Uso de la secuenciación del genoma de lectura larga en pacientes que sufren problemas de desarrollo neurológico (HiFi-NDD)
Los pacientes con enfermedades del neurodesarrollo y sus familias deben identificar la causa genética de la enfermedad para permitir el reconocimiento de la discapacidad, el asesoramiento genético y la posible esperanza de participar en estudios de investigación terapéutica. El acceso al exoma genómico de alto rendimiento o al análisis del genoma permite identificar una causa genética en aproximadamente la mitad de los pacientes. Sin embargo, las familias sin resultado o con una variante de significado desconocido tras estas pruebas pueden encontrarse en un nuevo impasse diagnóstico.
La secuenciación de alto rendimiento utilizada en la actualidad genera secuencias del orden de 100 pares de bases (la denominada secuenciación de "lectura corta"). Esto permite un análisis de alrededor del 90% del genoma. Sin embargo, muchas regiones no son accesibles en regiones de interés para el diagnóstico genético de enfermedades raras. La secuenciación de fragmentos largos genera secuencias unas 20 veces mayores y recientemente su uso ha permitido secuenciar el genoma humano casi por completo (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). La principal contribución radica en el análisis de regiones complejas del genoma como duplicaciones segmentarias o regiones centroméricas. Es probable que esta tecnología aumente la sensibilidad de detección de variantes genéticas en pacientes con enfermedades genéticas. Su contribución debe estudiarse en pacientes en los que no se ha identificado una causa genética mediante las técnicas clásicas.
Este estudio tiene como objetivo investigar la contribución de la secuenciación del genoma de fragmentos largos.
Descripción general del estudio
Estado
Descripción detallada
Diez familias con un niño que padece una enfermedad del neurodesarrollo serán reclutadas por genetistas que forman parte del CLAD-Ouest. Se tomará una muestra de sangre con EDTA del paciente y de sus padres (análisis de trío). Luego, las muestras de sangre se utilizarán para extraer ácidos nucleicos (ADN).
Las muestras de sangre serán enviadas y centralizadas al laboratorio de genética del Hospital Universitario de Nantes. El ADN será extraído y anonimizado.
Los ficheros generados tras la secuenciación del ADN tendrán como clave de identificación el número de anonimización facilitado en el momento de la inclusión del individuo en el estudio. Los datos sin procesar y los archivos VCF se cargarán en el clúster de computación BIRD en Nantes, donde se almacenarán durante la duración del estudio (2 años). Los diferentes hospitales universitarios podrán entonces recuperar los datos y analizar las variantes identificadas en los pacientes reclutados por su centro. Un grupo de bioinformáticos y biólogos de HUGO (Hospital Universitario del Gran Oeste) realizará un análisis centralizado para anotar, filtrar e interpretar las variantes. El archivo a largo plazo de los datos se realizará en el Hospital Universitario de Nantes.
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Finistère
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Brest, Finistère, Francia, 29000
- Brest University Hospital
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Ille-et-Vilaine
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Rennes, Ille-et-Vilaine, Francia, 35000
- Rennes University Hospital
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Indre-et-Loire
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Tours, Indre-et-Loire, Francia, 37000
- Tours University Hospital
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Loire-Atlantique
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Nantes, Loire-Atlantique, Francia, 44093
- Nantes University Hospital
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Maine-et-Loire
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Angers, Maine-et-Loire, Francia, 49000
- Angers University Hospital
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión para pacientes:
- Paciente (niño o adulto) que presenta problemas del neurodesarrollo con fuerte sospecha de padecer una enfermedad genética rara (familiar o muy grave).
- Resultado negativo para la secuenciación de lectura corta del trío (niño y padres).
- Consentimiento informado para el estudio por parte del paciente (si corresponde) o de sus representantes legales si es menor de edad o bajo tutela.
- Pacientes beneficiarios de la seguridad social (sistema de salud francés).
Criterios de inclusión para padres:
- Posible reclutamiento de ambos padres cumpliendo los criterios de inclusión.
- Formulario de consentimiento informado firmado para su propia participación.
- Padres beneficiarios de la seguridad social (sistema de salud francés).
Criterios de exclusión para pacientes:
- Predisposición genética ya identificada que explica la enfermedad.
- Pacientes a los que no se les ha realizado la WGS para el trío.
- Pacientes que hayan retirado su consentimiento.
Criterios de exclusión para los padres:
- Mujer embarazada o lactante.
- Padres bajo tutela o curatela.
- Los padres también presentan una deficiencia en el neurodesarrollo.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Basado en la familia
- Perspectivas temporales: Transversal
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
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Participantes
Pacientes con enfermedad del neurodesarrollo y sus dos padres.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Uso de secuenciación de lectura larga en pacientes que padecen una enfermedad del neurodesarrollo sin variación patogénica o probablemente patogénica identificada por secuenciación de lectura corta
Periodo de tiempo: hasta la finalización de los estudios, un promedio de 2 años
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Identificación de un diagnóstico genético: detección de una o varias variantes - nucleotídicas, cambio en el número de copias, variantes estructurales - de clase 4 o 5 (probablemente patógenas o patógenas), explicando el origen genético de la patología del neurodesarrollo
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hasta la finalización de los estudios, un promedio de 2 años
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Análisis de la implementación de la secuenciación de lectura larga de tríos (pacientes y padres)
Periodo de tiempo: hasta la finalización de los estudios, un promedio de 2 años
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Medición de la tasa de fallas de la secuenciación de lectura larga, el tiempo de respuesta entre la secuenciación y los resultados disponibles para el equipo clínico
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hasta la finalización de los estudios, un promedio de 2 años
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Actual)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- RC22_0373
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
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Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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