Hosszú leolvasású genomszekvenálás alkalmazása idegfejlődési problémákkal küzdő betegeknél (HiFi-NDD)
Az idegrendszeri fejlődési betegségben szenvedő betegeknek és családjaiknak meg kell határozniuk a betegség genetikai okát, hogy lehetővé tegyék a fogyatékosság felismerését, a genetikai tanácsadást és a terápiás kutatásokban való részvétel lehetőségét. A nagy áteresztőképességű genomi exomhoz vagy genomelemzéshez való hozzáférés lehetővé teszi a genetikai ok azonosítását a betegek körülbelül felénél. Azok a családok azonban, amelyeknél nincs eredmény, vagy egy ismeretlen jelentőségű variáns van ezek után a tesztek után, új diagnosztikai zsákutcába kerülhetnek.
A ma használt nagy áteresztőképességű szekvenálás 100 bázispár nagyságrendű szekvenciákat generál (úgynevezett "short read" szekvenálás). Ez lehetővé teszi a genom körülbelül 90%-ának elemzését. Sok régió azonban nem elérhető a ritka betegségek genetikai diagnózisa szempontjából érdekes régiókban. A hosszú fragmensek szekvenálása körülbelül 20-szor nagyobb szekvenciákat hoz létre, és használata nemrégiben lehetővé tette az emberi genom szinte teljes szekvenálását (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). A fő hozzájárulás a genom összetett régióinak, például szegmentális duplikációk vagy centromer régiók elemzésében rejlik. Valószínű, hogy ez a technológia növeli a genetikai változatok kimutatásának érzékenységét genetikai betegségekben szenvedő betegeknél. Hozzájárulását olyan betegeken kell tanulmányozni, akiknél nem azonosítottak genetikai okot klasszikus technikákkal.
Ez a tanulmány a hosszú fragmentum genomszekvenálásának hozzájárulását kívánja megvizsgálni.
A tanulmány áttekintése
Állapot
Részletes leírás
Tíz, idegrendszeri fejlődési betegségben szenvedő gyermekes családot toboroznak majd a genetikusok a CLAD-Ouest tagjaként. EDTA vérmintát vesznek a pácienstől és szüleiktől (trio analízis). A vérmintákat ezután nukleinsavak (DNS) extrakciójára használják fel.
A vérmintákat a Nantes Egyetemi Kórház genetikai laboratóriumába küldik és központosítják. A DNS-t kivonják és anonimizálják.
A DNS-szekvenálás után generált fájlok azonosító kulcsa az egyén vizsgálatba való bevonásakor megadott anonimizálási szám. A nyers adatokat és a VCF fájlokat a nantes-i BIRD számítási klaszterbe töltik fel, ahol a vizsgálat idejére (2 évig) tárolják. A különböző egyetemi kórházak ezután lekérhetik az adatokat, és elemezhetik a központjuk által toborzott betegeknél azonosított változatokat. A variánsok annotálására, szűrésére és értelmezésére szolgáló központosított elemzést a HUGO (Grand Ouest Egyetemi Kórház) bioinformatikusai és biológusai végzik. Az adatok hosszú távú archiválását a Nantes Egyetemi Kórházban végzik majd.
Tanulmány típusa
Beiratkozás (Tényleges)
Kapcsolatok és helyek
Tanulmányi kapcsolat
- Név: Stéphane BEZIEAU, MD
- Telefonszám: +33240084020
- E-mail: stephane.bezieau@chu-nantes.fr
Tanulmányi helyek
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Franciaország, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Franciaország, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Franciaország, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Franciaország, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Franciaország, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Részvételi kritériumok
Jogosultsági kritériumok
Tanulmányozható életkorok
- Gyermek
- Felnőtt
- Idősebb felnőtt
Egészséges önkénteseket fogad
Mintavételi módszer
Tanulmányi populáció
Leírás
A betegek befogadásának kritériumai:
- Neurofejlődési problémákkal küzdő beteg (gyermek vagy felnőtt), akinek erős a gyanúja, hogy ritka (családi vagy nagyon súlyos) genetikai betegségben szenved.
- Negatív eredmény a trió (gyermek és szülők) rövid olvasási sorrendjénél.
- A beteg (ha van ilyen) vagy törvényes képviselője tájékozott hozzájárulása a vizsgálathoz, ha kiskorú vagy gondnokság alatt áll.
- Társadalombiztosításban részesülő betegek (francia egészségügyi rendszer).
Felvételi feltételek a szülők számára:
- A felvételi kritériumoknak megfelelő mindkét szülő lehetséges felvétele.
- A saját részvételükre aláírt tájékozott hozzájárulási űrlap.
- Társadalombiztosításban részesülő szülők (francia egészségügyi rendszer).
Kizárási kritériumok a betegek számára:
- A betegséget magyarázó genetikai hajlam már azonosított.
- Olyan betegek, akiknél a trió WGS-jét nem végezték el.
- Betegek, akik visszavonták hozzájárulásukat.
Kizárási kritériumok a szülők számára:
- Terhes vagy szoptató nő.
- Gyámság vagy gondnokság alatt álló szülők.
- A szülők idegrendszeri fejlődési rendellenességet is mutatnak.
Tanulási terv
Hogyan készül a tanulmány?
Tervezési részletek
- Megfigyelési modellek: Családi alapú
- Időperspektívák: Keresztmetszeti
Kohorszok és beavatkozások
Csoport / Kohorsz |
|---|
|
Résztvevők
Neurofejlődési betegségben szenvedő betegek és mindkét szülőjük
|
Mit mér a tanulmány?
Elsődleges eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Hosszú leolvasású szekvenálás alkalmazása olyan idegrendszeri fejlődési betegségben szenvedő betegeknél, akik nem patogén vagy valószínűleg patogén variációt azonosítanak a rövid leolvasási szekvenálás segítségével
Időkeret: a tanulmányok befejezéséig átlagosan 2 év
|
Genetikai diagnózis azonosítása: a 4. vagy 5. osztályba tartozó (valószínűleg patogén vagy patogén) egy vagy több variáns kimutatása - nukleotid, kópiaszám változás, szerkezeti változatok -, amelyek megmagyarázzák az idegrendszeri fejlődési patológia genetikai eredetét
|
a tanulmányok befejezéséig átlagosan 2 év
|
Másodlagos eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
A triók (betegek és szülők) hosszú olvasási sorrendjének megvalósításának elemzése
Időkeret: a tanulmányok befejezéséig átlagosan 2 év
|
A hosszú olvasási szekvenálás sikertelenségi arányának mérése, a szekvenálás és a klinikai csapat rendelkezésére álló eredmények közötti fordulási idő
|
a tanulmányok befejezéséig átlagosan 2 év
|
Együttműködők és nyomozók
Szponzor
Együttműködők
Nyomozók
- Kutatásvezető: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Tanulmányi rekorddátumok
Tanulmány főbb dátumok
Tanulmány kezdete (Tényleges)
Elsődleges befejezés (Tényleges)
A tanulmány befejezése (Tényleges)
Tanulmányi regisztráció dátumai
Először benyújtva
Először nyújtották be, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
Első közzététel (Tényleges)
Tanulmányi rekordok frissítései
Utolsó frissítés közzétéve (Tényleges)
Az utolsó frissítés elküldve, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
Utolsó ellenőrzés
Több információ
A tanulmányhoz kapcsolódó kifejezések
Kulcsszavak
További vonatkozó MeSH feltételek
Egyéb vizsgálati azonosító számok
- RC22_0373
Terv az egyéni résztvevői adatokhoz (IPD)
Tervezi megosztani az egyéni résztvevői adatokat (IPD)?
Gyógyszer- és eszközinformációk, tanulmányi dokumentumok
Egy amerikai FDA által szabályozott gyógyszerkészítményt tanulmányoz
Egy amerikai FDA által szabályozott eszközterméket tanulmányoz
Ezt az információt közvetlenül a clinicaltrials.gov webhelyről szereztük be, változtatás nélkül. Ha bármilyen kérése van vizsgálati adatainak módosítására, eltávolítására vagy frissítésére, kérjük, írjon a következő címre: register@clinicaltrials.gov. Amint a változás bevezetésre kerül a clinicaltrials.gov oldalon, ez a webhelyünkön is automatikusan frissül. .