitos de vida, antecedentes familiares, etc.

Los investigadores recopilarán la información faltante accediendo a los registros de atención electrónicos de los participantes o a las notas médicas de los participantes, siempre que se haya obtenido un porcentaje para esta opción. Las variables demográficas, además de la edad y el género, incluirán la altura, el peso y la presión arterial, y también se recuperarán del registro de atención electrónico de los participantes. Los investigadores tendrán un contrato honorario dentro de los Fideicomisos de Salud y tendrán aprobación y capacitación para acceder y utilizar los registros de atención del paciente. En caso de que falte cierta información, los investigadores pedirán permiso para hacer un seguimiento con el paciente más tarde por teléfono. Se accederá a todos los registros médicos en el sitio del hospital Altnagelvin en C-TRIC y la información se ingresará manualmente en una base de datos en una computadora portátil encriptada y protegida con contraseña de la universidad.

También se les preguntará a los participantes si se confirma el consentimiento en cada momento, para completar un cuestionario de salud mental validado, el Cuestionario de salud general (GHQ-12), (apéndice 10) para evaluar la asociación entre su condición o riesgo percibido y su salud mental. y bienestar Los investigadores se encargarán de completar este cuestionario en un momento conveniente para el participante, ya sea el día del reclutamiento, durante las visitas de seguimiento, en línea o por teléfono.

Los participantes también tienen la opción de dar su consentimiento para ser contactados nuevamente para recibir información sobre estudios futuros.

Procesamiento, almacenamiento y análisis de muestras

La saliva ~ 4 ml se recolectará en kits de recolección de saliva Oragene (DNA Genotek), se procesará y analizará para la secuenciación del genoma COVID-19 y el análisis del microbioma.

Las muestras de sangre entera se procesarán para extraer plasma y citometría de flujo. Los discos de papel se perforarán a partir de muestras de gotas de sangre seca (DBS) y se extraerán proteínas, medicamentos recetados, metabolitos de fármacos y ADN mediante la adición de un tampón de elución de rutina. Los datos de flujo lateral se registrarán en el momento del ensayo y, cuando sea posible, se archivará la fotografía de la aplicación COVID-19 dedicada del resultado de la tira reactiva. Los extractos de DBS y las muestras de plasma se registrarán, dividirán en alícuotas y etiquetarán con identificadores de código de barras únicos antes del almacenamiento a -80 °C en el Centro de Medicina Estratificada de Irlanda del Norte (NICSM) hasta el análisis. La proteína DBS (IgG, la proteína C reactiva y las citocinas y el plasma se analizarán mediante ELISA y OLINK o los metabolitos del fármaco mediante espectrometría de masas. Con el acuerdo de los participantes, el ADN extraído de DBS/muestras de sangre para la futura secuenciación del genoma completo (WGS) y los metabolitos de fármacos extraídos se almacenarán a -80C en. Se generará una secuencia del genoma completo a partir de cada muestra de ADN participante. Una cohorte seleccionada de muestras de pacientes también se someterá a análisis de transcriptómica (RNA Seq), microbioma y metilación.

Las muestras de sangre completa y el extracto de hisopos se someterán a análisis de genoma viral, secuenciación, transcriptómica, epigenética, genotipado de polimorfismo de nucleótido único (SNP), generación de WGS y RNAseq. Los investigadores o un tercero realizarán el análisis de muestras en el NICSM, como los laboratorios de virología de la Universidad de Queens en Belfast (QUB), el Laboratorio Regional de Virus de Belfast (RVL), proteómica Olink® (Uppsala, Suecia) o Genomics Medicine Ireland (GMI). , Dublín, Dublín). Esto requerirá que se transfieran alícuotas de plasma/suero o ADN a proveedores de servicios o proteómicos o genómicos externos aprobados (como QUB, Olink o GMI). En este caso, todas las muestras serán pseudo-anonimizadas. Los códigos relacionados con la identificación de los participantes no se divulgarán a este socio del estudio y permanecerán bajo la custodia del investigador principal. Los proveedores externos ya han sido aprobados como proveedores de servicios con evidencia satisfactoria de encriptación en el almacenamiento y transferencia de datos y acuerdos apropiados de transferencia de material, confidencialidad y propiedad intelectual firmados tanto por el tercero como por la Universidad. El ADN o plasma no utilizado que sea analizado por un tercero, como GMI u Olink® proteomics, será destruido. Las organizaciones de investigación que utilizarán muestras o datos derivados del análisis de muestras podrían no tener fines de lucro, p. universidades o empresas comerciales con fines de lucro (como GMI). GMI, sin embargo, acordó realizar: genotipado de SNP, WGS y análisis de generación de RNAseq sin costo alguno. El nombre, la dirección y los datos personales del participante no se pondrán a disposición de ninguna organización más allá del equipo de estudio.

Análisis

Todos los análisis de secuenciación, metilación y proteómica subcontratados a Azenta (GeneWiz), Genuity y Olink Proteomics. La citometría de flujo y el análisis del microbioma 16s se completarán en el CTRIC.