Использование длинного секвенирования генома у пациентов, страдающих проблемами развития нервной системы (HiFi-NDD)
Пациентам с заболеваниями нервной системы и их семьям необходимо определить генетическую причину заболевания, чтобы можно было распознать инвалидность, получить генетическое консультирование и возможную надежду на участие в терапевтических исследованиях. Доступ к высокопроизводительному анализу геномного экзома или генома позволяет идентифицировать генетическую причину примерно у половины пациентов. Однако семьи без результата или с вариантом неизвестного значения после этих тестов могут оказаться в новом диагностическом тупике.
Высокопроизводительное секвенирование, используемое сегодня, генерирует последовательности порядка 100 пар оснований (так называемое секвенирование с «коротким чтением»). Это позволяет анализировать около 90% генома. Однако многие регионы недоступны в регионах, представляющих интерес для генетической диагностики редких заболеваний. Секвенирование длинных фрагментов позволяет генерировать последовательности примерно в 20 раз больше, и недавно его использование позволило практически полностью секвенировать геном человека (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Основной вклад заключается в анализе сложных областей генома, таких как сегментарные дупликации или центромерные области. Вероятно, эта технология повышает чувствительность выявления генетических вариантов у пациентов с генетическими заболеваниями. Его роль следует изучить у пациентов, у которых с помощью классических методов не была идентифицирована генетическая причина.
Это исследование направлено на изучение вклада секвенирования длинных фрагментов генома.
Обзор исследования
Статус
Подробное описание
Генетики, входящие в состав CLAD-Ouest, наберут десять семей с ребенком, страдающим от порока развития нервной системы. У пациента и его родителей будет взят образец крови с ЭДТА (тройной анализ). Затем образцы крови будут использованы для извлечения нуклеиновых кислот (ДНК).
Образцы крови будут отправлены и централизованно отправлены в генетическую лабораторию больницы Нантского университета. ДНК будет извлечена и анонимизирована.
Файлы, созданные после секвенирования ДНК, будут иметь в качестве идентификационного ключа анонимный номер, предоставленный во время включения человека в исследование. Необработанные данные и файлы VCF будут загружены в вычислительный кластер BIRD в Нанте, где они будут храниться в течение всего периода исследования (2 года). Затем различные университетские больницы смогут получать данные и анализировать варианты, выявленные у пациентов, набранных их центром. Централизованный анализ для аннотирования, фильтрации и интерпретации вариантов будет выполняться группой биоинформатиков и биологов из HUGO (Университетская больница Великого Запада). Долгосрочное архивирование данных будет осуществляться в больнице Нантского университета.
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Франция, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Франция, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Франция, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Франция, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Франция, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Ребенок
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения для пациентов:
- Пациент (ребенок или взрослый) с нарушениями развития нервной системы, у которого имеются серьезные подозрения на редкое генетическое заболевание (семейное или очень тяжелое).
- Отрицательный результат для короткого чтения трио (ребенок и родители).
- Информированное согласие на исследование пациента (если применимо) или его законных представителей, если он несовершеннолетний или находится под опекой.
- Пациенты, пользующиеся социальным обеспечением (французская система здравоохранения).
Критерии включения для родителей:
- Возможен набор обоих родителей, соответствующих критериям включения.
- Подписана форма информированного согласия на собственное участие.
- Родители получают пособие по социальному обеспечению (французская система здравоохранения).
Критерии исключения для пациентов:
- Генетическая предрасположенность уже выявлена, объясняющая заболевание.
- Пациенты, которым не проводилась ВГС для тройки.
- Пациенты, отозвавшие свое согласие.
Критерии исключения для родителей:
- Беременная или кормящая женщина.
- Родители под опекой или попечительством.
- Родители также имеют дефекты развития нервной системы.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Наблюдательные модели: Семейный
- Временные перспективы: Поперечный разрез
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
Участники
Пациенты с заболеваниями нервной системы и их оба родителя
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Использование секвенирования с длинным чтением у пациентов, страдающих заболеванием, связанным с развитием нервной системы, без патогенных или вероятно патогенных вариаций, выявленных с помощью секвенирования с коротким чтением.
Временное ограничение: через завершение обучения, в среднем 2 года
|
Идентификация генетического диагноза: обнаружение одного или нескольких вариантов - нуклеотидных, изменение числа копий, структурных вариантов - класса 4 или 5 (вероятно патогенных или патогенных), объясняющих генетическое происхождение патологии нервно-психического развития
|
через завершение обучения, в среднем 2 года
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Анализ выполнения длительного секвенирования трио (пациенты и родители)
Временное ограничение: через завершение обучения, в среднем 2 года
|
Измерение частоты неудач при секвенировании с длинным считыванием, времени между секвенированием и результатами, доступными для клинической бригады.
|
через завершение обучения, в среднем 2 года
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- RC22_0373
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .