ESTUDO DE RESPOSTA A COVID (COVRES) (COVRES)

Recrutamento de pacientes em hospitais e lares de idosos:

Pacientes internados com COVID-19 positivo/SARS-CoV-2 e pacientes não hospitalizados (n = 700) com 18 anos ou mais testados no WHSCT, BHSCT e SHSCT e foram admitidos em enfermarias hospitalares de COVID-19/SARS-CoV-2 (inclusive das Unidades de Terapia Intensiva) ou pacientes ambulatoriais e residentes de casas de repouso afiliadas de confiança serão inicialmente abordados por seu médico, enfermeira sênior ou uma enfermeira pesquisadora do NICRN. Os investigadores falarão com o(s) paciente(s) sobre o estudo e, se o paciente estiver interessado, será obtido consentimento verbal para que o pesquisador faça o acompanhamento com uma folha de informações do participante (PIS) (apêndice 6). Os pacientes interessados ​​que atendem aos critérios de inclusão podem falar diretamente com os pesquisadores (em que a enfermeira marcará um horário conveniente para o pesquisador visitar o paciente), o estudo será discutido em detalhes e quaisquer questões serão abordadas. Se os participantes ainda estiverem interessados ​​em participar, o consentimento informado por escrito (apêndice 7) será obtido pelo(s) pesquisador(es) antes da inscrição no estudo.

No caso desses ALC, e quando um membro da família não estiver disponível para atuar como pessoa indicada, a equipe de pesquisa em conjunto com o PI identificará uma pessoa indicada que não esteja relacionada à condução da pesquisa e disposta a fornecer uma declaração para este estudo. A pessoa nomeada será sempre um membro da equipe de enfermagem ou da equipe de gerenciamento e parte da equipe multidisciplinar mais ampla dentro da enfermaria do hospital ou casa de repouso do indivíduo com falta de capacidade. A pessoa indicada também receberá uma carta-convite e o PIS (anexo 13) e quaisquer dúvidas respondidas, a pessoa indicada poderá entrar em contato com a equipe de pesquisa se achar que o potencial participante teria interesse nesta pesquisa. O potencial participante não será inscrito no estudo até que o consentimento informado completo (apêndice 14) tenha sido dado pela pessoa indicada. Isso ainda se aplicará em todos os momentos para os indivíduos que provavelmente não recuperarão a capacidade e para os pacientes no hospital que estão sedados/ventilados devido aos sintomas de COVID-19, que podem recuperar a capacidade. Para esses pacientes, a capacidade será sempre avaliada por um membro de sua equipe de atendimento clínico direto, o enfermeiro responsável/gerente na casa de repouso e o PI em cada local do hospital que será o consultor ou vinculado à enfermaria COVID (The pessoa avaliando a capacidade será registrada em todos os momentos e um registro mantido). Para aqueles que recuperarem a capacidade durante a duração desta pesquisa, uma folha de informações do participante será fornecida (apêndice 4) para leitura e consentimento (apêndice 5) será solicitado se houver desejo de prosseguir com o estudo. Caso os participantes não desejem continuar, será dada a opção de que quaisquer amostras e dados sejam retirados e destruídos.

Coleta de amostras: Uma vez obtido o consentimento informado, cada participante fornecerá (i) uma amostra de sangue total de 30 ml, uma amostra de saliva (~ 4 ml) e um conjunto de até cinco gotas de sangue seco de 20 ul (DBS; equivalente a sangue de cinco lancetas de dedo gotículas) e um ensaio de fluxo lateral para anticorpos COVID-19 realizado no recrutamento (entre 0 e 10 dias do início dos sintomas), (ii) novamente entre 14-28 dias após o início dos sintomas (iii) novamente as amostras serão coletadas apenas se ocorrer pneumonia durante o episódio (geralmente apenas em casos de sintomas graves) (iv) Além disso, onde possível, as amostras serão coletadas após 3 meses, 6 meses, 12 meses e 18 meses após o início dos sintomas, as últimas coletas de amostras ocorrerão em um horário conveniente acordado hora e lugar.

Recrutamento de pessoal para hospitais e lares de idosos:

Todos os funcionários do HSC com 18 anos ou mais, empregados nas instalações do WHSCT, BHSCT e SHSCT e casas de repouso afiliadas nas áreas do fundo (n = 500) são elegíveis para participar desta pesquisa. E-mails de confiança/casa de enfermagem com um PIS anexado explicando o estudo (apêndice 6) serão enviados a todos os funcionários. Além disso, as informações sobre a pesquisa serão colocadas nos sites da Trust e do lar de idosos e nas plataformas de mídia social, por exemplo. Facebook e Twitter. Os pôsteres (apêndice 8) também serão colocados em áreas comuns, garantindo que as informações possam ser acessadas por todos. A equipe será direcionada aos pesquisadores do estudo por e-mail ou telefone para discutir o estudo com mais detalhes. Para aqueles que ainda desejam participar e que atendem aos critérios de inclusão, o consentimento informado por escrito (anexo 7) será obtido pelo(s) pesquisador(es).

Coleta de amostras: Uma vez obtido o consentimento informado, cada participante fornecerá (i) uma amostra de sangue total de 30 ml, um conjunto de manchas de sangue seco (DBS) e uma amostra de saliva (~ 4 ml) no momento do recrutamento. Então, somente se houver sintomas de SARS-CoV-2, como temperatura alta/nova tosse contínua https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ experimentado durante 2 semanas após o período de recrutamento: (ii) uma amostra de saliva, uma amostra de sangue total de 30 ml e um conjunto de manchas de sangue seco (DBS) e um ensaio de fluxo lateral para anticorpos COVID-19 realizado (entre 0 e 10 dias de sintoma início), (iii) uma amostra de saliva, uma amostra de sangue total de 30 ml e um conjunto de DBS e um ensaio de fluxo lateral para anticorpos COVID-19 realizado entre 14-28 dias após o início dos sintomas (iii) uma amostra de saliva, um conjunto extra de 30ml de sangue total e DBS a serem coletados apenas se ocorrer pneumonia durante (geralmente apenas em casos de sintomas graves) (iv) Além disso, sempre que possível, a amostra também será coletada aos 3 meses, 6 meses e 12 meses do início dos sintomas. As coletas de amostras ocorrerão em um horário e local convenientes acordados.

Coleta de dados para todas as coortes (incluindo acompanhamento COVRES2):

Os dados fenotípicos coletados serão alinhados com dados internacionais/nacionais para coleta de dados fenotípicos (HDRUK). Após o consentimento informado (apêndices 3, 5 e 7) ser obtido por um membro da equipe de pesquisa, os participantes serão solicitados a responder a um questionário de saúde e estilo de vida em cada momento (Apêndice 9), que inclui perguntas sobre seu histórico médico e clínico geral, como como comorbidades, medicamentos, doenças respiratórias, sintomatologia de COVID-19, tempo de internação (se hospitalizado), bem como hábitos de vida, histórico familiar, etc.

As informações ausentes serão coletadas pelos pesquisadores acessando os prontuários eletrônicos dos participantes ou as anotações médicas dos participantes, desde que o consentimento tenha sido obtido para esta opção. As variáveis ​​demográficas, além de idade e sexo, incluirão altura, peso e pressão arterial também serão recuperadas do prontuário eletrônico do participante. Os pesquisadores terão um contrato honorário com o(s) Health Trust(s) e terão aprovação e treinamento para acessar e usar os registros de atendimento do paciente. Caso alguma informação esteja faltando, os pesquisadores pedirão permissão para acompanhar o paciente posteriormente por telefone. Todos os registros médicos serão acessados ​​no site do hospital Altnagelvin em C-TRIC e as informações serão inseridas manualmente em um banco de dados em um laptop protegido por senha e criptografado da universidade.

Os participantes também serão questionados se o consentimento é confirmado em cada momento, para preencher um questionário de saúde mental validado, o General Health Questionnaire (GHQ-12), (apêndice 10) para avaliar a associação entre sua condição ou risco percebido e sua saúde mental e bem-estar. Os pesquisadores providenciarão o preenchimento deste questionário em um horário conveniente para o participante, seja no dia do recrutamento, durante as visitas de acompanhamento, online ou por telefone.

Os participantes também têm a opção de consentir em ser contatados novamente para receber informações sobre estudos futuros.

Processamento, armazenamento e análise de amostras

A saliva ~ 4ml será coletada em kits de coleta de saliva Oragene (DNA Genotek), processada e analisada para sequenciamento do genoma do COVID-19 e análise do microbioma.

Amostras de sangue total serão processadas para extração de plasma e citometria de fluxo. Discos de papel serão retirados de amostras de manchas de sangue seco (DBS) e proteínas, medicamentos prescritos, metabólitos de drogas e DNA extraídos pela adição de um tampão de eluição de rotina. Os dados de fluxo lateral serão registrados no momento do ensaio e, sempre que possível, a fotografia dedicada do aplicativo COVID-19 do resultado da tira de teste será arquivada. Extratos de DBS e amostras de plasma serão registrados, divididos em alíquotas e rotulados com identificadores de código de barras exclusivos antes do armazenamento a -80'C no Centro de Medicina Estratificada da Irlanda do Norte (NICSM) até a análise. A proteína DBS (IgG, proteína C-reativa e citocinas e o plasma serão analisados ​​por ELISA e OLINK ou metabólitos de drogas por espectrometria de massa. Com a concordância do participante, o DNA extraído de DBS/amostras de sangue para futuro sequenciamento completo do genoma (WGS) e metabólitos de drogas extraídos serão armazenados a -80C in. Uma sequência completa do genoma será gerada a partir de cada amostra de DNA participante. Uma coorte selecionada de amostras de pacientes também será submetida a análises transcriptômicas (RNA Seq), microbioma e metilação.

Amostras de sangue total e extrato de swab serão submetidas a análises de sequenciamento do genoma viral, transcriptômica, epigenética, genotipagem de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), geração de WGS e RNAseq. A análise da amostra será realizada no NICSM pelos pesquisadores ou por terceiros, como os laboratórios de virologia da Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Suécia) ou Genomics Medicine Ireland (GMI , Dublim, Dublim). Isso exigirá que alíquotas de plasma/soro ou DNA sejam transferidas para provedores de serviços ou proteômicos ou genômicos de terceiros aprovados (como QUB, Olink ou GMI). Nesse caso, todas as amostras serão pseudo-anonimizadas. Os códigos relativos à identificação do participante não serão divulgados a este parceiro de estudo e permanecerão sob a custódia do investigador principal. Os provedores terceirizados já foram aprovados como provedores de serviços com evidência satisfatória de criptografia no armazenamento e transferência de dados e contratos apropriados de Transferência de Material, Confidencialidade e Propriedade Intelectual assinados pelo terceiro e pela Universidade. O DNA ou plasma não utilizado que for analisado por terceiros, como GMI ou Olink® proteomics, será destruído. As organizações de pesquisa que usarão amostras ou dados derivados da análise de amostras podem ser sem fins lucrativos, por exemplo, universidades ou empresas comerciais com fins lucrativos (como GMI). A GMI, no entanto, concordou em realizar: genotipagem de SNP, análise de geração de WGS e RNAseq sem nenhum custo. O nome, endereço e detalhes pessoais do participante não serão disponibilizados a nenhuma organização além da equipe de estudo

Análise

Todas as análises de sequenciamento, metilação e proteômica foram terceirizadas para Azenta (GeneWiz), Genuity e Olink Proteomics. A citometria de fluxo e a análise do microbioma 16s serão concluídas no CTRIC.