ÉTUDE DE RÉPONSE COVID (COVRES) (COVRES)

Recrutement des patients dans les hôpitaux et maisons de retraite :

Patients hospitalisés et patients non hospitalisés COVID-19 positifs/ SARS-CoV-2 (n = 700) âgés de 18 ans et plus testés au WHSCT, BHSCT et SHSCT et ayant été admis dans les services hospitaliers COVID-19/ SARS-CoV-2 (y compris des unités de soins intensifs) ou les patients ambulatoires et les résidents des maisons de retraite affiliées de confiance seront initialement approchés par leur clinicien, une infirmière senior ou une infirmière de recherche du NICRN. Les enquêteurs parleront au(x) patient(s) de l'étude et si le patient est intéressé, un consentement verbal sera obtenu pour que le chercheur fasse un suivi avec une fiche d'information du participant (PIS) (annexe 6). Les patients intéressés remplissant les critères d'inclusion peuvent alors parler directement face à face (l'infirmière fixera un moment opportun pour que le chercheur rende visite au patient) aux chercheurs, l'étude sera discutée en détail et tous les problèmes seront résolus. Si les participants sont toujours intéressés à participer, un consentement éclairé écrit (annexe 7) sera obtenu par le(s) chercheur(s) avant l'inscription à l'étude.

Dans le cas de ces ANS, et lorsqu'un membre de la famille n'est pas disponible pour agir en tant que personne désignée, l'équipe de recherche, en collaboration avec le PI, identifiera une personne désignée qui n'est pas liée à la conduite de la recherche et qui est disposée à fournir une déclaration pour cette étude. La personne désignée sera toujours un membre du personnel infirmier ou de l'équipe de direction et fera partie de l'équipe multidisciplinaire plus large au sein du service hospitalier ou de la maison de retraite de la personne manquant de capacité. La personne désignée recevra également une lettre d'invitation et un PIS (annexe 13) et répondra à toutes les questions. La personne désignée pourra alors contacter l'équipe de recherche si elle pense que le participant potentiel aurait été intéressé par cette recherche. Le participant potentiel ne sera pas inscrit à l'étude tant que le consentement éclairé complet (annexe 14) n'aura pas été donné par la personne désignée. Cela s'appliquera toujours à tout moment pour les personnes qui ne retrouveront probablement pas leur capacité et pour les patients hospitalisés qui sont sous sédation/ventilation en raison de leurs symptômes de COVID-19, qui peuvent retrouver leur capacité. Pour ces patients, la capacité sera toujours évaluée par un membre de leur équipe de soins cliniques directs, l'infirmière responsable/gestionnaire de la maison de retraite et l'IP de chaque site hospitalier qui sera le consultant sur ou lié au service COVID (Le personne évaluant la capacité sera enregistrée à tout moment et un dossier sera conservé). Pour ceux qui retrouvent leur capacité pendant la durée de cette recherche, une fiche d'information du participant sera fournie (annexe 4) à lire et le consentement (annexe 5) sera demandé s'il y a des souhaits pour poursuivre l'étude. Si les participants ne souhaitent pas continuer, l'option sera offerte pour que tous les échantillons et données soient retirés et détruits.

Prélèvement d'échantillon : Une fois le consentement éclairé obtenu, chaque participant fournira (i) un échantillon de sang total de 30 ml, un échantillon de salive (~ 4 ml) et un ensemble de cinq gouttes de sang séché de 20 ul (DBS ; équivalent à cinq doigts de sang de lancette gouttelettes) et un test de flux latéral pour les anticorps COVID-19 effectué au recrutement (entre 0 et 10 jours d'apparition des symptômes), (ii) à nouveau entre 14 et 28 jours après l'apparition des symptômes (iii) à nouveau des échantillons ne seront prélevés qu'en cas de pneumonie pendant l'épisode (généralement uniquement dans les cas de symptômes graves) (iv) En outre, lorsque des échantillons seront éventuellement prélevés après 3 mois, 6 mois, 12 mois et 18 mois après l'apparition des symptômes, ces derniers prélèvements d'échantillons auront lieu à un moment convenu Lieu et heure.

Recrutement du personnel hospitalier et EHPAD :

Tous les employés du HSC âgés de 18 ans et plus, employés dans les établissements du WHSCT, du BHSCT et du SHSCT et des foyers de soins affiliés à la fiducie dans les zones de confiance (n = 500) sont éligibles pour participer à cette recherche. Des e-mails à l'échelle de la fiducie/du foyer de soins avec un PIS joint expliquant l'étude (annexe 6) seront envoyés à tout le personnel. En outre, des informations concernant la recherche seront publiées sur les sites Web des fiducies et des foyers de soins et sur les plateformes de médias sociaux, par ex. Facebook et Twitter. Des affiches (annexe 8) seront également placées dans les espaces communs afin de rendre l'information accessible à tous. Le personnel sera dirigé vers les chercheurs de l'étude par e-mail ou par téléphone pour discuter de l'étude plus en détail. Pour ceux qui souhaitent toujours participer et qui répondent aux critères d'inclusion, un consentement éclairé écrit (annexe 7) sera obtenu par le(s) chercheur(s).

Prélèvement d'échantillon : Une fois le consentement éclairé obtenu, chaque participant fournira (i) un échantillon de sang total de 30 ml, un ensemble de gouttes de sang séché (DBS) et un échantillon de salive (~ 4 ml) au moment du recrutement. Ensuite, seulement si les symptômes du SRAS-CoV-2 tels qu'une température élevée/une nouvelle toux continue https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ vécu au cours de la période post-recrutement de 2 semaines : (ii) un échantillon de salive, un échantillon de sang total de 30 ml et un ensemble de gouttes de sang séché (DBS) et un test de flux latéral pour les anticorps COVID-19 effectués (entre 0 et 10 jours de symptômes apparition), (iii) un échantillon de salive, un échantillon de sang total de 30 ml et un ensemble de DBS et un test de flux latéral pour les anticorps COVID-19 effectué entre 14 et 28 jours après l'apparition des symptômes (iii) un échantillon de salive, un ensemble supplémentaire de 30 ml de sang total et de DBS à prélever uniquement si une pneumonie survient pendant (généralement uniquement dans les cas de symptômes graves) (iv) En outre, si possible, un échantillon sera également prélevé à 3 mois, 6 mois et 12 mois après l'apparition des symptômes. Les prélèvements d'échantillons auront lieu à un moment et à un endroit convenus.

Collecte de données pour toutes les cohortes (y compris le suivi COVRES2) :

Les données phénomiques collectées seront alignées sur les données internationales/nationales pour la collecte de données phénotypiques (HDRUK). Une fois le consentement éclairé (annexes 3, 5 et 7) obtenu par un membre de l'équipe de recherche, les participants seront invités à répondre à un questionnaire sur la santé et le mode de vie à chaque moment (annexe 9) qui comprend des questions sur leurs antécédents médicaux et cliniques tels que comme les comorbidités, les médicaments, les maladies respiratoires, la symptomatologie du COVID-19, le délai d'admission à l'hôpital (si hospitalisé) ainsi que les habitudes de vie, les antécédents familiaux, etc.

Les informations manquantes seront collectées par les chercheurs en accédant aux dossiers de soins électroniques des participants ou aux notes médicales des participants, à condition que le consentement ait été obtenu pour cette option. Les variables démographiques en plus de l'âge et du sexe incluront la taille, le poids et la pression artérielle seront également extraites du dossier de soins électronique des participants. Les chercheurs auront un contrat honorifique au sein du ou des Health Trust (s) et auront l'approbation et la formation pour accéder et utiliser les dossiers de soins des patients. Dans le cas où certaines informations manquent, les chercheurs demanderont la permission de faire un suivi avec le patient ultérieurement par téléphone. Tous les dossiers médicaux seront accessibles sur le site de l'hôpital Altnagelvin au C-TRIC et les informations seront saisies manuellement dans une base de données sur un ordinateur portable protégé par mot de passe et crypté.

Il sera également demandé aux participants si leur consentement est confirmé à chaque moment, de remplir un questionnaire validé sur la santé mentale, le questionnaire général sur la santé (GHQ-12), (annexe 10) pour évaluer l'association entre leur état ou le risque perçu et leur santé mentale. et bien-être. Les chercheurs prendront les dispositions nécessaires pour remplir ce questionnaire à un moment opportun pour le participant, soit le jour du recrutement, lors des visites de suivi, en ligne ou par téléphone.

Les participants ont également le choix de consentir à être recontactés pour recevoir des informations concernant les études futures.

Traitement, stockage et analyse des échantillons

La salive ~ 4 ml sera collectée dans des kits de collecte de salive Oragene (DNA Genotek), traitée et analysée pour le séquençage du génome COVID-19 et l'analyse du microbiome.

Des échantillons de sang total seront traités pour extraire le plasma et la cytométrie en flux. Des disques de papier seront perforés à partir d'échantillons de taches de sang séché (DBS) et de protéines, de médicaments prescrits, de métabolites de médicaments et d'ADN extraits par l'ajout d'un tampon d'élution de routine. Les données de flux latéral seront enregistrées au moment du test et, si possible, une photographie de l'application COVID-19 dédiée du résultat de la bandelette de test archivée. Les extraits de DBS et les échantillons de plasma seront enregistrés, aliquotés et étiquetés avec des identifiants de code à barres uniques avant d'être stockés à -80 °C au Centre de médecine stratifiée d'Irlande du Nord (NICSM) jusqu'à l'analyse. La protéine DBS (IgG, la protéine C-réactive et les cytokines et le plasma seront analysés par ELISA et OLINK ou les métabolites des médicaments par spectrométrie de masse. Avec l'accord des participants, l'ADN extrait d'échantillons de DBS/sang pour le futur séquençage du génome entier (WGS) et les métabolites de médicaments extraits seront stockés à -80 °C. Une séquence complète du génome sera générée à partir de chaque échantillon d'ADN participant. Une cohorte sélectionnée d'échantillons de patients sera également soumise à des analyses de transcriptomique (RNA Seq), de microbiome et de méthylation.

Les échantillons de sang total et l'extrait d'écouvillon feront l'objet d'analyses du génome viral, de séquençage, de transcriptomique, d'épigénétique, de génotypage de polymorphisme de nucléotide unique (SNP), de génération de WGS et de RNAseq. L'analyse des échantillons sera effectuée au NICSM par les chercheurs ou par un tiers tel que les laboratoires de virologie de l'Université Queens de Belfast (QUB), le Laboratoire régional des virus de Belfast (RVL), la protéomique Olink® (Uppsala, Suède) ou Genomics Medicine Ireland (GMI , Dublin, Dublin). Cela nécessitera que des aliquotes de plasma/sérum ou d'ADN soient transférées aux tiers fournisseurs de services protéomiques ou génomiques approuvés (tels que QUB, Olink ou GMI). Dans ce cas, tous les échantillons seront pseudo-anonymisés. Les codes relatifs à l'identification des participants ne seront pas divulgués à ce partenaire de l'étude et resteront sous la garde de l'investigateur en chef. Les fournisseurs tiers ont déjà été approuvés en tant que fournisseurs de services avec une preuve satisfaisante du cryptage dans le stockage et le transfert des données et des accords appropriés de transfert de matériel, de confidentialité et de propriété intellectuelle signés par le tiers et l'Université. L'ADN ou le plasma non utilisé qui est analysé par un tiers tel que GMI ou la protéomique Olink® sera détruit. Les organismes de recherche qui utiliseront des échantillons ou des données dérivées de l'analyse d'échantillons pourraient être à but non lucratif, par ex. des universités ou des sociétés commerciales à but lucratif (comme GMI). GMI, cependant, a accepté d'entreprendre : le génotypage SNP, l'analyse de génération WGS et RNAseq sans frais. Le nom, l'adresse et les données personnelles du participant ne seront mis à la disposition d'aucune organisation au-delà de l'équipe d'étude

Analyse

Tout le séquençage, la méthylation et l'analyse protéomique sont sous-traités à Azenta (GeneWiz), Genuity et Olink Proteomics. La cytométrie en flux et l'analyse du microbiome 16s seront complétées au CTRIC.