STUDIO DI RISPOSTA AL COVID (COVRES) (COVRES)

Reclutamento pazienti ospedalieri e domiciliari:

Pazienti COVID-19 positivi/SARS-CoV-2 ricoverati e non ospedalizzati (n = 700) di età pari o superiore a 18 anni testati presso WHSCT, BHSCT e SHSCT e sono stati ricoverati in reparti ospedalieri COVID-19/SARS-CoV-2 (anche dalle unità di terapia intensiva) o ambulatoriali e residenti di case di cura affiliate saranno inizialmente contattati dal loro medico, infermiere senior o un infermiere ricercatore NICRN. Gli investigatori parleranno con il/i paziente/i dello studio e se il paziente è interessato, si otterrà il consenso verbale affinché il ricercatore segua il foglio informativo del partecipante (PIS) (appendice 6). Quei pazienti interessati che soddisfano i criteri di inclusione possono quindi parlare direttamente faccia a faccia (per cui l'infermiere organizzerà un momento conveniente per il ricercatore per visitare il paziente) ai ricercatori, lo studio sarà discusso in dettaglio e verranno affrontati eventuali problemi. Se i partecipanti sono ancora interessati a partecipare, il/i ricercatore/i otterrà il consenso informato scritto (appendice 7) prima dell'arruolamento nello studio.

Nel caso di tali ALC, e laddove un membro della famiglia non sia disponibile ad agire come persona nominata, il gruppo di ricerca in collaborazione con il PI identificherà una persona nominata che non è correlata alla conduzione della ricerca e disposta a fornire una dichiarazione per questo studio. La persona nominata sarà sempre un membro del personale infermieristico o del team di gestione e parte del più ampio team multidisciplinare all'interno del reparto ospedaliero o della struttura della casa di cura dell'individuo incapace. Alla persona nominata verrà inoltre fornita una lettera di invito e un PIS (allegato 13) e qualsiasi domanda risponderà, la persona nominata potrà quindi contattare il gruppo di ricerca se si ritiene che il potenziale partecipante sarebbe stato interessato a questa ricerca. Il potenziale partecipante non sarà arruolato nello studio fino a quando la persona designata non avrà fornito il pieno consenso informato (appendice 14). Ciò si applicherà comunque in tutti i momenti per quelle persone che difficilmente riacquisteranno la capacità e per quei pazienti in ospedale che sono sedati/ventilati a causa dei loro sintomi COVID-19, che potrebbero riacquistare la capacità. Per tali pazienti, la capacità sarà sempre valutata da un membro del loro team di assistenza clinica diretta, l'infermiere responsabile/responsabile della casa di cura e il PI di ciascun sito ospedaliero che sarà il consulente o collegato al reparto COVID (Il la persona che valuta la capacità verrà registrata in ogni momento e verrà tenuta una registrazione). Per coloro che riacquistano capacità durante la durata di questa ricerca, verrà fornito un foglio informativo del partecipante (appendice 4) da leggere e verrà richiesto il consenso (appendice 5) se si desidera procedere con lo studio. Se i partecipanti non desiderano continuare, verrà fornita la possibilità di ritirare e distruggere eventuali campioni e dati.

Raccolta del campione: una volta ottenuto il consenso informato, ciascun partecipante fornirà (i) un campione di sangue intero da 30 ml, un campione di saliva (~ 4 ml) e un set di fino a cinque macchie di sangue essiccato da 20 ul (DBS; equivalente al sangue di una lancetta di cinque dita) goccioline) e un test del flusso laterale per gli anticorpi COVID-19 eseguito al momento del reclutamento (tra 0 e 10 giorni dall'insorgenza dei sintomi), (ii) di nuovo tra 14-28 giorni dopo l'insorgenza dei sintomi (iii) di nuovo i campioni saranno raccolti solo se si verifica la polmonite durante l'episodio (di solito solo in casi di sintomi gravi) (iv) Inoltre, ove possibile, i campioni saranno raccolti dopo 3 mesi, 6 mesi, 12 mesi e 18 mesi dopo l'insorgenza dei sintomi, quest'ultimo prelievo di campioni avverrà a un orario conveniente concordato tempo e luogo.

Selezione del personale ospedaliero e delle case di cura:

Tutti i dipendenti HSC di età pari o superiore a 18 anni, impiegati all'interno di strutture WHSCT, BHSCT e SHSCT e case di cura affiliate all'interno delle aree fiduciarie (n = 500) possono partecipare a questa ricerca. A tutto il personale verranno inviate e-mail a livello di fiducia/casa di cura con un PIS allegato che spiega lo studio (appendice 6). Inoltre, le informazioni relative alla ricerca saranno inserite nei siti Web delle case di cura e di cura e nelle piattaforme dei social media, ad es. Facebook e Twitter. I poster (allegato 8) saranno inoltre collocati nelle aree comuni per garantire l'accesso alle informazioni da parte di tutti. Il personale sarà indirizzato ai ricercatori dello studio via e-mail o telefono per discutere lo studio in modo più dettagliato. Per coloro che desiderano ancora partecipare e che soddisfano i criteri di inclusione, il ricercatore oi ricercatori otterranno il consenso informato scritto (appendice 7).

Raccolta del campione: una volta ottenuto il consenso informato, ciascun partecipante fornirà (i) un campione di sangue intero da 30 ml, un set di macchie di sangue essiccato (DBS) e un campione di saliva (~ 4 ml) al momento del reclutamento. Quindi, solo se i sintomi di SARS-CoV-2 come febbre alta/nuova tosse continua https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/check-if-you-have-coronavirus-symptoms/ sperimentato durante il periodo post reclutamento di 2 settimane: (ii) un campione di saliva, un campione di sangue intero da 30 ml e un set di macchie di sangue essiccato (DBS) e un test del flusso laterale per anticorpi COVID-19 eseguito (tra 0 e 10 giorni di sintomi insorgenza), (iii) un campione di saliva, un campione di sangue intero da 30 ml e un set di DBS e un test del flusso laterale per gli anticorpi COVID-19 eseguito tra 14-28 giorni dopo l'insorgenza dei sintomi (iii) un campione di saliva, un set aggiuntivo di 30 ml di sangue intero e DBS da prelevare solo se la polmonite si verifica durante (di solito solo in casi di sintomi gravi) (iv) Inoltre, ove possibile, il campione verrà raccolto anche a 3 mesi, 6 mesi e 12 mesi dall'insorgenza dei sintomi. Le raccolte dei campioni avranno luogo in un orario e in un luogo convenienti concordati.

Raccolta dati per tutte le coorti (incluso il follow-up COVRES2):

I dati fenomici raccolti si allineeranno con i dati internazionali/nazionali per la raccolta di dati fenotipici (HDRUK). Dopo che un membro del gruppo di ricerca ha ottenuto il consenso informato (appendici 3, 5 e 7), ai partecipanti verrà chiesto di rispondere a un questionario sulla salute e sullo stile di vita in ogni momento (Appendice 9) che include domande sulla loro storia medica e clinica generale come come comorbidità, farmaci, malattie respiratorie, sintomatologia COVID-19, tempo di ricovero in ospedale (se ricoverato) nonché abitudini di vita, storia familiare ecc.

Le informazioni mancanti saranno raccolte dai ricercatori accedendo alle cartelle cliniche elettroniche dei partecipanti o alle note mediche dei partecipanti, a condizione che sia stato ottenuto il consenso per questa opzione. Le variabili demografiche oltre all'età e al sesso includeranno altezza, peso e pressione sanguigna saranno anche recuperati dalla cartella clinica elettronica dei partecipanti. I ricercatori avranno un contratto onorario all'interno dell'azienda sanitaria e avranno l'approvazione e la formazione per accedere e utilizzare le cartelle cliniche dei pazienti. Nel caso in cui manchino alcune informazioni, i ricercatori chiederanno il permesso di seguire il paziente in un secondo momento per telefono. Si accederà a tutte le cartelle cliniche sul sito dell'ospedale Altnagelvin presso C-TRIC e le informazioni verranno inserite manualmente in un database su un laptop universitario protetto da password e crittografato.

Ai partecipanti verrà inoltre chiesto se il consenso è confermato in ogni momento, per completare un questionario sulla salute mentale convalidato, il General Health Questionnaire (GHQ-12), (appendice 10) per valutare l'associazione tra la loro condizione o rischio percepito e la loro salute mentale e benessere. I ricercatori organizzeranno la compilazione di questo questionario in un momento conveniente per il partecipante il giorno dell'assunzione, durante le visite di follow-up, online o per telefono.

I partecipanti hanno anche la possibilità di acconsentire ad essere ricontattati per ricevere informazioni su studi futuri.

Elaborazione, conservazione e analisi dei campioni

La saliva ~ 4 ml sarà raccolta nei kit di raccolta della saliva Oragene (DNA Genotek), elaborata e analizzata per il sequenziamento del genoma COVID-19 e l'analisi del microbioma.

I campioni di sangue intero saranno processati per estrarre il plasma e la citometria a flusso. I dischi di carta verranno perforati da campioni di macchie di sangue essiccato (DBS) e proteine, farmaci prescritti, metaboliti di farmaci e DNA estratti mediante l'aggiunta di un tampone di eluizione di routine. I dati del flusso laterale verranno registrati al momento del test e, ove possibile, la fotografia dell'app COVID-19 dedicata del risultato della striscia reattiva verrà archiviata. Gli estratti di DBS e i campioni di plasma verranno registrati, aliquotati ed etichettati con identificatori di codici a barre univoci prima della conservazione a -80°C nel Centro per la medicina stratificata dell'Irlanda del Nord (NICSM) fino all'analisi. La proteina DBS (IgG, proteina C-reattiva e citochine e il plasma saranno analizzati utilizzando ELISA e OLINK o metaboliti di farmaci mediante spettrometria di massa. Con l'accordo dei partecipanti, il DNA estratto da DBS/campioni di sangue per il futuro sequenziamento dell'intero genoma (WGS) e i metaboliti del farmaco estratti saranno conservati a -80C in. Un'intera sequenza del genoma verrà generata da ciascun campione di DNA partecipante. Una coorte selezionata di campioni di pazienti sarà inoltre sottoposta ad analisi di trascrittomica (RNA Seq), microbioma e metilazione.

I campioni di sangue intero e l'estratto del tampone saranno sottoposti ad analisi del genoma virale, sequenziamento, trascrittomica, epigenetica, genotipizzazione del polimorfismo a singolo nucleotide (SNP), WGS e generazione di RNAseq. L'analisi dei campioni sarà eseguita presso il NICSM dai ricercatori o da una terza parte come i laboratori di virologia della Queens University Belfast (QUB), Regional Virus Laboratory Belfast (RVL), Olink® proteomics (Uppsala, Svezia) o Genomics Medicine Ireland (GMI , Dublino, Dublino). Ciò richiederà il trasferimento di aliquote di plasma/siero o DNA a fornitori terzi approvati di proteomica o genomica o di servizi (come QUB, Olink o GMI). In questo caso, tutti i campioni saranno pseudoanonimizzati. I codici relativi all'identificazione dei partecipanti non saranno divulgati a questo partner dello studio e rimarranno in custodia del ricercatore capo. I fornitori di terze parti sono già stati approvati come fornitori di servizi con prove soddisfacenti di crittografia nell'archiviazione e nel trasferimento dei dati e accordi appropriati di trasferimento di materiale, riservatezza e proprietà intellettuale firmati sia dalla terza parte che dall'Università. Il DNA o il plasma inutilizzati che vengono analizzati da terzi come GMI o Olink® proteomics saranno distrutti. Le organizzazioni di ricerca che utilizzeranno campioni o dati derivati ​​dall'analisi di campioni potrebbero essere senza scopo di lucro, ad es. università o società commerciali a scopo di lucro (come GMI). GMI, tuttavia, ha accettato di intraprendere: genotipizzazione SNP, WGS e analisi di generazione di RNAseq senza alcun costo. Il nome, l'indirizzo e i dettagli personali del partecipante non saranno messi a disposizione di alcuna organizzazione al di fuori del gruppo di studio

Analisi

Tutte le analisi di sequenziamento, metilazione e proteomica sono state fornite ad Azenta (GeneWiz), Genuity e Olink Proteomics. La citometria a flusso e l'analisi del microbioma 16s saranno completate presso il CTRIC.