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Uso del sequenziamento del genoma a lettura lunga in pazienti affetti da problemi di sviluppo neurologico (HiFi-NDD)

23 aprile 2024 aggiornato da: Nantes University Hospital

I pazienti con malattie del neurosviluppo e le loro famiglie devono identificare la causa genetica della malattia per consentire il riconoscimento della disabilità, la consulenza genetica e la possibile speranza di partecipazione a studi di ricerca terapeutica. L'accesso all'esoma genomico ad alto rendimento o all'analisi del genoma consente l'identificazione di una causa genetica per circa la metà dei pazienti. Tuttavia, le famiglie senza risultato o con una variante di significato sconosciuto dopo questi test possono trovarsi in una nuova impasse diagnostica.

Il sequenziamento ad alto rendimento utilizzato oggi genera sequenze dell'ordine di 100 paia di basi (il cosiddetto sequenziamento "a lettura breve"). Ciò consente un'analisi di circa il 90% del genoma. Tuttavia, molte regioni non sono accessibili nelle regioni di interesse per la diagnosi genetica delle malattie rare. Il sequenziamento di frammenti lunghi genera sequenze circa 20 volte più grandi e il suo utilizzo ha recentemente permesso di sequenziare quasi completamente il genoma umano (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Il contributo principale risiede nell'analisi di regioni complesse del genoma come le duplicazioni segmentali o le regioni centromeriche. È probabile che questa tecnologia aumenti la sensibilità del rilevamento delle varianti genetiche nei pazienti con malattie genetiche. Il suo contributo dovrebbe essere studiato in pazienti per i quali nessuna causa genetica è stata identificata con tecniche classiche.

Questo studio si propone di indagare il contributo del sequenziamento del genoma a frammenti lunghi.

Panoramica dello studio

Stato

Completato

Condizioni

Descrizione dettagliata

Dieci famiglie con un bambino affetto da una malattia del neurosviluppo saranno reclutate dai genetisti che fanno parte del CLAD-Ouest. Verrà prelevato un campione di sangue EDTA dal paziente e dai suoi genitori (analisi del trio). I campioni di sangue verranno quindi utilizzati per estrarre gli acidi nucleici (DNA).

I campioni di sangue saranno inviati e centralizzati al laboratorio di genetica dell'ospedale universitario di Nantes. Il DNA verrà estratto e reso anonimo.

I file generati dopo il sequenziamento del DNA avranno come chiave identificativa il numero di anonimizzazione fornito al momento dell'inserimento del soggetto nello studio. I dati grezzi e i file VCF verranno caricati nel cluster informatico BIRD a Nantes, dove verranno archiviati per la durata dello studio (2 anni). I diversi ospedali universitari potranno quindi recuperare i dati e analizzare le varianti individuate nei pazienti reclutati dal loro centro. Un'analisi centralizzata per annotare, filtrare e interpretare le varianti sarà eseguita da un gruppo di bioinformatici e biologi dell'HUGO (University Hospital del Grand Ouest). L'archiviazione a lungo termine dei dati sarà eseguita presso l'ospedale universitario di Nantes.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Effettivo)

10

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Luoghi di studio

  • Francia
    • Finistère
      • Brest, Finistère, Francia, 29000
        • Brest University Hospital
    • Ille-et-Vilaine
      • Rennes, Ille-et-Vilaine, Francia, 35000
        • Rennes University Hospital
    • Indre-et-Loire
      • Tours, Indre-et-Loire, Francia, 37000
        • Tours University Hospital
    • Loire-Atlantique
      • Nantes, Loire-Atlantique, Francia, 44093
        • Nantes University Hospital
    • Maine-et-Loire
      • Angers, Maine-et-Loire, Francia, 49000
        • Angers University Hospital

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

  • Bambino
  • Adulto
  • Adulto più anziano

Accetta volontari sani

N/A

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Paziente con malattie del neurosviluppo e di entrambi i genitori

Descrizione

Criteri di inclusione per i pazienti:

  • Paziente (bambino o adulto) che presenta disturbi dello sviluppo neurologico fortemente sospettati di soffrire di una malattia genetica rara (familiare o molto grave).
  • Esito negativo per sequenza di lettura breve del trio (bambino e genitori).
  • Consenso informato allo studio da parte del paziente (se applicabile) o dei suoi rappresentanti legali se minorenni o sotto tutela.
  • Pazienti che beneficiano della previdenza sociale (sistema sanitario francese).

Criteri di inclusione per i genitori:

  • Possibile assunzione di entrambi i genitori corrispondenti ai criteri di inclusione.
  • Modulo di consenso informato firmato per la propria partecipazione.
  • Genitori che beneficiano della previdenza sociale (sistema sanitario francese).

Criteri di esclusione per i pazienti:

  • Predisposizione genetica già identificata che spiega la malattia.
  • Pazienti per i quali non è stato eseguito il WGS per il trio.
  • Pazienti che hanno ritirato il loro consenso.

Criteri di esclusione per i genitori:

  • Donna incinta o in allattamento.
  • Genitori sotto tutela o tutela.
  • Genitori che presentano anche un deficit dello sviluppo neurologico.

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Basato sulla famiglia
  • Prospettive temporali: Trasversale

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Partecipanti
Pazienti con malattia del neurosviluppo e i loro genitori

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Uso del sequenziamento a lettura lunga in pazienti affetti da una malattia del neurosviluppo senza variazione patogena o probabilmente patogena identificata dal sequenziamento a lettura breve
Lasso di tempo: attraverso il completamento degli studi, una media di 2 anni
Identificazione di una diagnosi genetica: rilevamento di una o più varianti - nucleotidiche, modifica del numero di copie, varianti strutturali - di classe 4 o 5 (probabilmente patogene o patogene), che spiegano l'origine genetica della patologia del neurosviluppo
attraverso il completamento degli studi, una media di 2 anni

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Analisi dell'implementazione del long read sequencing dei trio (pazienti e genitori)
Lasso di tempo: attraverso il completamento degli studi, una media di 2 anni
Misurazione del tasso di fallimento del sequenziamento a lettura lunga, tempo di rotazione tra il sequenziamento e risultati disponibili per il team clinico
attraverso il completamento degli studi, una media di 2 anni

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

Nantes University Hospital

Collaboratori

University Hospital, Angers
University Hospital, Brest
Rennes University Hospital
University Hospital, Tours

Investigatori

  • Investigatore principale: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

19 dicembre 2022

Completamento primario (Effettivo)

8 marzo 2023

Completamento dello studio (Effettivo)

8 marzo 2024

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

22 novembre 2022

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

1 dicembre 2022

Primo Inserito (Effettivo)

8 dicembre 2022

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

24 aprile 2024

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

23 aprile 2024

Ultimo verificato

1 aprile 2024

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • RC22_0373

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

INDECISO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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