Zastosowanie długiego odczytu sekwencjonowania genomu u pacjentów cierpiących na problemy neurorozwojowe (HiFi-NDD)
Pacjenci z chorobami neurorozwojowymi i ich rodziny muszą zidentyfikować genetyczną przyczynę choroby, aby umożliwić rozpoznanie niepełnosprawności, poradnictwo genetyczne i ewentualną nadzieję na udział w badaniach terapeutycznych. Dostęp do wysokowydajnej analizy egzomu genomu lub genomu umożliwia identyfikację przyczyny genetycznej u około połowy pacjentów. Jednak rodziny bez wyniku lub z wariantem o nieznanym znaczeniu po tych badaniach mogą znaleźć się w nowym impasie diagnostycznym.
Stosowane obecnie wysokoprzepustowe sekwencjonowanie generuje sekwencje rzędu 100 par zasad (tzw. sekwencjonowanie „krótkiego odczytu”). Pozwala to na analizę około 90% genomu. Jednak wiele regionów nie jest dostępnych w regionach będących przedmiotem zainteresowania diagnostyki genetycznej rzadkich chorób. Sekwencjonowanie długich fragmentów generuje sekwencje, które są około 20 razy większe, a jego zastosowanie umożliwiło ostatnio prawie całkowite zsekwencjonowanie ludzkiego genomu (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Główny wkład polega na analizie złożonych regionów genomu, takich jak duplikacje segmentowe lub regiony centromerowe. Jest prawdopodobne, że technologia ta zwiększa czułość wykrywania wariantów genetycznych u pacjentów z chorobami genetycznymi. Jego udział należy zbadać u pacjentów, u których nie zidentyfikowano przyczyny genetycznej za pomocą klasycznych technik.
To badanie ma na celu zbadanie wkładu sekwencjonowania długich fragmentów genomu.
Przegląd badań
Status
Szczegółowy opis
Dziesięć rodzin z dzieckiem cierpiącym na chorobę neurorozwojową zostanie zwerbowanych przez genetyków wchodzących w skład CLAD-Ouest. Od pacjenta i jego rodziców zostanie pobrana próbka krwi na EDTA (analiza trio). Próbki krwi zostaną następnie wykorzystane do ekstrakcji kwasów nukleinowych (DNA).
Próbki krwi zostaną wysłane i scentralizowane w laboratorium genetycznym Szpitala Uniwersyteckiego w Nantes. DNA zostanie wyodrębnione i zanonimizowane.
Pliki wygenerowane po sekwencjonowaniu DNA będą miały jako klucz identyfikacyjny numer anonimizacji podany w momencie włączenia osoby do badania. Surowe dane i pliki VCF zostaną przesłane do klastra obliczeniowego BIRD w Nantes, gdzie będą przechowywane przez okres trwania badania (2 lata). Różne szpitale uniwersyteckie będą wtedy mogły pobierać dane i analizować warianty zidentyfikowane u pacjentów rekrutowanych przez ich ośrodek. Scentralizowana analiza w celu opisywania, filtrowania i interpretacji wariantów zostanie przeprowadzona przez grupę bioinformatyków i biologów z HUGO (Szpital Uniwersytecki z Grand Ouest). Długoterminowa archiwizacja danych będzie prowadzona w Szpitalu Uniwersyteckim w Nantes.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Francja, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Francja, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Francja, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Francja, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Francja, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria włączenia dla pacjentów:
- Pacjent (dziecko lub dorosły) z zaburzeniami neurorozwojowymi z silnym podejrzeniem rzadkiej choroby genetycznej (rodzinnej lub bardzo ciężkiej).
- Negatywny wynik krótkiego sekwencjonowania odczytu trio (dziecko i rodzice).
- Świadoma zgoda na badanie przez pacjenta (jeśli dotyczy) lub jego przedstawicieli prawnych, jeśli jest niepełnoletni lub pozostaje pod opieką.
- Pacjenci korzystający z ubezpieczenia społecznego (francuski system opieki zdrowotnej).
Kryteria włączenia dla rodziców:
- Możliwa rekrutacja obojga rodziców spełniających kryteria włączenia.
- Formularz świadomej zgody podpisany za ich własny udział.
- Rodzice korzystający z ubezpieczenia społecznego (francuski system opieki zdrowotnej).
Kryteria wykluczenia dla pacjentów:
- Predyspozycje genetyczne już zidentyfikowane wyjaśniające chorobę.
- Pacjenci, u których nie wykonano WGS dla trio.
- Pacjenci, którzy wycofali zgodę.
Kryteria wykluczenia dla rodziców:
- Kobieta w ciąży lub karmiąca piersią.
- Rodzice pozostający pod kuratelą lub kuratelą.
- Rodzice również wykazują deficyty neurorozwojowe.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Oparte na rodzinie
- Perspektywy czasowe: Przekrojowe
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
|---|
|
Uczestnicy
Pacjenci z chorobą neurorozwojową i ich oboje rodzice
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Zastosowanie sekwencjonowania długiego odczytu u pacjentów cierpiących na chorobę neurorozwojową bez patogennej lub prawdopodobnie patogennej zmienności zidentyfikowanej przez sekwencjonowanie krótkiego odczytu
Ramy czasowe: do ukończenia studiów, średnio 2 lata
|
Identyfikacja diagnozy genetycznej: wykrycie jednego lub kilku wariantów - nukleotydowych, zmiana liczby kopii, wariantów strukturalnych - klasy 4 lub 5 (prawdopodobnie patogenny lub patogenny), wyjaśniających genetyczne pochodzenie patologii neurorozwojowej
|
do ukończenia studiów, średnio 2 lata
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Analiza implementacji sekwencjonowania długich odczytów trójek (pacjentów i rodziców)
Ramy czasowe: do ukończenia studiów, średnio 2 lata
|
Pomiar wskaźnika niepowodzeń długiego sekwencjonowania odczytu, czas między sekwencjonowaniem a wynikami dostępnymi dla zespołu klinicznego
|
do ukończenia studiów, średnio 2 lata
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- RC22_0373
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .