Användning av långläst genomsekvensering hos patienter som lider av neuroutvecklingsproblem (HiFi-NDD)
Patienter med neuroutvecklingssjukdomar och deras familjer måste identifiera den genetiska orsaken till sjukdomen för att möjliggöra erkännande av funktionsnedsättningen, genetisk rådgivning och eventuellt hopp om deltagande i terapeutiska forskningsstudier. Tillgång till genomexom- eller genomanalys med hög genomströmning möjliggör identifiering av en genetisk orsak för ungefär hälften av patienterna. Däremot kan familjer utan resultat eller med en variant av okänd betydelse efter dessa tester hamna i ett nytt diagnostiskt återvändsgränd.
Den högkapacitetssekvensering som används idag genererar sekvenser i storleksordningen 100 baspar (så kallad "short read"-sekvensering). Detta möjliggör en analys av cirka 90 % av genomet. Men många regioner är inte tillgängliga i regioner av intresse för genetisk diagnos av sällsynta sjukdomar. Lång fragmentsekvensering genererar sekvenser som är cirka 20 gånger större och dess användning har nyligen gjort det möjligt att sekvensera det mänskliga genomet nästan fullständigt (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Det huvudsakliga bidraget ligger i analysen av komplexa regioner i genomet såsom segmentella duplikationer eller centromera regioner. Det är troligt att denna teknik ökar känsligheten för detektion av genetiska varianter hos patienter med genetiska sjukdomar. Dess bidrag bör studeras hos patienter för vilka ingen genetisk orsak har identifierats med klassiska tekniker.
Denna studie syftar till att undersöka bidraget från genomsekvensering av långa fragment.
Studieöversikt
Status
Detaljerad beskrivning
Tio familjer med ett barn som lider av en neuroutvecklingssjukdom kommer att rekryteras av genetiker som ingår i CLAD-Ouest. Ett EDTA-blodprov kommer att tas från patienten och deras föräldrar (trioanalys). Blodproverna kommer sedan att användas för att extrahera nukleinsyror (DNA).
Blodproverna kommer att skickas och centraliseras till genetiklaboratoriet vid universitetssjukhuset i Nantes. DNA:t kommer att extraheras och anonymiseras.
Filerna som genereras efter DNA-sekvensering kommer att ha som identifieringsnyckel det anonymiseringsnummer som angavs vid tidpunkten för inkluderingen av individen i studien. Rådata och VCF-filer kommer att laddas upp till BIRD-datorklustret i Nantes, där de kommer att lagras under studiens varaktighet (2 år). De olika universitetssjukhusen kommer sedan att kunna ta fram data och analysera de varianter som identifierats hos patienterna som rekryteras av deras center. En centraliserad analys för att kommentera, filtrera och tolka varianterna kommer att utföras av en grupp bioinformatiker och biologer från HUGO (Universitetssjukhuset från Grand Ouest). Långtidsarkivering av uppgifterna kommer att utföras på Nantes universitetssjukhus.
Studietyp
Inskrivning (Faktisk)
Kontakter och platser
Studieorter
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Frankrike, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Frankrike, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Frankrike, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Frankrike, 44093
- Nantes university hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Frankrike, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
- Barn
- Vuxen
- Äldre vuxen
Tar emot friska volontärer
Testmetod
Studera befolkning
Beskrivning
Inklusionskriterier för patienter:
- Patient (barn eller vuxen) som uppvisar neuroutvecklingsproblem som starkt misstänks lida av en sällsynt genetisk sjukdom (familj eller mycket allvarlig).
- Negativt utfall för kort lässekvensering av trion (barn och föräldrar).
- Informerat samtycke till studien av patienten (om tillämpligt) eller deras juridiska ombud om minderårig eller under förmyndarskap.
- Patienter som drar nytta av den sociala tryggheten (det franska sjukvårdssystemet).
Inklusionskriterier för föräldrar:
- Eventuell rekrytering av båda föräldrarna som matchar inklusionskriterierna.
- Informerat samtycke undertecknat för eget deltagande.
- Föräldrar som drar nytta av den sociala tryggheten (franska hälso- och sjukvårdssystemet).
Uteslutningskriterier för patienter:
- Genetisk predisposition har redan identifierats som förklarar sjukdomen.
- Paienter för vilka WGS för trion inte har utförts.
- Patienter som har dragit tillbaka sitt samtycke.
Uteslutningskriterier för föräldrar:
- Gravid eller ammande kvinna.
- Föräldrar under förmynderskap eller kurator.
- Föräldrar uppvisar också en neuroutvecklingsbrist.
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
- Observationsmodeller: Familjebaserat
- Tidsperspektiv: Tvärsnitt
Kohorter och interventioner
Grupp / Kohort |
|---|
|
Deltagare
Patienter med neuroutvecklingssjukdom och deras båda föräldrar
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Användning av lång lässekvensering hos patienter som lider av en neuroutvecklingssjukdom utan patogen eller troligtvis patogen variation identifierad genom kort lässekvensering
Tidsram: genom avslutad studie, i genomsnitt 2 år
|
Identifiering av en genetisk diagnos: upptäckt av en eller flera variant(er) - nukleotid, förändring i antal kopior, strukturella varianter- av klass 4 eller 5 (förmodligen patogen eller patogen), förklarar det genetiska ursprunget till neuroutvecklingspatologin
|
genom avslutad studie, i genomsnitt 2 år
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Analys av implementeringen av den långa lästa sekvenseringen av trios (patienter och föräldrar)
Tidsram: genom avslutad studie, i genomsnitt 2 år
|
Mätning av sviktande frekvens av långa avläsningar sekvensering, vändningstid mellan sekvensering och resultat tillgängliga för kliniskt team
|
genom avslutad studie, i genomsnitt 2 år
|
Samarbetspartners och utredare
Sponsor
Samarbetspartners
Utredare
- Huvudutredare: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes university hospital
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Primärt slutförande (Faktisk)
Avslutad studie (Faktisk)
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Faktisk)
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Faktisk)
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- RC22_0373
Plan för individuella deltagardata (IPD)
Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .