Uso de sequenciamento de genoma de leitura longa em pacientes que sofrem de problemas de neurodesenvolvimento (HiFi-NDD)
Pacientes com doenças do neurodesenvolvimento e suas famílias precisam identificar a causa genética da doença para permitir o reconhecimento da deficiência, aconselhamento genético e possível esperança de participação em estudos de pesquisa terapêutica. O acesso ao exoma genômico ou à análise do genoma de alto rendimento permite a identificação de uma causa genética para aproximadamente metade dos pacientes. No entanto, famílias sem resultado ou com variante de significado desconhecido após esses testes podem se encontrar em um novo impasse diagnóstico.
O sequenciamento de alto rendimento usado hoje gera sequências da ordem de 100 pares de bases (o chamado sequenciamento de "leitura curta"). Isso permite uma análise de cerca de 90% do genoma. No entanto, muitas regiões não são acessíveis em regiões de interesse para o diagnóstico genético de doenças raras. O sequenciamento de fragmentos longos gera sequências cerca de 20 vezes maiores e seu uso recentemente tornou possível sequenciar quase completamente o genoma humano (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). A principal contribuição está na análise de regiões complexas do genoma, como duplicações segmentares ou regiões centroméricas. É provável que esta tecnologia aumente a sensibilidade de detecção de variantes genéticas em pacientes com doenças genéticas. Sua contribuição deve ser estudada em pacientes para os quais nenhuma causa genética foi identificada por técnicas clássicas.
Este estudo tem como objetivo investigar a contribuição do sequenciamento do genoma de fragmentos longos.
Visão geral do estudo
Status
Descrição detalhada
Dez famílias com uma criança com doença do neurodesenvolvimento serão recrutadas por geneticistas integrantes do CLAD-Ouest. Uma amostra de sangue EDTA será coletada do paciente e de seus pais (análise trio). As amostras de sangue serão usadas para extrair ácidos nucléicos (DNA).
As amostras de sangue serão enviadas e centralizadas para o laboratório de genética do Hospital Universitário de Nantes. O DNA será extraído e anonimizado.
Os arquivos gerados após o sequenciamento do DNA terão como chave de identificação o número de anonimato fornecido no momento da inclusão do indivíduo no estudo. Os dados brutos e os arquivos VCF serão carregados no cluster de computação BIRD em Nantes, onde serão armazenados durante o estudo (2 anos). Os diferentes hospitais universitários poderão então recuperar os dados e analisar as variantes identificadas nos pacientes recrutados por seu centro. Uma análise centralizada para anotar, filtrar e interpretar as variantes será realizada por um grupo de bioinformáticos e biólogos do HUGO (Hospital Universitário do Grand Ouest). O arquivamento de longo prazo dos dados será realizado no Hospital Universitário de Nantes.
Tipo de estudo
Inscrição (Real)
Contactos e Locais
Locais de estudo
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Finistère
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Brest, Finistère, França, 29000
- Brest University Hospital
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Ille-et-Vilaine
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Rennes, Ille-et-Vilaine, França, 35000
- Rennes University Hospital
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Indre-et-Loire
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Tours, Indre-et-Loire, França, 37000
- Tours University Hospital
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Loire-Atlantique
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Nantes, Loire-Atlantique, França, 44093
- Nantes university hospital
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Maine-et-Loire
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Angers, Maine-et-Loire, França, 49000
- Angers University Hospital
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critérios de inclusão para pacientes:
- Paciente (criança ou adulto) apresentando problemas de neurodesenvolvimento fortemente suspeitos de sofrer de uma doença genética rara (familiar ou muito grave).
- Resultado negativo para sequenciamento de leitura curta do trio (criança e pais).
- Consentimento informado para o estudo pelo paciente (se aplicável) ou seus representantes legais, se menor de idade ou sob tutela.
- Doentes que beneficiam da segurança social (sistema de saúde francês).
Critérios de inclusão para pais:
- Possível recrutamento de ambos os pais que correspondam aos critérios de inclusão.
- Termo de consentimento informado assinado para sua própria participação.
- Pais beneficiários da segurança social (sistema de saúde francês).
Critérios de exclusão para pacientes:
- Predisposição genética já identificada explicando a doença.
- Pacientes para os quais o WGS para o trio não foi realizado.
- Pacientes que retiraram seu consentimento.
Critérios de exclusão para pais:
- Mulher grávida ou lactante.
- Pais sob tutela ou curatela.
- Pais também apresentando deficiência no neurodesenvolvimento.
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Modelos de observação: Familiar
- Perspectivas de Tempo: Transversal
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
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Participantes
Pacientes com doença do neurodesenvolvimento e seus pais
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Uso de sequenciamento de leitura longa em pacientes que sofrem de uma doença do neurodesenvolvimento sem variação patogênica ou provavelmente patogênica identificada por sequenciamento de leitura curta
Prazo: até a conclusão do estudo, uma média de 2 anos
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Identificação de um diagnóstico genético: detecção de uma ou várias variantes - nucleotídicas, alteração no número de cópias, variantes estruturais - de classe 4 ou 5 (provavelmente patogênicas ou patogênicas), explicando a origem genética da patologia do neurodesenvolvimento
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até a conclusão do estudo, uma média de 2 anos
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Análise da implementação do sequenciamento de leitura longa de trios (pacientes e pais)
Prazo: até a conclusão do estudo, uma média de 2 anos
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Medição da taxa de falha do sequenciamento de leitura longa, tempo de retorno entre o sequenciamento e os resultados disponíveis para a equipe clínica
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até a conclusão do estudo, uma média de 2 anos
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes university hospital
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Real)
Conclusão do estudo (Real)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- RC22_0373
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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