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在患有神经发育问题的患者中使用长读基因组测序 (HiFi-NDD)

2024年4月23日更新者：Nantes University Hospital

患有神经发育疾病的患者及其家人需要确定疾病的遗传原因，以便识别残疾、遗传咨询以及参与治疗研究的可能希望。使用高通量基因组外显子组或基因组分析可以确定大约一半患者的遗传原因。然而，在这些测试后没有结果或具有未知意义的变异的家庭可能会发现自己陷入了新的诊断僵局。

今天使用的高通量测序产生大约 100 个碱基对的序列（所谓的“短读”测序）。这允许对大约 90% 的基因组进行分析。然而，在对罕见疾病进行基因诊断的感兴趣区域，许多区域是无法访问的。长片段测序产生的序列大约是原来的 20 倍，它的使用最近使得对人类基因组进行几乎完整的测序成为可能 (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987)。主要贡献在于分析基因组的复杂区域，例如片段重复或着丝粒区域。这项技术很可能会提高检测遗传病患者遗传变异的灵敏度。它的贡献应该在经典技术未确定遗传原因的患者中进行研究。

本研究旨在调查长片段基因组测序的贡献。

研究概览

地位

完全的

条件

详细说明

作为 CLAD-Ouest 的一部分，遗传学家将招募 10 个有孩子患有神经发育疾病的家庭。将从患者及其父母身上采集 EDTA 血样（三重分析）。然后，血液样本将用于提取核酸 (DNA)。

血液样本将被送往并集中到南特大学医院的遗传学实验室。 DNA 将被提取并匿名化。

DNA 测序后生成的文件将以个人参与研究时提供的匿名编号作为识别码。原始数据和 VCF 文件将上传到南特的 BIRD 计算集群，并在研究期间（2 年）存储在那里。然后，不同的大学医院将能够检索数据并分析在其中心招募的患者中发现的变异。一组来自 HUGO（Grand Ouest 的大学医院）的生物信息学家和生物学家将对变异进行注释、过滤和解释的集中分析。数据的长期归档将在南特大学医院进行。

研究类型

观察性的

注册 (实际的)

联系人和位置

本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。

学习地点

法国
- Finistère
  - Brest、Finistère、法国、29000
    - Brest University Hospital
- Ille-et-Vilaine
  - Rennes、Ille-et-Vilaine、法国、35000
    - Rennes University Hospital
- Indre-et-Loire
  - Tours、Indre-et-Loire、法国、37000
    - Tours University Hospital
- Loire-Atlantique
  - Nantes、Loire-Atlantique、法国、44093
    - Nantes university hospital
- Maine-et-Loire
  - Angers、Maine-et-Loire、法国、49000
    - Angers University Hospital

参与标准

研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。

资格标准

适合学习的年龄

孩子
成人
年长者

接受健康志愿者

不适用

取样方法

非概率样本

研究人群

神经发育疾病患者及其父母

描述

患者的纳入标准：

存在神经发育问题的患者（儿童或成人）强烈怀疑患有罕见的遗传病（家族性或非常严重的）。
三人组（儿童和父母）的短读测序结果为阴性。
患者（如果适用）或其法定代理人（如果未成年或在监护下）对研究的知情同意。
受益于社会保障（法国医疗保健系统）的患者。

父母的入选标准：

可能招募符合纳入标准的父母双方。
本人参与签署知情同意书。
受益于社会保障（法国医疗保健系统）的父母。

患者排除标准：

遗传易感性已经确定可以解释该疾病。
尚未执行三重奏 WGS 的患者。
撤回同意的患者。

父母的排除标准：

孕妇或哺乳期妇女。
受监护或监管的父母。
父母也存在神经发育缺陷。

学习计划

本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。

研究是如何设计的？

设计细节

观测模型：以家庭为基础
时间观点：横截面

团体/队列数

队列和干预

团体/队列
参加者神经发育障碍患者及其父母

研究衡量的是什么？

主要结果指标

结果测量	措施说明	大体时间
在患有神经发育疾病的患者中使用长读长测序，而短读长测序未鉴定出致病性或可能致病性变异大体时间：通过学习完成，平均 2 年	基因诊断的鉴定：检测一种或多种变异——核苷酸、拷贝数变化、结构变异——4 类或 5 类（可能致病或致病），解释神经发育病理学的遗传起源	通过学习完成，平均 2 年

次要结果测量

结果测量	措施说明	大体时间
三人组长读长测序实施分析（患者及家长）大体时间：通过学习完成，平均2年	测量长读长测序的失败率、测序和临床团队可用结果之间的周转时间	通过学习完成，平均2年

合作者和调查者

在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。

赞助

Nantes University Hospital

合作者

University Hospital, Angers

University Hospital, Brest

Rennes University Hospital

University Hospital, Tours

调查人员

首席研究员：Stéphane BEZIEAU, MD、Nantes university hospital

研究记录日期

这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。

研究主要日期

学习开始 (实际的)

2022年12月19日

初级完成 (实际的)

2023年3月8日

研究完成 (实际的)

2024年3月8日

研究注册日期

首次提交

2022年11月22日

首先提交符合 QC 标准的

2022年12月1日

首次发布 (实际的)

2022年12月8日

研究记录更新

最后更新发布 (实际的)

2024年4月24日

上次提交的符合 QC 标准的更新

2024年4月23日

最后验证

2024年4月1日