Použití dlouhého čtení genomového sekvenování u pacientů trpících neurovývojovými potížemi (HiFi-NDD)

Pacienti s neurovývojovými onemocněními a jejich rodiny potřebují identifikovat genetickou příčinu onemocnění, aby bylo možné rozpoznat postižení, genetické poradenství a možnou naději na účast v terapeutických výzkumných studiích. Přístup k vysoce výkonným genomickým exomům nebo analýze genomu umožňuje identifikaci genetické příčiny u přibližně poloviny pacientů. Rodiny bez výsledku nebo s variantou neznámého významu po těchto testech se však mohou ocitnout v nové diagnostické slepé uličce.

Dnes používané sekvenování s vysokou propustností generuje sekvence v řádu 100 párů bází (takzvané sekvenování „short read“). To umožňuje analýzu asi 90 % genomu. Mnohé regiony však nejsou dostupné v oblastech zájmu pro genetickou diagnostiku vzácných onemocnění. Sekvenování dlouhých fragmentů generuje sekvence, které jsou asi 20krát větší a jeho použití nedávno umožnilo téměř úplně sekvenovat lidský genom (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Hlavní přínos spočívá v analýze komplexních oblastí genomu, jako jsou segmentální duplikace nebo centromerické oblasti. Je pravděpodobné, že tato technologie zvyšuje citlivost detekce genetických variant u pacientů s genetickými chorobami. Jeho přínos by měl být studován u pacientů, u kterých nebyla klasickými technikami identifikována žádná genetická příčina.

Cílem této studie je prozkoumat přínos sekvenování genomu s dlouhými fragmenty.