STUDIE REAKCE COVID (COVRES) (COVRES)

Nábor pacientů z nemocnic a pečovatelských domů:

COVID-19 pozitivní/SARS-CoV-2 hospitalizovaní a nehospitalizovaní pacienti (n = 700) ve věku 18 let a více testováni na WHSCT, BHSCT a SHSCT a byli přijati na nemocniční oddělení COVID-19/SARS-CoV-2 (včetně z jednotek intenzivní péče) nebo ambulantní pacienty a obyvatele pečovatelských ústavů přidružených k důvěře budou zpočátku osloveni jejich klinikem, vrchní sestrou nebo výzkumnou sestrou NICRN. Vyšetřovatelé promluví s pacientem (pacienty) o studii, a pokud má pacient zájem, bude pro výzkumníka získán ústní souhlas, aby na něj navázal informačním listem pro účastníka (PIS) (příloha 6). Zájemci o pacienty, kteří splňují kritéria pro zařazení, pak mohou hovořit přímo tváří v tvář (přičemž sestra zařídí vhodný čas pro výzkumníka k návštěvě pacienta) s výzkumníky, studie bude podrobně prodiskutována a případné problémy budou řešeny. Pokud mají účastníci stále zájem o účast, výzkumník (výzkumníci) obdrží písemný informovaný souhlas (příloha 7) před zařazením do studie.

V případě těchto ALC a tam, kde není k dispozici rodinný příslušník, aby jednal jako jmenovaná osoba, výzkumný tým ve spojení s PI určí jmenovanou osobu, která nesouvisí s prováděním výzkumu a je ochotna poskytnout prohlášení za tato studie. Nominovaná osoba bude vždy členem ošetřujícího personálu nebo vedoucího týmu a součástí širšího multidisciplinárního týmu v rámci nemocničního oddělení nebo zařízení pečovatelského domu bez kapacitní osoby. Nominované osobě bude také poskytnut zvací dopis a PIS (příloha 13) a zodpovězeny případné dotazy, nominovaná osoba pak může kontaktovat výzkumný tým, pokud se domnívá, že by potenciální účastník měl o tento výzkum zájem. Potenciální účastník nebude zařazen do studie, dokud nominovaná osoba neudělí úplný informovaný souhlas (příloha 14). To bude stále platit ve všech časových bodech pro ty jedince, u kterých je nepravděpodobné, že by kapacitu znovu získali, a pro ty pacienty v nemocnici, kteří jsou pod sedativy/ventilováni kvůli symptomům COVID-19, kteří mohou kapacitu znovu získat. U těchto pacientů bude kapacita vždy posuzována členem jejich týmu přímé klinické péče, odpovědnou sestrou/vedoucí v pečovatelském domě a PI v každém místě nemocnice, který bude konzultantem na oddělení COVID nebo bude s tímto oddělením spojen ( osoba posuzující způsobilost bude ve všech časových bodech zaznamenávána a vedena evidence). Těm, kteří znovu získají kapacitu během trvání tohoto výzkumu, bude poskytnut informační list pro účastníky (příloha 4), který si budou moci přečíst, a bude požádán o souhlas (příloha 5), ​​pokud si přejí pokračovat ve studii. Pokud si účastníci nepřejí pokračovat, bude jim poskytnuta možnost stažení a zničení vzorků a dat.

Odběr vzorku: Po obdržení informovaného souhlasu každý účastník poskytne (i) jeden 30ml vzorek plné krve, vzorek slin (~4ml) a jednu sadu až pěti 20ul suchých krevních skvrn (DBS; ekvivalent lancety z pěti prstů kapičky) a laterální průtokový test na protilátky COVID-19 provedené při náboru (mezi 0 a 10 dny od nástupu příznaků), (ii) znovu mezi 14–28 dny po nástupu příznaků (iii) opět vzorky budou odebírány pouze v případě výskytu pneumonie během epizody (obvykle pouze v případech závažných příznaků) (iv) Navíc tam, kde budou možné vzorky odebírány po 3 měsících, 6 měsících, 12 měsících a 18 měsících po nástupu příznaků, budou odběry druhých vzorků probíhat v dohodnutém vhodném termínu. čas a místo.

Nábor zaměstnanců nemocnic a pečovatelských domů:

Všichni zaměstnanci HSC ve věku 18 let a více, zaměstnaní v zařízeních WHSCT, BHSCT a SHSCT a přidružených pečovatelských domech v rámci svěřeneckých oblastí (n = 500), jsou způsobilí k účasti na tomto výzkumu. Všem zaměstnancům budou zaslány e-maily pro celou důvěru/pečovatelské ústavy s připojeným PIS vysvětlujícím studii (příloha 6). Kromě toho budou informace týkající se výzkumu umístěny na webové stránky Trust a Domů s pečovatelskou službou a platformy sociálních médií, např. Facebook a Twitter. Plakáty (příloha 8) budou také umístěny ve společných prostorách, aby byly informace dostupné pro každého. Zaměstnanci budou přesměrováni na výzkumné pracovníky ve studii prostřednictvím e-mailu nebo telefonu, aby projednali studii podrobněji. Pro ty, kteří se stále chtějí zúčastnit a kteří splňují kritéria pro zařazení, obdrží výzkumný pracovník (výzkumníci) písemný informovaný souhlas (příloha 7).

Odběr vzorku: Po obdržení informovaného souhlasu každý účastník poskytne (i) jeden 30ml vzorek plné krve, jednu sadu suchých krevních skvrn (DBS) a vzorek slin (~4 ml) při náboru. Pak pouze v případě příznaků SARS-CoV-2, jako je vysoká teplota/nový nepřetržitý kašel https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ zkušenosti během 2 týdnů po náboru: (ii) vzorek slin, jeden 30ml vzorek plné krve a jedna sada sušených krevních skvrn (DBS) a proveden test laterálního průtoku na protilátky COVID-19 (mezi 0 a 10 dny symptomu nástup), (iii) vzorek slin, jeden vzorek plné krve o objemu 30 ml a jednu sadu DBS a test laterálního průtoku na protilátky COVID-19 provedené mezi 14–28 dny po nástupu příznaků (iii) vzorek slin, jednu sadu navíc 30 ml plné krve a DBS se odebere pouze v případě, že se během (obvykle pouze u závažných symptomů) objeví zápal plic (iv) Kromě toho, pokud je to možné, bude vzorek odebrán také za 3 měsíce, 6 měsíců a 12 měsíců od nástupu symptomů. Odběr vzorků bude probíhat v dohodnutém vhodném čase a místě.

Sběr dat pro všechny kohorty (včetně sledování COVRES2):

Shromážděná fenomická data budou v souladu s mezinárodními/národními daty pro sběr fenotypových dat (HDRUK). Poté, co člen výzkumného týmu získá informovaný souhlas (přílohy 3, 5 a 7), budou účastníci požádáni, aby v každém časovém bodě odpověděli na dotazník týkající se zdraví a životního stylu (příloha 9), který obsahuje otázky týkající se jejich obecné lékařské a klinické anamnézy, jako je např. jako komorbidity, léky, respirační onemocnění, symptomatologie COVID-19, doba do přijetí do nemocnice (pokud je hospitalizována), stejně jako životní styl, rodinná anamnéza atd.

Chybějící informace budou výzkumníci shromažďovat přístupem k elektronickým záznamům péče o účastníky nebo lékařským záznamům účastníků za předpokladu, že pro tuto možnost bylo získáno dostatečné množství. Demografické proměnné kromě věku a pohlaví budou zahrnovat výšku, váhu a krevní tlak, které budou také získány z elektronického záznamu péče o účastníky. Výzkumníci budou mít čestnou smlouvu v rámci Health Trust (s) a budou mít souhlas a školení pro přístup k záznamům péče o pacienty a jejich používání. V případě, že určité informace chybí, vědci požádají o povolení kontaktovat pacienta později telefonicky. Všechny lékařské záznamy budou přístupné na stránkách nemocnice Altnagelvin v C-TRIC a informace budou ručně vloženy do databáze na univerzitním notebooku chráněném heslem a šifrovaném.

Účastníci budou také dotázáni, zda je souhlas potvrzen v každém časovém bodě, aby vyplnili validovaný dotazník o duševním zdraví, Dotazník obecného zdraví (GHQ-12), (příloha 10), aby posoudili souvislost mezi jejich stavem nebo vnímaným rizikem a jejich duševním zdravím. a pohodu. Výzkumníci zajistí vyplnění tohoto dotazníku ve vhodnou dobu pro účastníka buď v den náboru, během následných návštěv, online nebo telefonicky.

Účastníci mají také možnost souhlasit s tím, že budou znovu kontaktováni za účelem získání informací o budoucích studiích.

Zpracování, skladování a analýza vzorků

Sliny ~ 4 ml budou odebrány do souprav pro odběr slin Oragene (DNA Genotek), zpracovány a analyzovány pro sekvenování genomu COVID-19 a analýzu mikrobiomů.

Vzorky plné krve budou zpracovány pro extrakci plazmy a průtokovou cytometrii. Ze vysušených vzorků krevních skvrn (DBS) a proteinu, předepsané medikace, metabolitů léčiva a DNA extrahované přidáním rutinního elučního pufru budou vyraženy papírové disky. Údaje o bočním průtoku budou zaznamenány v době testu a tam, kde je to možné, budou archivovány fotografie výsledků testovacích proužků z aplikace COVID-19. Extrakty DBS a vzorky plazmy budou zaznamenány, rozděleny na alikvoty a označeny jedinečnými identifikátory čárového kódu před uložením při -80 °C v Centru pro stratifikovanou medicínu Severního Irska (NICSM) až do analýzy. DBS protein (IgG, C-reaktivní protein a cytokiny a plazma budou analyzovány pomocí ELISA a OLINK nebo metabolitů léků hmotnostní spektrometrií. Se souhlasem účastníků budou DNA extrahovaná z DBS/vzorků krve pro budoucí sekvenování celého genomu (WGS) a extrahované metabolity léčiv uloženy při teplotě -80 °C. Z každého vzorku DNA účastníka bude vygenerována celá genomová sekvence. Vybraná kohorta vzorků pacientů bude rovněž podrobena transkriptomickým (RNA Seq), mikrobiomovým a metylačním analýzám.

Vzorky plné krve a výtěrový extrakt budou podrobeny analýze virového genomu, sekvenování, transkriptomice, epigenetice, genotypizaci jednonukleotidového polymorfismu (SNP), generování WGS a RNAseq. Analýza vzorků bude provedena v NICSM výzkumníky nebo třetí stranou, jako jsou virologické laboratoře na Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Švédsko) nebo Genomics Medicine Ireland (GMI , Dublin, Dublin). To bude vyžadovat, aby byly alikvoty plazmy/séra nebo DNA převedeny schváleným poskytovatelům proteomických nebo genomických nebo služeb (jako je QUB, Olink nebo GMI) třetí strany. V tomto případě budou všechny vzorky pseudoanonymizovány. Kódy týkající se identifikace účastníka nebudou tomuto studijnímu partnerovi sděleny a zůstanou v úschově hlavního zkoušejícího. Poskytovatelé třetích stran již byli schváleni jako poskytovatelé služeb s uspokojivým důkazem o šifrování při ukládání a přenosu dat a s příslušnými dohodami o přenosu materiálu, důvěrnosti a duševním vlastnictví podepsanými jak třetí stranou, tak univerzitou. Nepoužitá DNA nebo plazma, která je analyzována třetí stranou, jako je GMI nebo Olink® proteomics, bude zničena. Výzkumné organizace, které budou používat vzorky nebo data získaná z analýzy vzorků, mohou být neziskové, např. univerzity nebo ziskové komerční společnosti (např. GMI). GMI však souhlasila s provedením: genotypizace SNP, analýzy tvorby WGS a RNAseq bez nákladů. Jméno, adresa a osobní údaje účastníka nebudou zpřístupněny žádné organizaci mimo studijní tým

Analýza

Veškeré sekvenování, methylace a proteoomické analýzy pocházejí od Azenta (GeneWiz), Genuity a Olink Proteomics. Na CTRIC bude dokončena průtoková cytometrie a 16s analýza mikrobiomu.