COVID-ANTWORT-STUDIE (COVRES) (COVRES)

Rekrutierung von Krankenhaus- und Pflegeheimpatienten:

COVID-19-positive/ SARS-CoV-2 stationäre und nicht stationäre Patienten (n = 700) im Alter von 18 Jahren und älter, die am WHSCT, BHSCT und SHSCT getestet wurden und auf COVID-19/ SARS-CoV-2-Krankenhausstationen aufgenommen wurden (einschließlich der Intensivstationen) oder ambulante Patienten und Bewohner von Pflegeheimen, die dem Vertrauen angeschlossen sind, werden zunächst von ihrem Kliniker, ihrer leitenden Krankenschwester oder einer Forschungskrankenschwester des NICRN kontaktiert. Die Prüfärzte werden mit dem/den Patienten über die Studie sprechen, und wenn der Patient interessiert ist, wird die mündliche Zustimmung des Forschers eingeholt, ein Teilnehmerinformationsblatt (PIS) (Anhang 6) zu erstellen. Die interessierten Patienten, die die Einschlusskriterien erfüllen, können dann direkt mit den Forschern sprechen (wobei die Pflegekraft einen geeigneten Zeitpunkt für den Besuch des Patienten durch den Forscher vereinbaren wird), die Studie wird im Detail besprochen und alle Probleme werden angesprochen. Wenn die Teilnehmer weiterhin an einer Teilnahme interessiert sind, wird von dem/den Forscher(n) vor der Aufnahme in die Studie eine schriftliche Einverständniserklärung (Anhang 7) eingeholt.

Im Falle dieser ALC und wenn ein Familienmitglied nicht verfügbar ist, um als benannte Person zu fungieren, wird das Forschungsteam in Zusammenarbeit mit dem PI eine benannte Person identifizieren, die nichts mit der Durchführung der Forschung zu tun hat und bereit ist, eine Erklärung abzugeben diese Studie. Die nominierte Person ist immer ein Mitglied des Pflegepersonals oder des Leitungsteams und Teil des breiteren multidisziplinären Teams innerhalb der Krankenstation oder Pflegeheimeinrichtung der Person mit eingeschränkter Kapazität. Die nominierte Person erhält außerdem ein Einladungsschreiben und PIS (Anhang 13) und alle Fragen werden beantwortet. Die nominierte Person kann sich dann an das Forschungsteam wenden, wenn sie glaubt, dass der potenzielle Teilnehmer an dieser Forschung interessiert gewesen wäre. Der potenzielle Teilnehmer wird nicht in die Studie aufgenommen, bis die vollständige informierte Zustimmung (Anhang 14) von der nominierten Person erteilt wurde. Dies gilt weiterhin zu jedem Zeitpunkt für diejenigen Personen, bei denen es unwahrscheinlich ist, dass sie ihre Kapazität wiedererlangen, und für diejenigen Patienten im Krankenhaus, die aufgrund ihrer COVID-19-Symptome sediert/beatmungsfähig sind, die möglicherweise ihre Kapazität wiedererlangen. Für diese Patienten wird die Kapazität immer von einem Mitglied ihres direkten klinischen Pflegeteams, der verantwortlichen Krankenschwester/Managerin im Pflegeheim und dem PI an jedem Krankenhausstandort, der der Berater auf der COVID-Station oder mit ihr verbunden ist, bewertet (The Person, die die Kapazität bewertet, wird zu allen Zeitpunkten aufgezeichnet und ein Protokoll geführt). Für diejenigen, die während der Dauer dieser Forschung ihre Kapazität wiedererlangen, wird ein Informationsblatt für die Teilnehmer (Anhang 4) zum Lesen bereitgestellt und die Zustimmung (Anhang 5) wird eingeholt, wenn der Wunsch besteht, mit der Studie fortzufahren. Wenn die Teilnehmer nicht fortfahren möchten, wird die Möglichkeit geboten, alle Proben und Daten zurückzuziehen und zu vernichten.

Probenentnahme: Sobald die Einverständniserklärung eingeholt wurde, stellt jeder Teilnehmer (i) eine 30-ml-Vollblutprobe, eine Speichelprobe (~4 ml) und einen Satz von bis zu fünf 20-ul-Trockenblutflecken (DBS; entspricht fünf Fingerlanzettenblut) zur Verfügung Tröpfchen) und ein Lateral-Flow-Assay für COVID-19-Antikörper, der bei der Rekrutierung durchgeführt wird (zwischen 0 und 10 Tagen nach Beginn der Symptome), (ii) erneut zwischen 14 und 28 Tagen nach Beginn der Symptome, (iii) erneut werden Proben nur entnommen, wenn eine Lungenentzündung auftritt während der Episode (normalerweise nur in Fällen mit schweren Symptomen) (iv) Darüber hinaus werden, wenn möglich, Proben nach 3 Monaten, 6 Monaten, 12 Monaten und 18 Monaten nach Auftreten der Symptome entnommen, wobei letztere Probenentnahmen zu einem vereinbarten Zeitpunkt stattfinden Zeit und Ort.

Rekrutierung von Krankenhaus- und Pflegepersonal:

Alle HSC-Mitarbeiter ab 18 Jahren, die in Einrichtungen des WHSCT, BHSCT und des SHSCT beschäftigt sind, sowie vertrauenswürdige Pflegeheime in den Vertrauensbereichen (n = 500) sind zur Teilnahme an dieser Studie berechtigt. Treuhand-/Pflegeheimweite E-Mails mit angehängtem PIS zur Erläuterung der Studie (Anhang 6) werden an alle Mitarbeiter versandt. Darüber hinaus werden Informationen über die Forschung auf Websites von Vertrauens- und Pflegeheimen und auf Social-Media-Plattformen veröffentlicht, z. Facebook und Twitter. Plakate (Anhang 8) werden auch in Gemeinschaftsbereichen angebracht, um sicherzustellen, dass die Informationen für alle zugänglich sind. Die Mitarbeiter werden per E-Mail oder Telefon an die Forscher der Studie verwiesen, um die Studie detaillierter zu besprechen. Für diejenigen, die dennoch teilnehmen möchten und die Einschlusskriterien erfüllen, wird eine schriftliche Einverständniserklärung (Anhang 7) von dem/den Forscher(n) eingeholt.

Probenentnahme: Sobald die Einverständniserklärung eingeholt wurde, stellt jeder Teilnehmer (i) eine 30-ml-Vollblutprobe, einen Satz getrockneter Blutflecken (DBS) und eine Speichelprobe (~4 ml) bei der Rekrutierung zur Verfügung. Dann nur, wenn SARS-CoV-2-Symptome wie hohe Temperatur/ein neuer anhaltender Husten https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ während 2 Wochen nach der Rekrutierung erfahren: (ii) eine Speichelprobe, eine 30-ml-Vollblutprobe und ein Satz getrockneter Blutflecken (DBS) und ein Lateral-Flow-Assay für COVID-19-Antikörper durchgeführt (zwischen 0 und 10 Tagen nach Symptom Beginn), (iii) eine Speichelprobe, eine 30-ml-Vollblutprobe und ein Satz DBS und ein Lateral-Flow-Assay für COVID-19-Antikörper, durchgeführt zwischen 14 und 28 Tagen nach Beginn der Symptome, (iii) eine Speichelprobe, ein zusätzlicher Satz 30 ml Vollblut und DBS nur zu entnehmen, wenn währenddessen eine Lungenentzündung auftritt (normalerweise nur in Fällen mit schweren Symptomen) (iv) Darüber hinaus wird nach Möglichkeit auch eine Probe nach 3 Monaten, 6 Monaten und 12 Monaten nach Beginn der Symptome entnommen. Probenentnahmen finden zu einem vereinbarten geeigneten Zeitpunkt und Ort statt.

Datenerhebung für alle Kohorten (einschließlich COVRES2-Follow-up):

Die gesammelten phänomenalen Daten werden mit internationalen/nationalen Daten für die phänotypische Datensammlung (HDRUK) abgeglichen. Nachdem die Einverständniserklärung (Anhänge 3, 5 und 7) von einem Mitglied des Forschungsteams eingeholt wurde, werden die Teilnehmer gebeten, zu jedem Zeitpunkt einen Gesundheits- und Lebensstilfragebogen (Anhang 9) zu beantworten, der Fragen zu ihrer allgemeinen medizinischen und klinischen Vorgeschichte enthält, z wie Komorbiditäten, Medikamente, Atemwegserkrankungen, COVID-19-Symptomatik, Zeit bis zur Aufnahme ins Krankenhaus (falls Krankenhausaufenthalt) sowie Lebensgewohnheiten, Familienanamnese usw.

Fehlende Informationen werden von den Forschern gesammelt, indem sie auf die elektronischen Pflegeakten der Teilnehmer oder die medizinischen Aufzeichnungen der Teilnehmer zugreifen, sofern die Zustimmung für diese Option eingeholt wurde. Zu den demografischen Variablen gehören neben Alter und Geschlecht auch Größe, Gewicht und Blutdruck, die ebenfalls aus der elektronischen Pflegeakte der Teilnehmer abgerufen werden. Die Forscher haben einen Ehrenvertrag innerhalb des/der Health Trust(s) und haben die Genehmigung und Schulung, um auf die Patientenakten zuzugreifen und sie zu verwenden. Falls bestimmte Informationen fehlen, werden die Forscher um Erlaubnis bitten, den Patienten zu einem späteren Zeitpunkt telefonisch zu kontaktieren. Auf alle Krankenakten wird auf der Website des Altnagelvin-Krankenhauses im C-TRIC zugegriffen, und die Informationen werden manuell in eine Datenbank auf einem passwortgeschützten und verschlüsselten Laptop der Universität eingegeben.

Die Teilnehmer werden auch gefragt, ob die Zustimmung zu jedem Zeitpunkt bestätigt wird, um einen validierten Fragebogen zur psychischen Gesundheit, den allgemeinen Gesundheitsfragebogen (GHQ-12), (Anhang 10) auszufüllen, um den Zusammenhang zwischen ihrem Zustand oder wahrgenommenen Risiko und ihrer psychischen Gesundheit zu bewerten und Wohlbefinden. Die Forscher arrangieren das Ausfüllen dieses Fragebogens zu einem für den Teilnehmer geeigneten Zeitpunkt entweder am Tag der Rekrutierung, während der Nachsorgebesuche, online oder telefonisch.

Die Teilnehmer haben auch die Möglichkeit zuzustimmen, erneut kontaktiert zu werden, um Informationen über zukünftige Studien zu erhalten.

Probenverarbeitung, Lagerung und Analyse

Speichel ~ 4 ml wird in Speichelsammelkits von Oragene (DNA Genotek) gesammelt, verarbeitet und für die COVID-19-Genomsequenzierung und Mikrobiomanalyse analysiert.

Vollblutproben werden verarbeitet, um Plasma und Durchflusszytometrie zu extrahieren. Papierscheiben werden aus getrockneten Blutproben (DBS) und Proteinen, verschriebenen Medikamenten, Medikamentenmetaboliten und DNA gestanzt, die durch Zugabe eines routinemäßigen Elutionspuffers extrahiert werden. Lateral-Flow-Daten werden zum Zeitpunkt des Assays protokolliert und, wenn möglich, ein spezielles COVID-19-App-Foto des Teststreifenergebnisses archiviert. DBS-Extrakte und Plasmaproben werden protokolliert, aliquotiert und mit eindeutigen Barcode-Identifikatoren gekennzeichnet, bevor sie bis zur Analyse bei -80 °C im Northern Ireland Centre for Stratified Medicine (NICSM) gelagert werden. DBS-Protein (IgG, C-reaktives Protein und Zytokine und Plasma werden mit ELISA und OLINK oder Arzneimittelmetaboliten durch Massenspektrometrie analysiert. Mit Zustimmung der Teilnehmer werden aus DBS/Blutproben extrahierte DNA für die zukünftige Gesamtgenomsequenzierung (WGS) und extrahierte Arzneimittelmetaboliten bei -80 ° C gelagert. Aus jeder Teilnehmer-DNA-Probe wird eine vollständige Genomsequenz generiert. Eine ausgewählte Kohorte von Patientenproben wird außerdem Transkriptomik- (RNA Seq), Mikrobiom- und Methylierungsanalysen unterzogen.

Vollblutproben und Abstrichextrakte werden viralen Genomanalysen, Sequenzierung, Transkriptomik, Epigenetik, Einzelnukleotidpolymorphismus (SNP)-Genotypisierung, WGS- und RNAseq-Generierung unterzogen. Die Probenanalyse wird am NICSM von den Forschern oder von Dritten wie den Virologielabors der Queens University Belfast (QUB), dem Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® Proteomics (Uppsala, Schweden) oder Genomics Medicine Ireland (GMI) durchgeführt , Dublin, Dublin). Dazu müssen Plasma-/Serum- oder DNA-Aliquots an zugelassene Proteomik- oder Genomik-Drittanbieter oder Dienstleister (wie QUB, Olink oder GMI) übertragen werden. In diesem Fall werden alle Proben pseudoanonymisiert. Die Codes zur Teilnehmeridentifikation werden diesem Studienpartner nicht mitgeteilt und verbleiben in der Obhut des Studienleiters. Drittanbieter wurden bereits als Dienstleister mit zufriedenstellendem Nachweis der Verschlüsselung bei der Speicherung und Übertragung von Daten und entsprechenden Vereinbarungen über Materialtransfer, Vertraulichkeit und geistiges Eigentum, die sowohl vom Drittanbieter als auch von der Universität unterzeichnet wurden, zugelassen. Nicht verwendete DNA oder Plasma, die von Dritten wie GMI oder Olink® Proteomics analysiert werden, werden vernichtet. Die Forschungsorganisationen, die Proben oder Daten verwenden, die aus der Analyse von Proben stammen, könnten gemeinnützig sein, z. Universitäten oder gewinnorientierte kommerzielle Unternehmen (z. B. GMI). GMI hat jedoch zugestimmt, Folgendes zu unternehmen: SNP-Genotypisierung, WGS- und RNAseq-Generierungsanalyse kostenlos. Name, Adresse und persönliche Daten der Teilnehmer werden keiner Organisation außerhalb des Studienteams zur Verfügung gestellt

Analyse

Alle Sequenzierungs-, Methylierungs- und proteomischen Analysen wurden an Azenta (GeneWiz), Genuity und Olink Proteomics ausgelagert. Durchflusszytometrie und 16s-Mikrobiomanalyse werden am CTRIC durchgeführt.