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Verwendung von Long-Read-Genomsequenzierung bei Patienten mit neurologischen Entwicklungsstörungen (HiFi-NDD)

23. April 2024 aktualisiert von: Nantes University Hospital

Patienten mit neurologischen Entwicklungsstörungen und ihre Familien müssen die genetische Ursache der Krankheit identifizieren, um eine Anerkennung der Behinderung, eine genetische Beratung und eine mögliche Hoffnung auf die Teilnahme an therapeutischen Forschungsstudien zu ermöglichen. Der Zugang zu genomischer Exom- oder Genomanalyse mit hohem Durchsatz ermöglicht die Identifizierung einer genetischen Ursache für etwa die Hälfte der Patienten. Familien ohne Ergebnis oder mit einer Variante unbekannter Bedeutung nach diesen Tests können sich jedoch in einer neuen diagnostischen Sackgasse wiederfinden.

Die heute verwendete Hochdurchsatz-Sequenzierung erzeugt Sequenzen in der Größenordnung von 100 Basenpaaren (sog. „Short Read“-Sequenzierung). Dies ermöglicht eine Analyse von etwa 90 % des Genoms. Viele Regionen sind jedoch in Interessengebieten für die genetische Diagnose seltener Krankheiten nicht zugänglich. Die Langfragmentsequenzierung erzeugt etwa 20-mal größere Sequenzen und durch ihren Einsatz konnte kürzlich das menschliche Genom nahezu vollständig sequenziert werden (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Der Hauptbeitrag liegt in der Analyse komplexer Regionen des Genoms wie segmentale Duplikationen oder zentromerische Regionen. Es ist wahrscheinlich, dass diese Technologie die Sensitivität des Nachweises genetischer Varianten bei Patienten mit genetischen Erkrankungen erhöht. Sein Beitrag sollte bei Patienten untersucht werden, bei denen mit klassischen Techniken keine genetische Ursache identifiziert werden konnte.

Ziel dieser Studie ist es, den Beitrag der Genomsequenzierung langer Fragmente zu untersuchen.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Bedingungen

Detaillierte Beschreibung

Zehn Familien mit einem Kind, das an einer neurologischen Entwicklungsstörung leidet, werden von Genetikern rekrutiert, die Teil des CLAD-Ouest sind. Dem Patienten und seinen Eltern wird eine EDTA-Blutprobe entnommen (Trio-Analyse). Die Blutproben werden dann verwendet, um Nukleinsäuren (DNA) zu extrahieren.

Die Blutproben werden an das Genetiklabor des Universitätskrankenhauses Nantes geschickt und zentralisiert. Die DNA wird extrahiert und anonymisiert.

Die nach der DNA-Sequenzierung erstellten Dateien haben als Identifikationsschlüssel die Anonymisierungsnummer, die zum Zeitpunkt der Aufnahme der Person in die Studie angegeben wurde. Die Rohdaten und VCF-Dateien werden auf den BIRD-Rechencluster in Nantes hochgeladen, wo sie für die Dauer der Studie (2 Jahre) gespeichert werden. Die verschiedenen Universitätskliniken können dann die Daten abrufen und die bei den von ihrem Zentrum rekrutierten Patienten identifizierten Varianten analysieren. Eine zentralisierte Analyse zum Kommentieren, Filtern und Interpretieren der Varianten wird von einer Gruppe von Bioinformatikern und Biologen von HUGO (Universitätskrankenhaus von Grand Ouest) durchgeführt. Die Langzeitarchivierung der Daten erfolgt im Universitätsklinikum Nantes.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Tatsächlich)

10

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

  • Frankreich
    • Finistère
      • Brest, Finistère, Frankreich, 29000
        • Brest University Hospital
    • Ille-et-Vilaine
      • Rennes, Ille-et-Vilaine, Frankreich, 35000
        • Rennes University Hospital
    • Indre-et-Loire
      • Tours, Indre-et-Loire, Frankreich, 37000
        • Tours University Hospital
    • Loire-Atlantique
      • Nantes, Loire-Atlantique, Frankreich, 44093
        • Nantes University Hospital
    • Maine-et-Loire
      • Angers, Maine-et-Loire, Frankreich, 49000
        • Angers University Hospital

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

  • Kind
  • Erwachsene
  • Älterer Erwachsener

Akzeptiert gesunde Freiwillige

N/A

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Patienten mit neurologischen Entwicklungsstörungen und ihren beiden Elternteilen

Beschreibung

Einschlusskriterien für Patienten:

  • Patient (Kind oder Erwachsener) mit neurologischen Entwicklungsstörungen, bei dem der dringende Verdacht besteht, dass er an einer seltenen genetischen Erkrankung (familiär oder sehr schwer) leidet.
  • Negatives Ergebnis für Short-Read-Sequenzierung des Trios (Kind und Eltern).
  • Informierte Zustimmung zur Studie durch den Patienten (falls zutreffend) oder seine gesetzlichen Vertreter, wenn er minderjährig oder unter Vormundschaft steht.
  • Patienten, die von der Sozialversicherung profitieren (französisches Gesundheitssystem).

Einschlusskriterien für Eltern:

  • Mögliche Rekrutierung beider Elternteile, die den Einschlusskriterien entsprechen.
  • Einverständniserklärung für die eigene Teilnahme unterzeichnet.
  • Eltern, die von der Sozialversicherung profitieren (französisches Gesundheitssystem).

Ausschlusskriterien für Patienten:

  • Genetische Veranlagung bereits identifiziert, die die Krankheit erklärt.
  • Patienten, für die das WGS für das Trio nicht durchgeführt wurde.
  • Patienten, die ihre Einwilligung widerrufen haben.

Ausschlusskriterien für Eltern:

  • Schwangere oder stillende Frau.
  • Eltern unter Vormundschaft oder Pflegschaft.
  • Eltern, die auch eine neurologische Entwicklungsstörung aufweisen.

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Beobachtungsmodelle: Familienbasiert
  • Zeitperspektiven: Querschnitt

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
Teilnehmer
Patienten mit neurologischen Entwicklungsstörungen und ihre beiden Elternteile

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Verwendung von Long-Read-Sequenzierung bei Patienten, die an einer neurologischen Entwicklungserkrankung ohne pathogene oder wahrscheinlich pathogene Variation leiden, die durch Short-Read-Sequenzierung identifiziert wurde
Zeitfenster: bis zum Studienabschluss, durchschnittlich 2 Jahre
Identifizierung einer genetischen Diagnose : Nachweis einer oder mehrerer Varianten - nukleotidisch, Änderung der Kopienzahl, strukturelle Varianten - der Klasse 4 oder 5 (wahrscheinlich pathogen oder pathogen), die den genetischen Ursprung der neurologischen Entwicklungspathologie erklären
bis zum Studienabschluss, durchschnittlich 2 Jahre

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Analyse der Umsetzung der Long-Read-Sequenzierung von Trios (Patienten und Eltern)
Zeitfenster: bis zum Studienabschluss, durchschnittlich 2 Jahre
Messung der Fehlerrate bei Long-Read-Sequenzierung, Bearbeitungszeit zwischen Sequenzierung und Ergebnissen, die dem klinischen Team zur Verfügung stehen
bis zum Studienabschluss, durchschnittlich 2 Jahre

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

Nantes University Hospital

Mitarbeiter

University Hospital, Angers
University Hospital, Brest
Rennes University Hospital
University Hospital, Tours

Ermittler

  • Hauptermittler: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

19. Dezember 2022

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

8. März 2023

Studienabschluss (Tatsächlich)

8. März 2024

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

22. November 2022

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

1. Dezember 2022

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

8. Dezember 2022

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

24. April 2024

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

23. April 2024

Zuletzt verifiziert

1. April 2024

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Schlüsselwörter

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • RC22_0373

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Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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