神経発達障害に苦しむ患者におけるロングリードゲノムシーケンスの使用 (HiFi-NDD)
神経発達疾患の患者とその家族は、疾患の遺伝的原因を特定して、障害の認識、遺伝カウンセリング、および治療研究への参加を希望できるようにする必要があります。 ハイスループットのゲノムエクソームまたはゲノム解析へのアクセスにより、患者の約半数の遺伝的原因を特定できます。 ただし、これらのテストの後に結果が得られない、または重要性が不明なバリアントを持つ家族は、新たな診断の行き詰まりに陥る可能性があります。
現在使用されているハイスループット シーケンスでは、100 塩基対のオーダーのシーケンスが生成されます (いわゆる「ショート リード」シーケンス)。 これにより、ゲノムの約 90% を解析できます。 ただし、多くの地域は、希少疾患の遺伝子診断に関心のある地域にアクセスできません。 ロング フラグメント シーケンスは、約 20 倍のシーケンスを生成し、その使用により最近、ヒトゲノムをほぼ完全にシーケンスすることが可能になりました (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987)。 主な貢献は、分節重複やセントロメア領域などのゲノムの複雑な領域の分析にあります。 この技術により、遺伝性疾患患者の遺伝子変異の検出感度が向上する可能性があります。 その貢献は、古典的な技術によって遺伝的原因が特定されていない患者で研究されるべきです.
この研究の目的は、長いフラグメントのゲノム配列決定の寄与を調査することです。
調査の概要
詳細な説明
神経発達疾患を患っている子供を持つ 10 の家族が、CLAD-Ouest の一部である遺伝学者によって募集されます。 患者とその両親から EDTA 血液サンプルが採取されます (トリオ分析)。 その後、血液サンプルを使用して核酸 (DNA) を抽出します。
血液サンプルは、ナント大学病院の遺伝学研究所に送られ、集中管理されます。 DNAは抽出され、匿名化されます。
DNA 配列決定後に生成されたファイルには、研究に個人が含まれた時点で提供された匿名化番号が識別キーとして含まれます。 生データと VCF ファイルはナントの BIRD コンピューティング クラスターにアップロードされ、研究期間中 (2 年間) 保存されます。 その後、さまざまな大学病院がデータを取得し、センターによって募集された患者で特定されたバリアントを分析できるようになります。 バリアントに注釈を付け、フィルター処理し、解釈するための集中分析は、HUGO (Grand Ouest の大学病院) のバイオインフォマティシャンと生物学者のグループによって実行されます。 データの長期保存は、ナント大学病院で行われます。
研究の種類
入学 (実際)
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前:Stéphane BEZIEAU, MD
- 電話番号:+33240084020
- メール:stephane.bezieau@chu-nantes.fr
研究場所
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Finistère
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Brest、Finistère、フランス、29000
- Brest University Hospital
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Ille-et-Vilaine
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Rennes、Ille-et-Vilaine、フランス、35000
- Rennes University Hospital
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Indre-et-Loire
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Tours、Indre-et-Loire、フランス、37000
- Tours University Hospital
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Loire-Atlantique
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Nantes、Loire-Atlantique、フランス、44093
- Nantes University Hospital
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Maine-et-Loire
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Angers、Maine-et-Loire、フランス、49000
- Angers University Hospital
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 子
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
患者の包含基準:
- -まれな遺伝病(家族性または非常に重度)に苦しんでいることが強く疑われる神経発達障害を呈している患者(子供または大人)。
- トリオ (子と親) のショート リード シーケンスの否定的な結果。
- -患者(該当する場合)または未成年者または後見人の場合はその法定代理人による研究へのインフォームドコンセント。
- 社会保障(フランスの医療制度)の恩恵を受ける患者。
親の包含基準:
- 包含基準に一致する両方の親の採用の可能性。
- -参加のために署名されたインフォームドコンセントフォーム。
- 社会保障(フランスの医療制度)の恩恵を受ける両親。
患者の除外基準:
- 病気を説明する遺伝的素因はすでに特定されています。
- トリオの WGS が実施されていない患者。
- 同意を撤回した患者。
親の除外基準:
- 妊娠中または授乳中の女性。
- 後見人または保佐人の下にある親。
- 両親も神経発達障害を示しています。
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
- 観測モデル:家族ベース
- 時間の展望:断面図
コホートと介入
グループ/コホート |
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参加者
神経発達障害患者とその両親
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この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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ショートリードシーケンシングによって同定された病原性またはおそらく病原性変異のない神経発達疾患を患っている患者におけるロングリードシーケンシングの使用
時間枠:研究完了まで、平均2年
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遺伝子診断の識別 : 1 つまたは複数のバリアントの検出 - ヌクレオチド、コピー数の変化、構造的バリアント - クラス 4 または 5 (おそらく病原性または病原性) の、神経発達病理の遺伝的起源を説明する
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研究完了まで、平均2年
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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トリオ(患者と親)のロングリードシーケンスの実装の分析
時間枠:研究完了まで、平均2年
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ロングリードシーケンシングの失敗率の測定、シーケンシングと臨床チームが利用できる結果の間のターンアラウンドタイム
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研究完了まで、平均2年
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協力者と研究者
協力者
捜査官
- 主任研究者:Stéphane BEZIEAU, MD、Nantes University Hospital
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (実際)
研究の完了 (実際)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。