Bruk av langlest genomsekvensering hos pasienter som lider av nevroutviklingsproblemer (HiFi-NDD)
Pasienter med nevroutviklingssykdommer og deres familier må identifisere den genetiske årsaken til sykdommen for å gi mulighet for anerkjennelse av funksjonshemmingen, genetisk rådgivning og mulig håp om deltakelse i terapeutiske forskningsstudier. Tilgang til high-throughput genomisk eksom- eller genomanalyse gjør det mulig å identifisere en genetisk årsak for omtrent halvparten av pasientene. Imidlertid kan familier uten resultat eller med en variant av ukjent betydning etter disse testene havne i en ny diagnostisk blindgate.
High-throughput-sekvenseringen som brukes i dag genererer sekvenser i størrelsesorden 100 basepar (såkalt "short read"-sekvensering). Dette tillater en analyse av omtrent 90 % av genomet. Imidlertid er mange regioner ikke tilgjengelige i regioner av interesse for genetisk diagnose av sjeldne sykdommer. Lang fragmentsekvensering genererer sekvenser som er omtrent 20 ganger større, og bruken av den har nylig gjort det mulig å sekvensere det menneskelige genomet nesten fullstendig (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj6987). Hovedbidraget ligger i analysen av komplekse regioner av genomet som segmentelle duplikasjoner eller sentromere regioner. Det er sannsynlig at denne teknologien øker følsomheten for påvisning av genetiske varianter hos pasienter med genetiske sykdommer. Bidraget bør studeres hos pasienter som ingen genetisk årsak har blitt identifisert ved hjelp av klassiske teknikker.
Denne studien tar sikte på å undersøke bidraget til lang fragmentgenomsekvensering.
Studieoversikt
Status
Detaljert beskrivelse
Ti familier med et barn som lider av en nevroutviklingssykdom vil bli rekruttert av genetikere som er en del av CLAD-Ouest. Det vil bli tatt en EDTA-blodprøve fra pasienten og deres foreldre (trioanalyse). Blodprøvene skal deretter brukes til å trekke ut nukleinsyrer (DNA).
Blodprøvene vil bli sendt og sentralisert til genetikklaboratoriet ved Nantes universitetssykehus. DNA vil bli ekstrahert og anonymisert.
Filene som genereres etter DNA-sekvensering vil ha som en identifikasjonsnøkkel anonymiseringsnummeret oppgitt på tidspunktet for inkludering av individet i studien. Rådataene og VCF-filene vil bli lastet opp til BIRD-dataklyngen i Nantes, hvor de vil bli lagret under studiens varighet (2 år). De ulike universitetssykehusene vil da kunne hente ut dataene og analysere variantene identifisert hos pasientene rekruttert av deres senter. En sentralisert analyse for å kommentere, filtrere og tolke variantene vil bli utført av en gruppe bioinformatikere og biologer fra HUGO (Universitetssykehuset fra Grand Ouest). Langtidsarkivering av dataene vil bli utført ved Nantes universitetssykehus.
Studietype
Registrering (Faktiske)
Kontakter og plasseringer
Studiesteder
-
-
Finistère
-
Brest, Finistère, Frankrike, 29000
- Brest University Hospital
-
-
Ille-et-Vilaine
-
Rennes, Ille-et-Vilaine, Frankrike, 35000
- Rennes University Hospital
-
-
Indre-et-Loire
-
Tours, Indre-et-Loire, Frankrike, 37000
- Tours University Hospital
-
-
Loire-Atlantique
-
Nantes, Loire-Atlantique, Frankrike, 44093
- Nantes University Hospital
-
-
Maine-et-Loire
-
Angers, Maine-et-Loire, Frankrike, 49000
- Angers University Hospital
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Barn
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inkluderingskriterier for pasienter:
- Pasient (barn eller voksen) som har nevroutviklingsproblemer som er sterkt mistenkt for å lide av en sjelden genetisk sykdom (familiær eller svært alvorlig).
- Negativt utfall for kort lesesekvensering av trioen (barn og foreldre).
- Informert samtykke til studien fra pasienten (hvis aktuelt) eller deres juridiske representanter hvis mindreårige eller under vergemål.
- Pasienter som nyter godt av trygden (fransk helsevesen).
Inkluderingskriterier for foreldre:
- Mulig rekruttering av begge foreldrene som matcher inklusjonskriteriene.
- Informert samtykkeskjema signert for egen deltakelse.
- Foreldre som nyter godt av trygden (fransk helsevesen).
Ekskluderingskriterier for pasienter:
- Genetisk predisposisjon allerede identifisert som forklarer sykdommen.
- Paienter der WGS for trioen ikke er utført.
- Pasienter som har trukket tilbake samtykket.
Ekskluderingskriterier for foreldre:
- Gravid eller ammende kvinne.
- Foreldre under vergemål eller kuratorskap.
- Foreldre har også en nevroutviklingssvikt.
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Familiebasert
- Tidsperspektiver: Tverrsnitt
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
|---|
|
Deltakere
Pasienter med nevroutviklingssykdom og begge foreldrene deres
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Bruk av lang avlest sekvensering hos pasienter som lider av en nevroutviklingssykdom uten patogen eller sannsynligvis patogen variasjon identifisert ved kort lesesekvensering
Tidsramme: gjennom studiegjennomføring, gjennomsnittlig 2 år
|
Identifikasjon av en genetisk diagnose: påvisning av en eller flere variant(er) - nukleotid, endring i kopiantall, strukturelle varianter- av klasse 4 eller 5 (sannsynligvis patogen eller patogen), som forklarer den genetiske opprinnelsen til nevroutviklingspatologien
|
gjennom studiegjennomføring, gjennomsnittlig 2 år
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Analyse av implementeringen av langlest sekvensering av trioer (pasienter og foreldre)
Tidsramme: gjennom studiegjennomføring, gjennomsnittlig 2 år
|
Måling av sviktende frekvens av lang lest sekvensering, snutid mellom sekvensering og resultater tilgjengelig for klinisk team
|
gjennom studiegjennomføring, gjennomsnittlig 2 år
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Stéphane BEZIEAU, MD, Nantes University Hospital
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Faktiske)
Studiet fullført (Faktiske)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- RC22_0373
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .