开发基于cfDNA 5mC/5hmC的生物标志物组合用于预测mCRC靶向治疗疗效 (EpiDRIVE)
2026年7月6日 更新者：City of Hope Medical Center
开发基于cfDNA 5mC/5hmC的表观遗传生物标志物组合以识别转移性结直肠癌VEGF/EGFR靶向治疗反应决定因素
EpiDRIVE研究旨在识别接受EGFR或VEGF靶向治疗的转移性结直肠癌（mCRC）患者中基于cfDNA的表观遗传学反应决定因素。
通过整合5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）分析，本研究致力于开发能够区分靶向治疗应答者与非应答者的预测性生物标志物组合。
研究概览
详细说明
转移性结直肠癌（mCRC）仍是癌症相关死亡的主要原因之一。 尽管抗EGFR（西妥昔单抗、帕尼单抗）和抗VEGF（贝伐珠单抗）等靶向药物改善了生存率，但即使在分子定义的亚组中，治疗反应也存在显著差异。
包括RAS/BRAF突变和肿瘤侧向性在内的传统生物标志物无法准确预测治疗效果。
最新研究凸显了游离DNA（cfDNA）甲基化（5mC）和羟甲基化（5hmC）作为肿瘤生物学和治疗动态的灵敏无创指标的潜力。
EpiDRIVE研究整合cfDNA 5mC/5hmC测序与靶向验证，旨在发现并验证治疗反应的表观遗传决定因素。
发现阶段：通过全基因组5mC/5hmC图谱分析识别应答者与非应答者之间的差异修饰区域。
训练阶段：采用靶向测序建立预测性cfDNA表观遗传检测组合（EpiDRIVE panel）。
验证阶段：在独立队列中对选定标志物进行qPCR验证以确认预测准确性。
本研究旨在提供无创生物标志物框架，用于预测和监测mCRC中EGFR及VEGF靶向治疗的疗效，最终指导个性化治疗方案选择。
研究类型
观察性的
注册 (估计的)
500
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习联系方式
- 姓名：Ajay Goel, PhD
- 电话号码：626-359-8111
- 邮箱：ajgoel@coh.org
学习地点
-
-
California
-
Duarte、California、美国、91016
- 招聘中
- City of Hope Medical Center
-
接触：
- Ajay Goel, PhD
- 电话号码：626-218-3452
- 邮箱：ajgoel@coh.org
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
不
取样方法
非概率样本
研究人群
被诊断为IV期结直肠腺癌、接受了EGFR靶向或VEGF靶向治疗且拥有可用于cfDNA分析的治疗前血浆样本的患者。
描述
纳入标准：
- 经组织学确认的转移性结直肠腺癌（mCRC）。
- 接受过EGFR靶向治疗（西妥昔单抗/帕尼单抗）或VEGF靶向治疗（贝伐珠单抗）。
- 可获得治疗前血浆样本用于cfDNA分析。
- 有记录的影像学反应评估（RECIST 1.1标准）。
- 已知RAS/BRAF突变状态。
排除标准：
- cfDNA质量不足或cfDNA产量低。
- 非腺癌组织学类型。
- 同时或既往患有其他活动性恶性肿瘤。
- 影响cfDNA甲基化谱的活动性炎症或自身免疫性疾病。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
|
探索队列 - 长期无进展生存组（应答者）
接受EGFR或VEGF靶向治疗并获得无进展生存期（PFS）≥12个月的转移性结直肠癌（mCRC）患者，被归类为临床应答者。 通过全基因组5mC/5hmC测序分析治疗前血浆cfDNA样本，以识别与持久治疗反应相关的表观遗传决定因素。 |
对发现队列中治疗前血浆样本进行高通量全基因组cfDNA甲基化（5mC）和羟甲基化（5hmC）谱测序，以识别靶向治疗反应（PFS≥12个月 vs <12个月）的表现遗传决定因素。
|
|
探索队列 - 短期无进展生存组（无应答者）
接受EGFR或VEGF靶向治疗且无进展生存期（PFS）<12个月的转移性结直肠癌（mCRC）患者，被归类为无应答者。 通过全基因组5mC/5hmC测序分析治疗前cfDNA样本，并与长期PFS应答者进行比较，以识别与耐药性相关的差异甲基化和羟甲基化模式。 |
对发现队列中治疗前血浆样本进行高通量全基因组cfDNA甲基化（5mC）和羟甲基化（5hmC）谱测序，以识别靶向治疗反应（PFS≥12个月 vs <12个月）的表现遗传决定因素。
|
|
训练队列 - 长期无进展生存组（应答者）
独立转移性结直肠癌队列，接受EGFR或VEGF靶向治疗后无进展生存期≥12个月。 在发现阶段鉴选的候选cfDNA 5mC/5hmC标志物，通过靶向测序（EpiDRIVE检测法）进行验证，以构建预测性表观遗传生物标志物组合。 |
对发现阶段识别出的cfDNA 5mC/5hmC标志物进行靶向测序或qPCR验证，以开发并验证能够区分经EGFR/VEGF靶向治疗后具有长与短无进展生存期患者的预测性生物标志物模型。
|
|
训练队列 - 短期无进展生存期组（无应答者）
接受靶向治疗后无进展生存期（PFS）短于12个月的独立转移性结直肠癌（mCRC）患者。
采用EpiDRIVE检测进行靶向测序，通过比较短期与长期PFS病例来优化预测模型。
|
对发现阶段识别出的cfDNA 5mC/5hmC标志物进行靶向测序或qPCR验证，以开发并验证能够区分经EGFR/VEGF靶向治疗后具有长与短无进展生存期患者的预测性生物标志物模型。
|
|
验证队列 - 长PFS组（应答者）
在接受EGFR或VEGF靶向治疗中实现无进展生存期≥12个月的转移性结直肠癌患者的独立验证队列。 采用基于qPCR的EpiDRIVE检测方法，验证cfDNA 5mC/5hmC生物标志物组合在识别持久应答者方面的预测准确性。 |
对发现阶段识别出的cfDNA 5mC/5hmC标志物进行靶向测序或qPCR验证，以开发并验证能够区分经EGFR/VEGF靶向治疗后具有长与短无进展生存期患者的预测性生物标志物模型。
|
|
验证队列 - 短期PFS组（无应答者）
独立验证队列：靶向治疗后无进展生存期（PFS）<12个月的转移性结直肠癌患者。 采用基于qPCR的EpiDRIVE检测方法分析cfDNA，以评估模型特异性并区分长期应答者与非应答者。 |
对发现阶段识别出的cfDNA 5mC/5hmC标志物进行靶向测序或qPCR验证，以开发并验证能够区分经EGFR/VEGF靶向治疗后具有长与短无进展生存期患者的预测性生物标志物模型。
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
基于cfDNA 5mC/5hmC生物标志物特征的无进展生存期(PFS)
大体时间：自治疗开始起最长36个月
|
接受EGFR或VEGF靶向治疗的转移性结直肠癌（mCRC）患者中基于cfDNA 5mC/5hmC生物标志物状态分层的无进展生存期（PFS）
|
自治疗开始起最长36个月
|
次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
总生存期 (OS)
大体时间：自治疗开始起最长60个月
|
从开始EGFR或VEGF靶向治疗至任何原因导致死亡的时间。
将分析总生存期与cfDNA 5mC/5hmC生物标志物定义组（高vs低EpiDRIVE评分）的关联，以评估表观遗传cfDNA谱是否与生存结局差异相关。
|
自治疗开始起最长60个月
|
合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
调查人员
- 首席研究员：Ajay Goel, PhD、City of Hope Medical Center
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Xie YH, Chen YX, Fang JY. Comprehensive review of targeted therapy for colorectal cancer. Signal Transduct Target Ther. 2020 Mar 20;5(1):22. doi: 10.1038/s41392-020-0116-z.
- Siegel RL, Kratzer TB, Giaquinto AN, Sung H, Jemal A. Cancer statistics, 2025. CA Cancer J Clin. 2025 Jan-Feb;75(1):10-45. doi: 10.3322/caac.21871. Epub 2025 Jan 16.
- Zeng C, Stroup EK, Zhang Z, Chiu BC, Zhang W. Towards precision medicine: advances in 5-hydroxymethylcytosine cancer biomarker discovery in liquid biopsy. Cancer Commun (Lond). 2019 Mar 29;39(1):12. doi: 10.1186/s40880-019-0356-x.
- Xu C, Mannucci A, Esposito F, Oliveres H, Alonso-Orduna V, Yubero A, Fernandez-Martos C, Salud A, Gallego J, Martin-Richard M, Fernandez-Plana J, Guillot M, Aparicio J, Fakih M, Kopetz S, Feliu J, Maurel J, Goel A. An Exosome-Based Liquid Biopsy Predicts Depth of Response and Survival Outcomes to Cetuximab and Panitumumab in Metastatic Colorectal Cancer: The EXONERATE Study. Clin Cancer Res. 2025 Mar 17;31(6):1002-1015. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-24-1934.
- Koroukian SM, Booker BD, Vu L, Schumacher FR, Rose J, Cooper GS, Selfridge JE, Markt SC. Receipt of Targeted Therapy and Survival Outcomes in Patients With Metastatic Colorectal Cancer. JAMA Netw Open. 2023 Jan 3;6(1):e2250030. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2022.50030.
- Tirendi S, Marengo B, Domenicotti C, Bassi AM, Almonti V, Vernazza S. Colorectal cancer and therapy response: a focus on the main mechanisms involved. Front Oncol. 2023 Jul 19;13:1208140. doi: 10.3389/fonc.2023.1208140. eCollection 2023.
- Cai Z, Zhang J, He Y, Xia L, Dong X, Chen G, Zhou Y, Hu X, Zhong S, Wang Y, Chen H, Xie D, Liu X, Liu J. Liquid biopsy by combining 5-hydroxymethylcytosine signatures of plasma cell-free DNA and protein biomarkers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. ESMO Open. 2021 Feb;6(1):100021. doi: 10.1016/j.esmoop.2020.100021. Epub 2021 Jan 25.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, He C, Zhang W, Bissonnette M. 5-Hydroxymethylated Biomarkers in Cell-Free DNA Predict Occult Colorectal Cancer up to 36 Months Before Diagnosis in the Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian Cancer Screening Trial. JCO Precis Oncol. 2024 Oct;8:e2400277. doi: 10.1200/PO.24.00277. Epub 2024 Oct 11.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, Moore M, He C, Bissonnette M, Zhang W. Machine learning identifies cell-free DNA 5-hydroxymethylation biomarkers that detect occult colorectal cancer in PLCO Screening Trial subjects. bioRxiv [Preprint]. 2024 Feb 26:2024.02.25.581955. doi: 10.1101/2024.02.25.581955.
- Song D, Zhang Z, Zheng J, Zhang W, Cai J. 5-Hydroxymethylcytosine modifications in circulating cell-free DNA: frontiers of cancer detection, monitoring, and prognostic evaluation. Biomark Res. 2025 Mar 7;13(1):39. doi: 10.1186/s40364-025-00751-9.
- Baldassarre G, L de la Serna I, Vallette FM. Death-ision: the link between cellular resilience and cancer resistance to treatments. Mol Cancer. 2025 May 15;24(1):144. doi: 10.1186/s12943-025-02339-1.
- Ferrara R, Imbimbo M, Malouf R, Paget-Bailly S, Calais F, Marchal C, Westeel V. Single or combined immune checkpoint inhibitors compared to first-line platinum-based chemotherapy with or without bevacizumab for people with advanced non-small cell lung cancer. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Apr 30;4(4):CD013257. doi: 10.1002/14651858.CD013257.pub3.
- Guler GD, Ning Y, Coruh C, Mognol GP, Phillips T, Nabiyouni M, Hazen K, Scott A, Volkmuth W, Levy S. Plasma cell-free DNA hydroxymethylation profiling reveals anti-PD-1 treatment response and resistance biology in non-small cell lung cancer. J Immunother Cancer. 2024 Jan 11;12(1):e008028. doi: 10.1136/jitc-2023-008028.
- Shao J, Xu Y, Olsen RJ, Kasparian S, Sun K, Mathur S, Zhang J, He C, Chen SH, Bernicker EH, Li Z. 5-Hydroxymethylcytosine in Cell-Free DNA Predicts Immunotherapy Response in Lung Cancer. Cells. 2024 Apr 19;13(8):715. doi: 10.3390/cells13080715.
- Li Q, Huang CC, Huang S, Tian Y, Huang J, Bitaraf A, Dong X, Nevalanen MT, Patel M, Wong J, Zhang J, Manley BJ, Park JY, Kohli M, Gore EM, Kilari D, Wang L. 5-hydroxymethylcytosine sequencing in plasma cell-free DNA identifies unique epigenomic features in prostate cancer patients resistant to androgen deprivation therapies. medRxiv [Preprint]. 2024 Oct 17:2023.10.13.23296758. doi: 10.1101/2023.10.13.23296758.
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2024年6月21日
初级完成 (估计的)
2028年6月18日
研究完成 (估计的)
2028年6月18日
研究注册日期
首次提交
2025年11月3日
首先提交符合 QC 标准的
2025年11月3日
首次发布 (实际的)
2025年11月5日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2026年7月7日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2026年7月6日
最后验证
2026年7月1日
更多信息
与本研究相关的术语
其他研究编号
- 23228/EpiDRIVE
计划个人参与者数据 (IPD)
计划共享个人参与者数据 (IPD)？
不
IPD 计划说明
研究收集的数据将在发表时提供给其他研究人员，包括去标识化的参与者数据，需通过签署数据访问协议，并由研究者根据对数据拟议用途的审批酌情决定
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
不
研究美国 FDA 监管的设备产品
不
此信息直接从 clinicaltrials.gov 网站检索，没有任何更改。如果您有任何更改、删除或更新研究详细信息的请求，请联系 register@clinicaltrials.gov. clinicaltrials.gov 上实施更改，我们的网站上也会自动更新.