COVID VÁLASZ TANULMÁNY (COVRES) (COVRES)

Kórházi és idősotthoni betegfelvétel:

COVID-19 pozitív/SARS-CoV-2 fekvőbetegek és nem kórházi kezelésben részesülő betegek (n = 700) 18 éves és idősebb, a WHSCT, a BHSCT és az SHSCT vizsgálatán, és a COVID-19/SARS-CoV-2 kórházi osztályokra kerültek (beleértve az Intenzív Terápiás Osztályokat is) vagy a járóbeteg és a bizalomhoz kapcsolódó idősotthonok lakóit kezdetben a klinikusuk, vezető ápolónőjük vagy a NICRN kutatónővér keresi meg. A vizsgálók beszélnek a páciens(ek)kel a vizsgálatról, és ha a beteg érdeklődik, szóbeli beleegyezést kell szerezni ahhoz, hogy a kutató részt vegyen a résztvevői információs lapon (PIS) (6. melléklet). Azok az érdeklődő betegek, akik megfelelnek a beválasztási kritériumoknak, közvetlenül négyszemközt beszélhetnek a kutatókkal (amikor az ápolónő gondoskodik arról, hogy a kutató megfelelő időpontban járjon a betegnél), a vizsgálatot részletesen megvitatják, és az esetleges kérdéseket megvitatják. Ha a résztvevők továbbra is érdeklődnek a részvétel iránt, a kutató(k) a vizsgálatba való beiratkozás előtt írásos beleegyező nyilatkozatot (7. melléklet) kapnak.

Azon ALC-k esetében, ahol egy családtag nem áll rendelkezésre, hogy kijelölt személyként járjon el, a kutatócsoport a PI-vel együttműködve azonosít egy olyan kijelölt személyt, aki nem áll kapcsolatban a kutatás lefolytatásával, és hajlandó nyilatkozatot tenni ez a tanulmány. A jelölt személy mindig az ápolószemélyzet vagy a vezetői csoport tagja, valamint tagja lesz a tágabb multidiszciplináris csapatnak a hiányos személy kórházi osztályán vagy ápolási otthonán belül. A jelölt személyt meghívólevéllel és PIS-szel (13. melléklet), valamint minden kérdésre megválaszolják, majd a jelölt felveheti a kapcsolatot a kutatócsoporttal, ha úgy gondolja, hogy a potenciális résztvevőt érdekelte volna ez a kutatás. A potenciális résztvevő nem kerül be a vizsgálatba mindaddig, amíg a kijelölt személy teljes tájékoztatáson alapuló beleegyezését (14. melléklet) nem adja. Ez továbbra is minden időpontban vonatkozik azokra az egyénekre, akik valószínűleg nem térnek vissza, valamint azokra a kórházi betegekre, akiket a COVID-19 tüneteik miatt szedálnak/lélegeztetnek, és akik visszanyerhetik képességeiket. Ezeknél a betegeknél a kapacitást mindig a közvetlen klinikai gondozási csapat egy tagja, az idősotthon felelős ápolója/menedzsere és az egyes kórházi helyszínek PI-je fogja felmérni, aki a COVID osztály konzultánsa vagy azzal kapcsolatban áll. a kapacitást értékelő személyt minden időpontban rögzítik, és nyilvántartást vezetnek). Azok számára, akik a kutatás időtartama alatt visszanyerték kapacitásukat, egy résztvevői tájékoztató lapot biztosítanak (4. melléklet), hogy elolvassák, és beleegyezést kérjenek (5. melléklet), ha folytatni kívánják a vizsgálatot. Ha a résztvevők nem kívánják folytatni, lehetőség nyílik az esetleges minták és adatok visszavonására és megsemmisítésére.

Mintavétel: A tájékoztatáson alapuló beleegyezés megszerzése után minden résztvevő biztosít (i) egy 30 ml-es teljes vérmintát, egy nyálmintát (~4 ml) és egy készletet legfeljebb öt 20 ul-es szárított vérfoltból (DBS; öt ujjú lándzsa vérének felel meg) cseppek) és a COVID-19 antitestek oldalirányú áramlási vizsgálata, amelyet a toborzáskor végeztek (a tünetek megjelenésétől számított 0 és 10 nap között), (ii) ismét 14-28 nappal a tünetek megjelenése után (iii) ismét csak tüdőgyulladás esetén kell mintát venni. epizód során (általában csak súlyos tünetek esetén) (iv) Ezen túlmenően, ha lehetséges mintákat gyűjtenek a tünetek megjelenése után 3 hónappal, 6 hónappal, 12 hónappal és 18 hónappal, az utóbbi mintavételre egy egyeztetett kényelmes időpontban kerül sor. idő és hely.

Kórházi és idősotthoni személyzet toborzása:

A kutatásban részt vehet minden 18 éves és annál idősebb HSC alkalmazott, aki a WHSCT, BHSCT és SHSCT létesítményeiben, valamint a bizalmi területeken (n = 500) működő ápolási otthonokban dolgozik. A bizalmi/ápolási otthonra kiterjedő e-maileket a vizsgálatot ismertető csatolt PIS-szel (6. melléklet) minden munkatársnak elküldjük. Ezen túlmenően a kutatással kapcsolatos információk a Trust and Nursing Home weboldalain és a közösségi média felületein, pl. Facebook és Twitter. A plakátokat (8. sz. melléklet) a közösségi helyiségekben is elhelyezik, biztosítva, hogy az információk mindenki számára elérhetőek legyenek. A munkatársakat e-mailben vagy telefonon irányítják a tanulmány kutatóihoz, hogy részletesebben megvitassák a tanulmányt. Azok számára, akik továbbra is részt kívánnak venni, és megfelelnek a felvételi kritériumoknak, írásos beleegyező nyilatkozatot (7. melléklet) kapnak a kutató(k).

Mintavétel: A tájékoztatáson alapuló beleegyezés megszerzése után minden résztvevő (i) egy 30 ml-es teljes vérmintát, egy készlet szárított vérfoltot (DBS) és egy nyálmintát (~4 ml) biztosít a toborzáskor. Ezután csak akkor, ha a SARS-CoV-2 tünetei, például magas hőmérséklet/új, folyamatos köhögés https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ a toborzás utáni 2 hét során tapasztalt: (ii) nyálminta, egy 30 ml-es teljes vérminta és egy szárított vérfolt (DBS) sorozat, valamint egy laterális áramlási vizsgálat a COVID-19 antitestek kimutatására (0-10 napos tünet között) (iii) nyálminta, egy 30 ml-es teljes vérminta és egy készlet DBS, valamint egy laterális áramlási vizsgálat a COVID-19 antitestek kimutatására a tünetek megjelenése után 14-28 nappal (iii) egy nyálminta, egy extra készlet 30 ml teljes vért és DBS-t csak akkor kell levenni, ha a tüdőgyulladás során (általában csak súlyos tünetek esetén) fordul elő (iv) Ezen túlmenően, ahol lehetséges, a tünetek megjelenésétől számított 3, 6 és 12 hónap elteltével is mintát kell venni. A mintagyűjtés egy egyeztetett, megfelelő időben és helyen történik.

Adatgyűjtés minden kohorszra (beleértve a COVRES2 nyomon követését):

Az összegyűjtött fenotípusos adatok összhangban lesznek a fenotípusos adatgyűjtésre vonatkozó nemzetközi/nemzeti adatokkal (HDRUK). Miután a kutatócsoport egy tagja tájékozott beleegyezését (3., 5. és 7. melléklet) megkapta, a résztvevőket minden időpontban meg kell válaszolniuk egy egészségügyi és életmóddal kapcsolatos kérdőívre (9. függelék), amely kérdéseket tartalmaz általános egészségügyi és klinikai történetükre vonatkozóan, pl. társbetegségek, gyógyszerek, légúti megbetegedések, COVID-19 tünetek, kórházi felvételig eltelt idő (ha kórházi kezelés), valamint életmódbeli szokások, családi anamnézis stb.

A hiányzó információkat a kutatók úgy gyűjtik össze, hogy hozzáférnek a résztvevők elektronikus gondozási nyilvántartásaihoz vagy a résztvevők orvosi feljegyzéseihez, feltéve, hogy erre a lehetőségre voksoltak. A demográfiai változók az életkoron és a nemen kívül magukban foglalják a magasságot, a súlyt és a vérnyomást is a résztvevők elektronikus gondozási nyilvántartásából. A kutatók tiszteletbeli szerződést kötnek az Egészségügyi Tröszt(ek)en belül, valamint jóváhagyással és képzésben részesülnek a betegellátási nyilvántartások eléréséhez és használatához. Abban az esetben, ha bizonyos információk hiányoznak, a kutatók engedélyt kérnek a páciens későbbi telefonos követésére. Az összes orvosi feljegyzés a C-TRIC Altnagelvin kórház telephelyén érhető el, és az információkat manuálisan viszi be az adatbázisba egy egyetemi jelszóval védett és titkosított laptopon.

A résztvevőktől azt is megkérdezik, hogy minden időpontban megerősítették-e a beleegyezésüket, hogy töltsenek ki egy validált mentális egészségügyi kérdőívet, az Általános Egészségügyi Kérdőívet (GHQ-12) (10. melléklet), hogy felmérjék az állapotuk vagy az észlelt kockázatuk és a mentális egészségük közötti összefüggést. és a jólét. A kutatók gondoskodnak arról, hogy a kérdőívet a résztvevő számára megfelelő időpontban töltsék ki akár a toborzás napján, akár a nyomon követési látogatások során, online vagy telefonon.

A résztvevők beleegyezhetnek abba is, hogy ismét felvegyék velük a kapcsolatot, hogy tájékoztatást kapjanak a jövőbeli tanulmányokkal kapcsolatban.

Mintafeldolgozás, tárolás és elemzés

Az Oragene nyálgyűjtő készletekben (DNA Genotek) körülbelül 4 ml nyálat gyűjtenek, feldolgozzák és elemzik a COVID-19 genomszekvenálás és mikrobiomelemzés céljából.

A teljes vérmintákat feldolgozzák a plazma és az áramlási citometria extrakciója céljából. A szárított vérfoltmintákból (DBS) és a fehérjékből, a felírt gyógyszerekből, a gyógyszerek metabolitjaiból és a DNS-ből rutin elúciós puffer hozzáadásával kivonják a papírkorongokat. Az oldalsó áramlási adatokat a vizsgálat időpontjában naplózzuk, és ahol lehetséges, a tesztcsík eredményéről készült, dedikált COVID-19 alkalmazáshoz készült fényképet archiváljuk. A DBS-kivonatokat és plazmamintákat naplózzák, aliquot részekre osztják és egyedi vonalkód-azonosítókkal látják el, mielőtt -80°C-on tárolnák őket az Észak-Írországi Rétegészségügyi Központban (NICSM) az elemzésig. A DBS fehérjét (az IgG-t, a C-reaktív fehérjét és a citokineket és a plazmát ELISA és OLINK módszerrel, vagy a gyógyszer metabolitjait tömegspektrometriával elemzik. A résztvevők beleegyezésével a DBS-ből/vérmintákból kinyert DNS-t a jövőbeni teljes genomszekvenáláshoz (WGS) és a kivont gyógyszer-metabolitokat -80 °C-on tárolják. Minden résztvevő DNS-mintából egy teljes genomszekvenciát állítanak elő. A páciensminták egy kiválasztott csoportját transzkriptomikai (RNS Seq), mikrobiom- és metilációs elemzésnek is alávetik.

A teljes vérmintákon és a tamponkivonatokon vírusgenomelemzéseken, szekvenáláson, transzkriptomikán, epigenetikán, egy nukleotid polimorfizmus (SNP) genotipizálásán, WGS- és RNAseq-generáláson kell átesni. A mintaelemzést a NICSM-en végzik a kutatók vagy egy harmadik fél, például a Queens University Belfast (QUB), a Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), az Olink® proteomics (Uppsala, Svédország) vagy a Genomics Medicine Ireland (GMI) virológiai laboratóriumai. , Dublin, Dublin). Ehhez a plazmából/szérumból vagy DNS-ből alikvot részeket át kell vinni a jóváhagyott harmadik fél proteomikai vagy genomikai vagy szolgáltatókhoz (például QUB, Olink vagy GMI). Ebben az esetben az összes mintát ál-anonimizálják. A résztvevő azonosítására vonatkozó kódok nem kerülnek nyilvánosságra ez a vizsgálati partner, és továbbra is a vizsgálatvezető felügyelete alatt maradnak. A harmadik féltől származó szolgáltatókat már jóváhagyták szolgáltatóként, akik kielégítő bizonyítékokkal rendelkeznek az adatok tárolása és továbbítása során a titkosításról, és megfelelő Anyagátadási, Titoktartási és Szellemi tulajdoni szerződésekkel, amelyeket mind a harmadik fél, mind az Egyetem aláírt. A harmadik fél, például a GMI vagy az Olink® proteomics által elemzett fel nem használt DNS vagy plazma megsemmisül. A mintákat vagy a minták elemzéséből származó adatokat használó kutatószervezetek lehetnek nonprofit szervezetek, pl. egyetemek vagy profitorientált kereskedelmi társaságok (például GMI). A GMI azonban vállalta, hogy költségmentesen vállalja az SNP genotipizálást, a WGS és az RNAseq generációs elemzést. A résztvevő nevét, címét és személyes adatait a vizsgálati csoporton kívül semmilyen szervezet nem bocsátja rendelkezésre

Elemzés

Minden szekvenálás, metilezés és proteoomikai elemzés az Azenta (GeneWiz), a Genuity és az Olink Proteomics cégektől származik. Az áramlási citometriát és a 16 másodperces mikrobiomanalízist a CTRIC-ben fejezik be.