신경 발달 문제로 고통받는 환자에서 Long Read Genome Sequencing의 사용 (HiFi-NDD)
신경 발달 질환이 있는 환자와 그 가족은 장애 인식, 유전 상담 및 치료 연구에 참여할 수 있는 희망을 허용하기 위해 질병의 유전적 원인을 식별해야 합니다. 처리량이 많은 게놈 엑솜 또는 게놈 분석에 대한 액세스를 통해 환자의 약 절반에 대한 유전적 원인을 식별할 수 있습니다. 그러나 이러한 테스트 후 결과가 없거나 의미를 알 수 없는 변형이 있는 가족은 새로운 진단 난관에 빠질 수 있습니다.
오늘날 사용되는 고처리량 시퀀싱은 약 100개 염기쌍의 시퀀스를 생성합니다(소위 "짧은 읽기" 시퀀싱). 이를 통해 게놈의 약 90%를 분석할 수 있습니다. 그러나 희귀질환의 유전진단을 위해 관심지역에 접근할 수 없는 지역이 많다. 긴 조각 시퀀싱은 약 20배 더 큰 시퀀스를 생성하며 최근에는 인간 게놈을 거의 완벽하게 시퀀싱할 수 있게 되었습니다(https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). 주요 기여는 분절 복제 또는 중심체 영역과 같은 게놈의 복잡한 영역 분석에 있습니다. 이 기술은 유전병 환자의 유전 변이 검출 민감도를 높일 가능성이 있다. 그것의 기여는 고전적 기술에 의해 유전적 원인이 확인되지 않은 환자에서 연구되어야 합니다.
이 연구는 긴 조각 게놈 시퀀싱의 기여도를 조사하는 것을 목표로 합니다.
연구 개요
상세 설명
신경발달 질환을 앓고 있는 아이가 있는 10가구는 CLAD-Ouest의 일원인 유전학자에 의해 모집될 것입니다. 환자와 부모로부터 EDTA 혈액 샘플을 채취합니다(트리오 분석). 그런 다음 혈액 샘플을 사용하여 핵산(DNA)을 추출합니다.
혈액 샘플은 Nantes University Hospital의 유전학 실험실로 보내져 중앙 집중화됩니다. DNA는 추출되어 익명화됩니다.
DNA 시퀀싱 후 생성된 파일은 연구에 개인을 포함할 때 제공된 익명 번호를 식별 키로 갖게 됩니다. 원시 데이터 및 VCF 파일은 Nantes의 BIRD 컴퓨팅 클러스터에 업로드되어 연구 기간(2년) 동안 저장됩니다. 그러면 여러 대학 병원에서 데이터를 검색하고 센터에서 모집한 환자에서 식별된 변이를 분석할 수 있습니다. HUGO(University Hospital from the Grand Ouest)의 생물정보학자 및 생물학자 그룹이 변형에 주석을 달고 필터링하고 해석하는 중앙 집중식 분석을 수행합니다. 데이터의 장기 보관은 Nantes University Hospital에서 수행됩니다.
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Finistère
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Brest, Finistère, 프랑스, 29000
- Brest University Hospital
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Ille-et-Vilaine
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Rennes, Ille-et-Vilaine, 프랑스, 35000
- Rennes University Hospital
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Indre-et-Loire
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Tours, Indre-et-Loire, 프랑스, 37000
- Tours University Hospital
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Loire-Atlantique
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Nantes, Loire-Atlantique, 프랑스, 44093
- Nantes University Hospital
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Maine-et-Loire
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Angers, Maine-et-Loire, 프랑스, 49000
- Angers University Hospital
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
환자에 대한 포함 기준:
- 희귀 유전병(가족성 또는 매우 중증)을 앓고 있는 것으로 강하게 의심되는 신경발달 문제를 나타내는 환자(소아 또는 성인).
- 트리오(자식 및 부모)의 짧은 읽기 시퀀싱에 대한 부정적인 결과.
- 환자(해당되는 경우) 또는 법적 대리인(미성년자 또는 후견인인 경우)의 연구에 대한 정보에 입각한 동의.
- 사회 보장(프랑스 건강 관리 시스템)의 혜택을 받는 환자.
학부모를 위한 포함 기준:
- 포함 기준과 일치하는 두 부모 모두를 모집할 수 있습니다.
- 자신의 참여를 위해 서명한 정보에 입각한 동의서.
- 사회보장 혜택을 받는 부모(프랑스 건강 관리 시스템).
환자에 대한 제외 기준:
- 질병을 설명하는 유전적 소인이 이미 확인되었습니다.
- 트리오에 대한 WGS가 수행되지 않은 환자.
- 동의를 철회한 환자.
부모 제외 기준:
- 임신 또는 수유중인 여성.
- 후견인 또는 큐레이터십을 받는 부모.
- 부모도 신경 발달 장애를 나타냅니다.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 가족 기반
- 시간 관점: 단면
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
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참가자들
신경발달질환 환자 및 부모 모두
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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짧은 판독 시퀀싱으로 확인된 병원성 또는 아마도 병원성 변이가 없는 신경 발달 질환을 앓고 있는 환자에서 긴 판독 시퀀싱 사용
기간: 학업 수료까지 평균 2년
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유전적 진단의 확인 : 신경발달 병리학의 유전적 기원을 설명하는 하나 이상의 변이(들) - 뉴클레오타이드, 카피 수의 변화, 구조적 변이 - 클래스 4 또는 5(아마도 병원성 또는 병원성)의 검출
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학업 수료까지 평균 2년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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트리오(환자 및 부모)의 긴 읽기 시퀀싱 구현 분석
기간: 학업 수료까지 평균 2년
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긴 판독 시퀀싱의 실패율 측정, 시퀀싱과 임상 팀이 사용할 수 있는 결과 사이의 전환 시간
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학업 수료까지 평균 2년
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공동 작업자 및 조사자
협력자
수사관
- 수석 연구원: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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성장 장애에 대한 임상 시험
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