COVID-RESPONSUNDERSØGELSE (COVRES) (COVRES)

Rekruttering af hospitals- og plejehjemspatienter:

COVID-19 positive/SARS-CoV-2 indlagte patienter og ikke-indlagte patienter (n = 700) på 18 år og derover testet på WHSCT, BHSCT og SHSCT og er blevet indlagt på COVID-19/SARS-CoV-2 hospitalsafdelinger (inklusive fra intensivafdelingerne) eller ambulante patienter og beboere på tillidstilknyttede plejehjem vil i første omgang blive kontaktet af deres kliniker, ledende sygeplejerske eller en NICRN forskningssygeplejerske. Efterforskerne vil tale med patienten/patienterne om undersøgelsen, og hvis patienten er interesseret, vil der blive opnået verbalt samtykke til, at forskeren følger op med et deltagerinformationsark (PIS) (bilag 6). De interesserede patienter, der opfylder inklusionskriterierne, kan derefter tale direkte ansigt til ansigt (hvorved sygeplejersken vil aftale et passende tidspunkt, hvor forskeren kan besøge patienten) til forskerne, undersøgelsen vil blive diskuteret i detaljer, og eventuelle problemer vil blive behandlet. Hvis deltagerne stadig er interesserede i at deltage, indhentes skriftligt informeret samtykke (bilag 7) af forskeren(e) inden tilmelding til undersøgelsen.

I tilfælde af disse ALC, og hvor et familiemedlem ikke er tilgængeligt til at fungere som en nomineret person, vil forskerholdet i samarbejde med PI identificere en nomineret person, som ikke er relateret til udførelsen af ​​forskningen og villig til at afgive en erklæring for dette studie. Den indstillede person vil altid være medlem af plejepersonalet eller ledelsesteamet og en del af det bredere tværfaglige team på sygehusafdelingen eller plejehjemsfaciliteten for den kapacitetsmangel. Den nominerede person vil også få udleveret et invitationsbrev og PIS (bilag 13) og eventuelle spørgsmål besvaret, den nominerede person kan derefter kontakte forskerteamet, hvis det menes, at den potentielle deltager ville have været interesseret i denne forskning. Den potentielle deltager vil ikke blive tilmeldt undersøgelsen, før fuldt informeret samtykke (bilag 14) er givet af den nominerede person. Dette vil stadig gælde på alle tidspunkter for de personer, der sandsynligvis ikke genvinder kapaciteten, og for de patienter på hospitalet, som er bedøvet/ventileret på grund af deres COVID-19-symptomer, som kan genvinde kapaciteten. For disse patienter vil kapaciteten altid blive vurderet af et medlem af deres direkte kliniske plejeteam, den ansvarlige sygeplejerske/lederen på plejehjemmet og PI'en på hvert hospitalssted, som vil være konsulent på eller knyttet til COVID-afdelingen (The person, der vurderer kapacitet, vil blive registreret på alle tidspunkter, og der føres en optegnelse). For dem, der genvinder kapaciteten i løbet af denne forskning, vil der blive udleveret et deltagerinformationsark (bilag 4) til læsning og samtykke (bilag 5), hvis der er ønsker om at fortsætte med undersøgelsen. Hvis deltagerne ikke ønsker at fortsætte, vil der blive givet mulighed for, at alle prøver og data kan trækkes tilbage og destrueres.

Prøveindsamling: Når informeret samtykke er opnået, vil hver deltager give (i) en 30 ml fuldblodsprøve, en spytprøve (~4 ml) og et sæt med op til fem 20 ul tørrede blodpletter (DBS; svarende til fem finger lancetblod) dråber) og en lateral flow-analyse for COVID-19-antistoffer udført ved rekruttering (mellem 0 og 10 dage efter symptomdebut), (ii) igen mellem 14-28 dage efter symptomdebut (iii) igen vil prøver kun blive indsamlet, hvis der opstår lungebetændelse under episoden (sædvanligvis kun i alvorlige symptomtilfælde) (iv) Desuden, hvor mulige prøver vil blive indsamlet efter 3 måneder, 6 måneder, 12 måneder og 18 måneder efter symptomdebut, vil sidstnævnte prøveudtagning finde sted på en aftalt passende måde tid og sted.

Rekruttering af hospitals- og plejehjemspersonale:

Alle HSC-medarbejdere i alderen 18 år og derover, ansat i faciliteter på WHSCT, BHSCT og SHSCT og tillidstilknyttede plejehjem inden for tillidsområderne (n = 500), er berettiget til at deltage i denne forskning. Tillids-/plejehjemsomfattende e-mails med en vedhæftet PIS, der forklarer undersøgelsen (bilag 6), vil blive sendt til alle medarbejdere. Derudover vil information vedrørende forskningen blive lagt på tillids- og plejehjemshjemmesider og sociale medieplatforme, f.eks. Facebook og Twitter. Plakater (bilag 8) vil også blive placeret i fællesområder, så information er tilgængelig for alle. Personalet vil blive henvist til forskerne på undersøgelsen via e-mail eller telefon for at diskutere undersøgelsen mere detaljeret. For dem, der stadig ønsker at deltage, og som opfylder inklusionskriterierne, indhentes skriftligt informeret samtykke (bilag 7) af forskeren/forskerne.

Prøveindsamling: Når informeret samtykke er opnået, giver hver deltager (i) en 30 ml fuldblodsprøve, et sæt tørrede blodpletter (DBS) og en spytprøve (~4 ml) ved rekruttering. Så kun hvis SARS-CoV-2 symptomer såsom høj temperatur/en ny vedvarende hoste https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ oplevet i løbet af 2 uger efter rekrutteringsperioden: (ii) en spytprøve, en 30 ml fuldblodsprøve og et sæt tørrede blodpletter (DBS) og en lateral flow-analyse for COVID-19-antistoffer udført (mellem 0 og 10 dages symptom debut), (iii) en spytprøve, en 30 ml fuldblodsprøve og et sæt DBS og en lateral flow-analyse for COVID-19-antistoffer udført mellem 14-28 dage efter symptomdebut (iii) en spytprøve, et ekstra sæt 30 ml fuldblod og DBS, der kun skal tages, hvis der opstår lungebetændelse under (normalt kun i alvorlige symptomtilfælde) (iv) Derudover vil der, hvor det er muligt, også blive indsamlet prøve ved 3 måneder, 6 måneder og 12 måneder efter symptomdebut. Prøveudtagning vil finde sted på et aftalt passende tidspunkt og sted.

Dataindsamling for alle kohorter (inklusiv COVRES2-opfølgning):

De indsamlede fænomiske data vil stemme overens med internationale/nationale data til fænotypisk dataindsamling (HDRUK). Efter informeret samtykke (bilag 3, 5 & 7) er indhentet af et medlem af forskerteamet, vil deltagerne blive bedt om at besvare et sundheds- og livsstilsspørgeskema på hvert tidspunkt (bilag 9), der indeholder spørgsmål om deres generelle medicinske og kliniske historie, f.eks. som følgesygdomme, medicin, luftvejssygdomme, COVID-19 symptomatologi, tid til indlæggelse på hospitalet (hvis indlagt) samt livsstilsvaner, familiehistorie mm.

Manglende information vil blive indsamlet af forskerne ved at få adgang til deltagernes elektroniske plejejournaler eller deltagernes lægenotater, forudsat at der er opnået samtykke til denne mulighed. Demografiske variabler ud over alder og køn vil omfatte højde, vægt og blodtryk vil også blive hentet fra deltagernes elektroniske plejejournal. Forskerne vil have en æreskontrakt inden for Sundhedsstyrelsen(s) og vil have godkendelse og uddannelse til at få adgang til og bruge patientplejejournalerne. I tilfælde af at visse oplysninger mangler, vil forskerne bede om tilladelse til at følge op med patienten på et senere tidspunkt telefonisk. Alle medicinske journaler vil blive tilgået på Altnagelvin-hospitalets websted på C-TRIC, og oplysninger vil blive manuelt indtastet i en database på en universitetsbeskyttet og krypteret bærbar computer med adgangskode.

Deltagerne vil også blive spurgt, om samtykke er bekræftet på hvert tidspunkt for at udfylde et valideret spørgeskema om mental sundhed, General Health Questionnaire (GHQ-12), (bilag 10) for at vurdere sammenhængen mellem deres tilstand eller opfattede risiko og deres mentale sundhed og velvære. Forskerne vil sørge for udfyldelse af dette spørgeskema på et passende tidspunkt for deltageren enten på rekrutteringsdagen, under opfølgningsbesøgene, online eller via telefon.

Deltagerne har også mulighed for at give samtykke til at blive kontaktet igen for at modtage information om fremtidige undersøgelser.

Prøvebehandling, opbevaring og analyse

Spyt ~ 4 ml vil blive indsamlet i Oragene spytindsamlingssæt (DNA Genotek), behandlet og analyseret til COVID-19 genomsekventering og mikrobiomanalyse.

Fuldblodsprøver vil blive behandlet for at ekstrahere plasma og flowcytometri. Papirskiver vil blive udstanset af tørrede blodpletprøver (DBS) og protein, ordineret medicin, lægemiddelmetabolitter og DNA ekstraheret ved tilsætning af en rutinemæssig elueringsbuffer. Lateral flow-data vil blive logget på tidspunktet for analysen, og hvor det er muligt dedikeret COVID-19 app-foto af teststrimmelresultatet arkiveret. DBS-ekstrakter og plasmaprøver vil blive logget, aliquoteret og mærket med unikke stregkodeidentifikatorer før opbevaring ved -80'C i Northern Ireland Center for Stratified Medicine (NICSM) indtil analyse. DBS-protein (IgG, C-reaktivt protein og cytokiner og plasma vil blive analyseret ved hjælp af ELISA og OLINK eller lægemiddelmetabolitter ved massespektrometri. Med deltagerens aftale vil DNA ekstraheret fra DBS/blodprøver til fremtidig helgenomsekventering (WGS) og ekstraherede lægemiddelmetabolitter blive opbevaret ved -80C in. En hel genomsekvens vil blive genereret fra hver deltager DNA-prøve. En udvalgt kohorte af patientprøver vil også blive udsat for transkriptomics (RNA Seq), mikrobiom og methyleringsanalyser.

Fuldblodsprøver og podningsekstrakt vil gennemgå viral genomanalyser sekventering, transkriptomik, epigenetik, enkelt nukleotid polymorfi (SNP) genotypebestemmelse, WGS og RNAseq generation. Prøveanalyse vil blive udført på NICSM af forskerne eller af en tredjepart, såsom virologilaboratorierne ved Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Sverige) eller Genomics Medicine Ireland (GMI) , Dublin, Dublin). Dette vil kræve, at alikvoter af plasma/serum eller DNA overføres til de godkendte tredjeparts proteomiske eller genomiske eller serviceudbydere (såsom QUB, Olink eller GMI). I dette tilfælde vil alle prøver blive pseudo-anonymiserede. Koderne vedrørende deltageridentifikation vil ikke blive videregivet til denne studiepartner og forbliver i den ansvarlige efterforskers varetægt. Tredjepartsudbydere er allerede blevet godkendt som tjenesteudbydere med tilfredsstillende bevis for kryptering ved lagring og overførsel af data og passende aftaler om materialeoverførsel, fortrolighed og intellektuel ejendom, der er underskrevet af både tredjeparten og universitetet. Ubrugt DNA eller plasma, som er analyseret af en tredjepart, såsom GMI eller Olink® proteomics, vil blive ødelagt. De forskningsorganisationer, der vil bruge prøver eller data, der stammer fra analyse af prøver, kan være non-profit, f.eks. universiteter eller for-profit kommercielle virksomheder (såsom GMI). GMI har imidlertid indvilget i at udføre: SNP-genotypebestemmelse, WGS- og RNAseq-genereringsanalyse uden omkostninger. Deltagerens navn, adresse og personlige oplysninger vil ikke blive gjort tilgængelige for nogen organisation ud over undersøgelsesteamet

Analyse

Al sekventering, methylering og proteoomanalyse kommer fra Azenta (GeneWiz), Genuity og Olink Proteomics. Flowcytometri og 16s mikrobiomanalyse vil blive afsluttet på CTRIC.