Gebruik van lang gelezen genoomsequencing bij patiënten die lijden aan neurologische ontwikkelingsstoornissen (HiFi-NDD)
Patiënten met neurologische ontwikkelingsstoornissen en hun families moeten de genetische oorzaak van de ziekte identificeren om erkenning van de handicap, genetische counseling en mogelijke hoop op deelname aan therapeutische onderzoeksstudies mogelijk te maken. Toegang tot high-throughput genomische exoom- of genoomanalyse maakt het mogelijk om bij ongeveer de helft van de patiënten een genetische oorzaak te identificeren. Gezinnen zonder resultaat of met een variant van onbekende betekenis na deze tests kunnen echter in een nieuwe diagnostische impasse terechtkomen.
De tegenwoordig gebruikte high-throughput sequencing genereert sequenties in de orde van grootte van 100 basenparen (zogenaamde "short read" sequencing). Dit maakt een analyse van ongeveer 90% van het genoom mogelijk. Veel regio's zijn echter niet toegankelijk in regio's die van belang zijn voor de genetische diagnose van zeldzame ziekten. Long fragment sequencing genereert sequenties die ongeveer 20 keer groter zijn en het gebruik ervan heeft het recentelijk mogelijk gemaakt om het menselijk genoom bijna volledig te sequensen (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). De belangrijkste bijdrage ligt in de analyse van complexe regio's van het genoom, zoals segmentale duplicaties of centromere regio's. Het is waarschijnlijk dat deze technologie de detectiegevoeligheid van genetische varianten bij patiënten met genetische ziekten vergroot. De bijdrage ervan moet worden bestudeerd bij patiënten bij wie met klassieke technieken geen genetische oorzaak is vastgesteld.
Deze studie heeft tot doel de bijdrage van lange fragment genoomsequencing te onderzoeken.
Studie Overzicht
Toestand
Gedetailleerde beschrijving
Tien gezinnen met een kind dat lijdt aan een neurologische ontwikkelingsziekte zullen worden gerekruteerd door genetici die deel uitmaken van de CLAD-Ouest. Bij de patiënt en zijn ouders wordt een EDTA-bloedmonster afgenomen (trio-analyse). De bloedmonsters worden vervolgens gebruikt om nucleïnezuren (DNA) te extraheren.
De bloedmonsters worden verzonden en gecentraliseerd naar het genetisch laboratorium van het Universitair Ziekenhuis van Nantes. Het DNA wordt geëxtraheerd en geanonimiseerd.
De bestanden die na DNA-sequencing worden gegenereerd, hebben als identificatiesleutel het anonimiseringsnummer dat is verstrekt op het moment van opname van de persoon in het onderzoek. De onbewerkte gegevens en VCF-bestanden zullen worden geüpload naar het BIRD-rekencluster in Nantes, waar ze gedurende de duur van het onderzoek (2 jaar) zullen worden opgeslagen. De verschillende universitaire ziekenhuizen zullen dan de gegevens kunnen ophalen en de varianten kunnen analyseren die zijn geïdentificeerd bij de patiënten die door hun centrum zijn aangeworven. Een gecentraliseerde analyse om de varianten te annoteren, filteren en interpreteren zal worden uitgevoerd door een groep bioinformatici en biologen van HUGO (Universitair Ziekenhuis van de Grand Ouest). De langdurige archivering van de gegevens zal worden uitgevoerd in het Universitair Ziekenhuis van Nantes.
Studietype
Inschrijving (Werkelijk)
Contacten en locaties
Studie Locaties
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Frankrijk, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Frankrijk, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Frankrijk, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Frankrijk, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Frankrijk, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Kind
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria voor patiënten:
- Patiënt (kind of volwassene) met neurologische ontwikkelingsstoornissen waarvan sterk wordt vermoed dat hij lijdt aan een zeldzame genetische ziekte (familiair of zeer ernstig).
- Negatieve uitkomst voor short read sequencing van het trio (kind en ouders).
- Geïnformeerde toestemming voor het onderzoek door de patiënt (indien van toepassing) of hun wettelijke vertegenwoordigers indien minderjarig of onder voogdij.
- Patiënten die profiteren van de sociale zekerheid (Franse gezondheidszorg).
Inclusiecriteria voor ouders:
- Mogelijke werving van beide ouders die voldoen aan de inclusiecriteria.
- Geïnformeerd toestemmingsformulier ondertekend voor hun eigen deelname.
- Ouders die profiteren van de sociale zekerheid (Franse gezondheidszorg).
Uitsluitingscriteria voor patiënten:
- Genetische aanleg die al is geïdentificeerd, verklaart de ziekte.
- Patiënten waarvoor de WGS voor het trio niet is uitgevoerd.
- Patiënten die hun toestemming hebben ingetrokken.
Uitsluitingscriteria voor ouders:
- Zwangere of zogende vrouw.
- Ouders onder curatele of curatele.
- Ouders vertonen ook een neurologische ontwikkelingsachterstand.
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Observatiemodellen: Op familie gebaseerd
- Tijdsperspectieven: Dwarsdoorsnede
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
|---|
|
Deelnemers
Patiënten met neurologische ontwikkelingsstoornissen en hun beide ouders
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Gebruik van long-read sequencing bij patiënten die lijden aan een neurologische aandoening zonder pathogene of waarschijnlijk pathogene variatie geïdentificeerd door short read-sequencing
Tijdsspanne: tot studieafronding gemiddeld 2 jaar
|
Identificatie van een genetische diagnose : detectie van een of meerdere variant(en) - nucleotid, verandering in aantal kopieën, structurele varianten - van klasse 4 of 5 (waarschijnlijk pathogeen of pathogeen), die de genetische oorsprong van de neurologische ontwikkelingspathologie verklaren
|
tot studieafronding gemiddeld 2 jaar
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Analyse van de implementatie van de long read sequencing van trio's (patiënten en ouders)
Tijdsspanne: tot studievoltooiing gemiddeld 2 jaar
|
Meting van het faalpercentage van long-read sequencing, doorlooptijd tussen sequencing en resultaten beschikbaar voor klinisch team
|
tot studievoltooiing gemiddeld 2 jaar
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Medewerkers
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Werkelijk)
Studie voltooiing (Werkelijk)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- RC22_0373
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .