Utilisation du séquençage du génome à lecture longue chez les patients souffrant de troubles neurodéveloppementaux (HiFi-NDD)
Les patients atteints de maladies neurodéveloppementales et leurs familles doivent identifier la cause génétique de la maladie pour permettre la reconnaissance du handicap, un conseil génétique et un éventuel espoir de participation à des études de recherche thérapeutique. L'accès à l'exome génomique à haut débit ou à l'analyse du génome permet d'identifier une cause génétique pour environ la moitié des patients. Cependant, les familles sans résultat ou avec un variant de signification inconnue après ces tests peuvent se retrouver dans une nouvelle impasse diagnostique.
Le séquençage à haut débit utilisé aujourd'hui génère des séquences de l'ordre de 100 paires de bases (séquençage dit « à lecture courte »). Cela permet une analyse d'environ 90% du génome. Cependant, de nombreuses régions ne sont pas accessibles dans les régions d'intérêt pour le diagnostic génétique des maladies rares. Le séquençage de longs fragments génère des séquences environ 20 fois plus grandes et son utilisation a récemment permis de séquencer presque complètement le génome humain (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). L'apport principal réside dans l'analyse de régions complexes du génome telles que les duplications segmentaires ou les régions centromériques. Il est probable que cette technologie augmente la sensibilité de détection des variants génétiques chez les patients atteints de maladies génétiques. Son apport doit être étudié chez des patients pour lesquels aucune cause génétique n'a été identifiée par les techniques classiques.
Cette étude vise à étudier la contribution du séquençage du génome à longs fragments.
Aperçu de l'étude
Statut
Description détaillée
Dix familles ayant un enfant atteint d'une maladie neurodéveloppementale seront recrutées par des généticiens faisant partie du CLAD-Ouest. Un échantillon de sang EDTA sera prélevé sur le patient et ses parents (analyse en trio). Les échantillons de sang seront ensuite utilisés pour extraire des acides nucléiques (ADN).
Les prélèvements sanguins seront envoyés et centralisés au laboratoire de génétique du CHU de Nantes. L'ADN sera extrait et anonymisé.
Les fichiers générés après séquençage ADN auront comme clé d'identification le numéro d'anonymisation fourni au moment de l'inclusion de l'individu dans l'étude. Les données brutes et les fichiers VCF seront téléchargés sur le pôle de calcul BIRD à Nantes, où ils seront stockés pendant toute la durée de l'étude (2 ans). Les différents CHU pourront alors récupérer les données et analyser les variants identifiés chez les patients recrutés par leur centre. Une analyse centralisée pour annoter, filtrer et interpréter les variants sera réalisée par un groupe de bioinformaticiens et biologistes de HUGO (CHU du Grand Ouest). L'archivage pérenne des données sera réalisé au CHU de Nantes.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, France, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, France, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, France, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, France, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, France, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critères d'inclusion pour les patients :
- Patient (enfant ou adulte) présentant des troubles neuro-développementaux fortement suspectés de souffrir d'une maladie génétique rare (familiale ou très sévère).
- Résultat négatif pour le séquençage des lectures courtes du trio (enfant et parents).
- Consentement éclairé à l'étude par le patient (le cas échéant) ou ses représentants légaux s'il est mineur ou sous tutelle.
- Patients bénéficiant de la sécurité sociale (système de santé français).
Critères d'inclusion pour les Parents :
- Recrutement possible des deux parents répondant aux critères d'inclusion.
- Formulaire de consentement éclairé signé pour leur propre participation.
- Parents bénéficiant de la sécurité sociale (système de santé français).
Critères d'exclusion pour les patients :
- Prédisposition génétique déjà identifiée expliquant la maladie.
- Paients pour lesquels le WGS pour le trio n'a pas été effectué.
- Patients ayant retiré leur consentement.
Critères d'exclusion pour les parents :
- Femme enceinte ou allaitante.
- Parents sous tutelle ou curatelle.
- Parents présentant également un déficit neurodéveloppemental.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Basé sur la famille
- Perspectives temporelles: Transversale
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
|---|
|
Intervenants
Patients atteints d'une maladie neurodéveloppementale et leurs deux parents
|
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
Utilisation du séquençage à lecture longue chez les patients atteints d'une maladie neurodéveloppementale sans variation pathogène ou probablement pathogène identifiée par le séquençage à lecture courte
Délai: jusqu'à la fin des études, en moyenne 2 ans
|
Identification d'un diagnostic génétique : détection d'un ou plusieurs variant(s) - nucléotidique, changement de nombre de copies, variants structuraux - de classe 4 ou 5 (probablement pathogène ou pathogène), expliquant l'origine génétique de la pathologie neurodéveloppementale
|
jusqu'à la fin des études, en moyenne 2 ans
|
Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
Analyse de la mise en place du séquençage en lecture longue des trios (patients et parents)
Délai: jusqu'à la fin des études, en moyenne 2 ans
|
Mesure du taux d'échec du séquençage à lecture longue, délai entre le séquençage et résultats disponibles pour l'équipe clinique
|
jusqu'à la fin des études, en moyenne 2 ans
|
Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- RC22_0373
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .