Kehitys cfDNA 5mC/5hmC-pohjaisesta biomarkkeripaneelista kohdennetun hoidon tehon ennustamiseksi mCRC:ssä (EpiDRIVE)
Kehitys cfDNA 5mC/5hmC-pohjaisesta epigeneettisestä biomarkkeripaneelista vasteeseen vaikuttavien tekijöiden tunnistamiseksi VEGF/EGFR-kohdennetussa hoidossa etäpesäkkeistä paksusuolen syövälle
EpiDRIVE-tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa cfDNA:han perustuvia epigeneettisiä vastemuuttujia etäpesäkkeistä kärsivien paksu- ja peräsuolisyöpäpotilaiden (mCRC) hoidossa EGFR- tai VEGF-kohdennetulla terapialla.
Integroimalla 5-metyylisytosiinin (5mC) ja 5-hydroksimetyylisytosiinin (5hmC) profiilit tämä tutkimus pyrkii kehittämään ennustavan biomarkkeripaneelin, joka kykenee erottamaan kohdennettuun terapiaan vastaavat potilaat ei-vastaajista.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Metastaattinen kolorektaalinen syöpä (mCRC) on edelleen yksi johtavista syöpään liittyvistä kuolinsyistä. Vaikka kohdennetut lääkkeet, kuten anti-EGFR (sertuksimabi, panitumumab) ja anti-VEGF (bevasitsumabi) -hoitojen, ovat parantaneet eloonjäämistä, hoidon vaste vaihtelee suuresti jopa molekyylitasolla määritellyissä alaryhmissä.
Perinteiset biomarkkerit, mukaan lukien RAS/BRAF-mutaatio ja kasvaimen sijainti, eivät pysty ennustamaan tarkasti terapian tehoa.
Viimeaikaiset tutkimukset korostavat soluvapaan DNA:n (cfDNA) metylaation (5mC) ja hydroksimetylaation (5hmC) potentiaalia herkkinä, ei-invasiivisina indikaattoreina kasvainbiologiasta ja hoidon dynamiikasta.
EpiDRIVE-tutkimus yhdistää cfDNA 5mC/5hmC-sekvensoinnin ja kohdennetun validoinnin löytääkseen ja vahvistaakseen terapeuttiseen vasteeseen liittyvät epigeneettiset tekijät.
Löytöväline: Koko genomin 5mC/5hmC-profilointi tunnistaakseen erilaiset modifioidut alueet vastaajien ja ei-vastaajien välillä.
Koulutusvaihe: Kohdennettu sekvensointi luodakseen ennustavan cfDNA-epigeneettisen paneelin (EpiDRIVE-paneeli).
Validointivaihe: Valittujen merkkiaineiden qPCR-pohjainen validointi itsenäisessä kohortissa vahvistaakseen ennustetarkkuuden.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on tarjota ei-invasiivinen biomarkkerikehys ennustamaan ja seurata EGFR- ja VEGF-kohdennettujen terapioiden tehoa mCRC:ssä, ohjaten lopulta personoitua hoitovalintaa.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Ajay Goel, PhD
- Puhelinnumero: 626-359-8111
- Sähköposti: ajgoel@coh.org
Opiskelupaikat
-
-
California
-
Duarte, California, Yhdysvallat, 91016
- Rekrytointi
- City of Hope Medical Center
-
Ottaa yhteyttä:
- Ajay Goel, PhD
- Puhelinnumero: 626-218-3452
- Sähköposti: ajgoel@coh.org
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Histologisesti varmistettu etäpesäkeillä varustettu suoliston adenokarsinooma (mCRC).
- Saanut EGFR-kohdennettua hoitoa (cetuksimabi/panitumumabi) tai VEGF-kohdennettua hoitoa (bevasitsumabi).
- Esihoidon plasmanäytteen saatavuus cfDNA-analyysiä varten.
- Dokumentoitu radiologinen vaste-arviointi (RECIST 1.1).
- RAS/BRAF-mutaatiotila tiedossa.
Poissulkemiskriteerit:
- Riittämätön cfDNA-laatu tai alhainen cfDNA-saanto.
- Ei-adenokarsinooma-histologia.
- Samanaikainen tai aiempi muu aktiivinen pahanlaatuinen kasvain.
- Aktiivinen tulehduksellinen tai autoimmuunisairaus, joka vaikuttaa cfDNA-metylaatioprofiileihin.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Discovery Cohort - Pitkä PFS -ryhmä (Vastaaja)
Metastaattista paksu- ja peräsuolensyöpää (mCRC) sairastavat potilaat, jotka saivat EGFR- tai VEGF-kohdennettua hoitoa ja saavuttivat vähintään 12 kuukauden etenevyysvapaan ajan (PFS), luokiteltiin kliinisiksi vastaajiksi. Ennen hoitoa otettuja plasman cfDNA-näytteitä analysoitiin genominlaajuisella 5mC/5hmC-sekvenoinnilla tunnistamaan kestäviin hoitovasteisiin liittyviä epigeneettisiä tekijöitä. |
Korkean suorituskyvyn genominlaajuinen sekvensointi cfDNA-metylaatiosta (5mC) ja hydroksimetylaatiosta (5hmC) esihoidon plasmanäytteistä löytöryhmässä epigeneettisten kohdeterapiavasteen (PFS ≥ 12 kuukautta vs < 12 kuukautta) määrittäjien tunnistamiseksi.
|
|
Tutkimuskohortti - Lyhyt PFS-ryhmä (Ei-vastaaja)
Potilaat, joilla oli mCRC ja jotka saivat EGFR- tai VEGF-kohdennettua hoitoa ja joilla oli etenevätön selviytyminen (PFS) < 12 kuukautta, luokiteltiin vastaamattomiksi. Ennen hoitoa otettuja cfDNA-näytteitä analysoitiin käyttämällä genominlaajuista 5mC/5hmC-sekvensointia ja verrattiin pitkäaikaiseen PFS-vastaajiin tunnistaakseen resistenssiin liittyvät erilaiset metylaatio- ja hydroksimetylaatiokaavat. |
Korkean suorituskyvyn genominlaajuinen sekvensointi cfDNA-metylaatiosta (5mC) ja hydroksimetylaatiosta (5hmC) esihoidon plasmanäytteistä löytöryhmässä epigeneettisten kohdeterapiavasteen (PFS ≥ 12 kuukautta vs < 12 kuukautta) määrittäjien tunnistamiseksi.
|
|
Koulutuskohortti - Pitkä PFS -ryhmä (Vastaaja)
Riippumaton mCRC-kohortti, jossa PFS ≥ 12 kuukautta EGFR- tai VEGF-kohdistetun hoidon jälkeen. Löytövaiheessa tunnistetut ehdokas cfDNA 5mC/5hmC-markerit validoitiin kohdennetulla sekvensoinnilla (EpiDRIVE-testi) ennustavan epigeneettisen biomarkkeripaneelin rakentamiseksi. |
Kohdennettu sekvensointi tai qPCR-pohjainen validointi löytövaiheessa tunnistetuista cfDNA 5mC/5hmC-markkereista ennustavan biomarkkerimallin kehittämiseksi ja validoimiseksi, joka erottelee pitkän vs lyhyen etenevän vapauden saaneet potilaat EGFR-/VEGF-kohdennettu hoidon jälkeen.
|
|
Koulutuskohortti - Lyhyt PFS-ryhmä (Ei-vastaaja)
Riippumattomat mCRC-potilaat, joilla PFS < 12 kuukautta kohdennushoidon jälkeen.
Kohdennussekoitusta käyttäen EpiDRIVE-testillä suoritettiin prediktiivisen mallin tarkentamiseksi ja optimoimiseksi vertaamalla lyhyen ja pitkän PFS:n tapauksia.
|
Kohdennettu sekvensointi tai qPCR-pohjainen validointi löytövaiheessa tunnistetuista cfDNA 5mC/5hmC-markkereista ennustavan biomarkkerimallin kehittämiseksi ja validoimiseksi, joka erottelee pitkän vs lyhyen etenevän vapauden saaneet potilaat EGFR-/VEGF-kohdennettu hoidon jälkeen.
|
|
Validointikohortti - Pitkä PFS -ryhmä (Vastaaja)
Erikseen validoitu kohortti mCRC-potilaista, jotka saavuttavat PFS:n ≥ 12 kuukautta EGFR- tai VEGF-kohdennettua hoitoa saaneina. qPCR-pohjaista EpiDRIVE-testiä käytettiin vahvistamaan cfDNA 5mC/5hmC biomarkkeripaneelin ennustetarkkuus kestävien vastaajien tunnistamisessa. |
Kohdennettu sekvensointi tai qPCR-pohjainen validointi löytövaiheessa tunnistetuista cfDNA 5mC/5hmC-markkereista ennustavan biomarkkerimallin kehittämiseksi ja validoimiseksi, joka erottelee pitkän vs lyhyen etenevän vapauden saaneet potilaat EGFR-/VEGF-kohdennettu hoidon jälkeen.
|
|
Validointikohortti - Lyhyt PFS-ryhmä (Ei-vastaaja)
Riippumaton validaatiokohorti mCRC-potilaista, joilla PFS < 12 kuukautta kohdennushoidon jälkeen. cfDNA analysoitiin käyttämällä qPCR-pohjaista EpiDRIVE-testiä arvioimaan mallin spesifisyyttä ja erottamaan ei-vastaajat pitkäaikaisista vastaajista. |
Kohdennettu sekvensointi tai qPCR-pohjainen validointi löytövaiheessa tunnistetuista cfDNA 5mC/5hmC-markkereista ennustavan biomarkkerimallin kehittämiseksi ja validoimiseksi, joka erottelee pitkän vs lyhyen etenevän vapauden saaneet potilaat EGFR-/VEGF-kohdennettu hoidon jälkeen.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Edistymätön selviytyminen (PFS) cfDNA 5mC/5hmC biomarkkeriprofiilin mukaan
Aikaikkuna: Enintään 36 kuukautta hoidon aloittamisesta
|
Progression-vapaan selviytymisen (PFS) saaneiden metastasoituneen paksusuolen syövän (mCRC) potilaiden joukossa, jotka saavat EGFR- tai VEGF-kohdennettua hoitoa, kerrostettuna cfDNA 5mC/5hmC-pohjaisen biomarkkerin statuksen mukaan.
|
Enintään 36 kuukautta hoidon aloittamisesta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Yleinen elossaolo (OS)
Aikaikkuna: Enintään 60 kuukautta terapian aloittamisesta
|
Aika EGFR- tai VEGF-kohdennetun hoidon aloittamisesta kuolemaan mihin tahansa syystä.
Kokonaiseloonjääntiä analysoidaan suhteessa cfDNA 5mC/5hmC-biomerkkiryhmiin (korkea vs. matala EpiDRIVE-pistemäärä) arvioidaan, liittyvätkö epigeneettiset cfDNA-profiilit eroihin eloonjäämistuloksissa.
|
Enintään 60 kuukautta terapian aloittamisesta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Xie YH, Chen YX, Fang JY. Comprehensive review of targeted therapy for colorectal cancer. Signal Transduct Target Ther. 2020 Mar 20;5(1):22. doi: 10.1038/s41392-020-0116-z.
- Siegel RL, Kratzer TB, Giaquinto AN, Sung H, Jemal A. Cancer statistics, 2025. CA Cancer J Clin. 2025 Jan-Feb;75(1):10-45. doi: 10.3322/caac.21871. Epub 2025 Jan 16.
- Zeng C, Stroup EK, Zhang Z, Chiu BC, Zhang W. Towards precision medicine: advances in 5-hydroxymethylcytosine cancer biomarker discovery in liquid biopsy. Cancer Commun (Lond). 2019 Mar 29;39(1):12. doi: 10.1186/s40880-019-0356-x.
- Xu C, Mannucci A, Esposito F, Oliveres H, Alonso-Orduna V, Yubero A, Fernandez-Martos C, Salud A, Gallego J, Martin-Richard M, Fernandez-Plana J, Guillot M, Aparicio J, Fakih M, Kopetz S, Feliu J, Maurel J, Goel A. An Exosome-Based Liquid Biopsy Predicts Depth of Response and Survival Outcomes to Cetuximab and Panitumumab in Metastatic Colorectal Cancer: The EXONERATE Study. Clin Cancer Res. 2025 Mar 17;31(6):1002-1015. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-24-1934.
- Koroukian SM, Booker BD, Vu L, Schumacher FR, Rose J, Cooper GS, Selfridge JE, Markt SC. Receipt of Targeted Therapy and Survival Outcomes in Patients With Metastatic Colorectal Cancer. JAMA Netw Open. 2023 Jan 3;6(1):e2250030. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2022.50030.
- Tirendi S, Marengo B, Domenicotti C, Bassi AM, Almonti V, Vernazza S. Colorectal cancer and therapy response: a focus on the main mechanisms involved. Front Oncol. 2023 Jul 19;13:1208140. doi: 10.3389/fonc.2023.1208140. eCollection 2023.
- Cai Z, Zhang J, He Y, Xia L, Dong X, Chen G, Zhou Y, Hu X, Zhong S, Wang Y, Chen H, Xie D, Liu X, Liu J. Liquid biopsy by combining 5-hydroxymethylcytosine signatures of plasma cell-free DNA and protein biomarkers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. ESMO Open. 2021 Feb;6(1):100021. doi: 10.1016/j.esmoop.2020.100021. Epub 2021 Jan 25.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, He C, Zhang W, Bissonnette M. 5-Hydroxymethylated Biomarkers in Cell-Free DNA Predict Occult Colorectal Cancer up to 36 Months Before Diagnosis in the Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian Cancer Screening Trial. JCO Precis Oncol. 2024 Oct;8:e2400277. doi: 10.1200/PO.24.00277. Epub 2024 Oct 11.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, Moore M, He C, Bissonnette M, Zhang W. Machine learning identifies cell-free DNA 5-hydroxymethylation biomarkers that detect occult colorectal cancer in PLCO Screening Trial subjects. bioRxiv [Preprint]. 2024 Feb 26:2024.02.25.581955. doi: 10.1101/2024.02.25.581955.
- Song D, Zhang Z, Zheng J, Zhang W, Cai J. 5-Hydroxymethylcytosine modifications in circulating cell-free DNA: frontiers of cancer detection, monitoring, and prognostic evaluation. Biomark Res. 2025 Mar 7;13(1):39. doi: 10.1186/s40364-025-00751-9.
- Baldassarre G, L de la Serna I, Vallette FM. Death-ision: the link between cellular resilience and cancer resistance to treatments. Mol Cancer. 2025 May 15;24(1):144. doi: 10.1186/s12943-025-02339-1.
- Ferrara R, Imbimbo M, Malouf R, Paget-Bailly S, Calais F, Marchal C, Westeel V. Single or combined immune checkpoint inhibitors compared to first-line platinum-based chemotherapy with or without bevacizumab for people with advanced non-small cell lung cancer. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Apr 30;4(4):CD013257. doi: 10.1002/14651858.CD013257.pub3.
- Guler GD, Ning Y, Coruh C, Mognol GP, Phillips T, Nabiyouni M, Hazen K, Scott A, Volkmuth W, Levy S. Plasma cell-free DNA hydroxymethylation profiling reveals anti-PD-1 treatment response and resistance biology in non-small cell lung cancer. J Immunother Cancer. 2024 Jan 11;12(1):e008028. doi: 10.1136/jitc-2023-008028.
- Shao J, Xu Y, Olsen RJ, Kasparian S, Sun K, Mathur S, Zhang J, He C, Chen SH, Bernicker EH, Li Z. 5-Hydroxymethylcytosine in Cell-Free DNA Predicts Immunotherapy Response in Lung Cancer. Cells. 2024 Apr 19;13(8):715. doi: 10.3390/cells13080715.
- Li Q, Huang CC, Huang S, Tian Y, Huang J, Bitaraf A, Dong X, Nevalanen MT, Patel M, Wong J, Zhang J, Manley BJ, Park JY, Kohli M, Gore EM, Kilari D, Wang L. 5-hydroxymethylcytosine sequencing in plasma cell-free DNA identifies unique epigenomic features in prostate cancer patients resistant to androgen deprivation therapies. medRxiv [Preprint]. 2024 Oct 17:2023.10.13.23296758. doi: 10.1101/2023.10.13.23296758.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvioitu)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 23228/EpiDRIVE
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset CRC (kolorektaalisyöpä)
-
Hansoh BioMedical R&D CompanyRekrytointi
-
Shanghai Henlius BiotechEi vielä rekrytointia
-
Motus GI Medical Technologies LtdValmis
-
Motus GI Medical Technologies LtdValmis
-
National Cancer Institute (NCI)RekrytointiStage III Sinonasal Cancer AJCC v8 | Stage IVA Sinonasal Cancer AJCC v8 | Vaihe IVB Sinonasal Cancer AJCC v8 | Sinonasaalinen okasolusyöpäYhdysvallat
-
NGM Biopharmaceuticals, IncPeruutettu
-
Motus GI Medical Technologies LtdLopetettu
-
Gynecologic Oncology GroupNational Cancer Institute (NCI)ValmisLymfaödeema | Perioperatiiviset/postoperatiiviset komplikaatiot | Vaiheen II Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe IIIA Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe IIIB Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe IIIC Vulvar Cancer AJCC v7 | Stage IVA Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe IA Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe IB Vulvar Cancer AJCC v7 | Vaihe...Yhdysvallat
-
Chang Gung Memorial HospitalFBD Biologics LimitedRekrytointi
-
Chinese University of Hong KongPeruutettu
Kliiniset tutkimukset cfDNA 5mC/5hmC Sekvensointi (EpiDRIVE Discovery-vaihe)
-
City of Hope Medical CenterRekrytointiCRC (kolorektaalisyöpä)Yhdysvallat