Vývoj panelu biomarkerů založeného na cfDNA 5mC/5hmC pro predikci účinnosti cílené terapie u mCRC (EpiDRIVE)
Vývoj epigenetického panelu biomarkerů na bázi cfDNA 5mC/5hmC k identifikaci determinantů odpovědi na VEGF/EGFR cílenou terapii u metastazujícího kolorektálního karcinomu
Studie EpiDRIVE si klade za cíl identifikovat epigenetické determinanty založené na cfDNA pro odpověď u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC) léčených cílenou terapií na EGFR nebo VEGF.
Integrací profilování 5-methylcytosinu (5mC) a 5-hydroxymethylcytosinu (5hmC) tato studie usiluje o vývoj prediktivního panelu biomarkerů schopného rozlišit respondenty od nerepondentů na cílenou terapii.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
Metastatický kolorektální karcinom (mCRC) zůstává jednou z hlavních příčin úmrtí souvisejících s rakovinou. Ačkoli cílené látky, jako jsou anti-EGFR (cetuximab, panitumumab) a anti-VEGF (bevacizumab) terapie, zlepšily přežití, léčebná odpověď se výrazně liší i mezi molekulárně definovanými podskupinami.
Tradiční biomarkery, včetně mutace RAS/BRAF a laterality nádoru, nedokážou přesně předpovědět terapeutickou účinnost.
Nedávné studie zdůrazňují potenciál metylace (5mC) a hydroxymetylace (5hmC) bezbuněčné DNA (cfDNA) jako citlivých, neinvazivních ukazatelů biologie nádoru a dynamiky léčby.
Studie EpiDRIVE integruje sekvenování cfDNA 5mC/5hmC a cílenou validaci k objevení a ověření epigenetických determinantů terapeutické odpovědi.
Fáze objevování: Celogenomové profilování 5mC/5hmC k identifikaci diferencovaně modifikovaných oblastí mezi respondéry a nerepondéry.
Fáze trénování: Cílené sekvenování k vytvoření prediktivního epigenetického panelu cfDNA (panel EpiDRIVE).
Validační fáze: Validace vybraných markerů založená na qPCR v nezávislé kohortě k potvrzení prediktivní přesnosti.
Tato studie si klade za cíl poskytnout neinvazivní rámec biomarkerů pro předpověď a sledování účinnosti EGFR- a VEGF-cílených terapií u mCRC, což v konečném důsledku povede k personalizovanému výběru léčby.
Typ studie
Zápis (Odhadovaný)
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 626-359-8111
- E-mail: ajgoel@coh.org
Studijní místa
-
-
California
-
Duarte, California, Spojené státy, 91016
- Nábor
- City of Hope Medical Center
-
Kontakt:
- Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 626-218-3452
- E-mail: AJGOEL@COH.ORG
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Histologicky potvrzený metastatický kolorektální adenokarcinom (mCRC).
- Léčba EGFR cílenou terapií (cetuximab/panitumumab) nebo VEGF cílenou terapií (bevacizumab).
- Dostupnost vzorku plazmy před léčbou pro analýzu cfDNA.
- Dokumentované radiologické hodnocení odpovědi (RECIST 1.1).
- Známý stav mutací RAS/BRAF.
Kritéria pro vyloučení:
- Nevyhovující kvalita cfDNA nebo nízký výtěžek cfDNA.
- Neadenokarcinomová histologie.
- Současné nebo předchozí jiné aktivní maligní onemocnění.
- Aktivní zánětlivé nebo autoimunitní onemocnění ovlivňující profily metylace cfDNA.
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Kohorta objevů - Skupina s dlouhým PFS (Responder)
Pacienti s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC), kteří dostávali terapii cílenou na EGFR nebo VEGF a dosáhli přežití bez progrese (PFS) ≥ 12 měsíců, jsou klasifikováni jako klinicky odpovídající. Předléčebné vzorky plazmatické cfDNA byly analyzovány pomocí celogenomového sekvenování 5mC/5hmC za účelem identifikace epigenetických determinantů spojených s trvalou léčebnou odpovědí. |
Vysoce výkonné genomové sekvencování celého genomu pro profily metylace (5mC) a hydroxymethylace (5hmC) cfDNA z předléčebných vzorků plazmy v kohortě pro objev za účelem identifikace epigenetických determinantů odpovědi na cílenou terapii (PFS ≥ 12 měsíců vs < 12 měsíců).
|
|
Kohorta pro objevování – Skupina s krátkým PFS (Nereagující)
Pacienti s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC), kteří podstoupili cílenou terapii zaměřenou na EGFR nebo VEGF a vykazovali bezpříznakové přežití (PFS) < 12 měsíců, byli klasifikováni jako nereagující. Předléčebné vzorky cfDNA byly analyzovány pomocí celogenomového sekvenování 5mC/5hmC a porovnány s pacienty s dlouhým PFS za účelem identifikace rozdílných vzorců metylace a hydroxymetylace spojených s rezistencí. |
Vysoce výkonné genomové sekvencování celého genomu pro profily metylace (5mC) a hydroxymethylace (5hmC) cfDNA z předléčebných vzorků plazmy v kohortě pro objev za účelem identifikace epigenetických determinantů odpovědi na cílenou terapii (PFS ≥ 12 měsíců vs < 12 měsíců).
|
|
Tréninková Kohorta - Skupina s Dlouhým PFS (Respondér)
Nezávislá kohorta pacientů s mCRC s PFS ≥ 12 měsíců po cílené terapii EGFR nebo VEGF. Kandidátní markery cfDNA 5mC/5hmC identifikované ve fázi objevování byly validovány pomocí cíleného sekvenování (test EpiDRIVE) pro sestavení prediktivního panelu epigenetických biomarkerů. |
Cílené sekvenování nebo qPCR validace 5mC/5hmC markerů cfDNA identifikovaných z fáze objevu za účelem vývoje a validace prediktivního biomarkerového modelu rozlišujícího pacienty s dlouhým vs. krátkým přežitím bez progrese po cílené terapii EGFR/VEGF.
|
|
Tréninková Kohorta - Krátká PFS Skupina (Nereagující)
Nezávislí pacienti s mCRC s PFS < 12 měsíců po cílené terapii.
Cílené sekvenování pomocí testu EpiDRIVE bylo provedeno za účelem zpřesnění a optimalizace prediktivního modelu porovnáním případů s krátkým vs dlouhým PFS.
|
Cílené sekvenování nebo qPCR validace 5mC/5hmC markerů cfDNA identifikovaných z fáze objevu za účelem vývoje a validace prediktivního biomarkerového modelu rozlišujícího pacienty s dlouhým vs. krátkým přežitím bez progrese po cílené terapii EGFR/VEGF.
|
|
Validační Kohorta - Skupina s Dlouhým PFS (Respondér)
Samostatná validační kohorta pacientů s mCRC dosahujících PFS ≥ 12 měsíců pod EGFR- nebo VEGF-cílenou terapií. qPCR-based EpiDRIVE test byl použit k potvrzení prediktivní přesnosti panelu biomarkerů cfDNA 5mC/5hmC v identifikaci dlouhodobých respondentů. |
Cílené sekvenování nebo qPCR validace 5mC/5hmC markerů cfDNA identifikovaných z fáze objevu za účelem vývoje a validace prediktivního biomarkerového modelu rozlišujícího pacienty s dlouhým vs. krátkým přežitím bez progrese po cílené terapii EGFR/VEGF.
|
|
Validační Kohorta - Skupina s Krátkým PFS (Neodpovídající)
Nezávislá validační kohorta pacientů s mCRC s PFS < 12 měsíců po cílené terapii. cfDNA byla analyzována pomocí qPCR-based testu EpiDRIVE ke stanovení specificity modelu a odlišení nereagujících pacientů od dlouhodobě reagujících. |
Cílené sekvenování nebo qPCR validace 5mC/5hmC markerů cfDNA identifikovaných z fáze objevu za účelem vývoje a validace prediktivního biomarkerového modelu rozlišujícího pacienty s dlouhým vs. krátkým přežitím bez progrese po cílené terapii EGFR/VEGF.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Přežití bez progrese (PFS) podle profilu biomarkeru cfDNA 5mC/5hmC
Časové okno: Až 36 měsíců od zahájení léčby
|
Přežití bez progrese (PFS) u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC) léčených cílenou terapií na EGFR nebo VEGF, stratifikované podle stavu biomarkeru založeného na cfDNA 5mC/5hmC.
|
Až 36 měsíců od zahájení léčby
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Celkové přežití (OS)
Časové okno: Až 60 měsíců od zahájení terapie
|
Čas od zahájení léčby cílené na EGFR nebo VEGF do úmrtí z jakékoli příčiny.
Celkové přežití bude analyzováno ve vztahu ke skupinám definovaným biomarkerem cfDNA 5mC/5hmC (vysoké vs nízké skóre EpiDRIVE) za účelem posouzení, zda jsou epigenetické profily cfDNA spojeny s rozdíly v přežití.
|
Až 60 měsíců od zahájení terapie
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Xie YH, Chen YX, Fang JY. Comprehensive review of targeted therapy for colorectal cancer. Signal Transduct Target Ther. 2020 Mar 20;5(1):22. doi: 10.1038/s41392-020-0116-z.
- Siegel RL, Kratzer TB, Giaquinto AN, Sung H, Jemal A. Cancer statistics, 2025. CA Cancer J Clin. 2025 Jan-Feb;75(1):10-45. doi: 10.3322/caac.21871. Epub 2025 Jan 16.
- Zeng C, Stroup EK, Zhang Z, Chiu BC, Zhang W. Towards precision medicine: advances in 5-hydroxymethylcytosine cancer biomarker discovery in liquid biopsy. Cancer Commun (Lond). 2019 Mar 29;39(1):12. doi: 10.1186/s40880-019-0356-x.
- Xu C, Mannucci A, Esposito F, Oliveres H, Alonso-Orduna V, Yubero A, Fernandez-Martos C, Salud A, Gallego J, Martin-Richard M, Fernandez-Plana J, Guillot M, Aparicio J, Fakih M, Kopetz S, Feliu J, Maurel J, Goel A. An Exosome-Based Liquid Biopsy Predicts Depth of Response and Survival Outcomes to Cetuximab and Panitumumab in Metastatic Colorectal Cancer: The EXONERATE Study. Clin Cancer Res. 2025 Mar 17;31(6):1002-1015. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-24-1934.
- Koroukian SM, Booker BD, Vu L, Schumacher FR, Rose J, Cooper GS, Selfridge JE, Markt SC. Receipt of Targeted Therapy and Survival Outcomes in Patients With Metastatic Colorectal Cancer. JAMA Netw Open. 2023 Jan 3;6(1):e2250030. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2022.50030.
- Tirendi S, Marengo B, Domenicotti C, Bassi AM, Almonti V, Vernazza S. Colorectal cancer and therapy response: a focus on the main mechanisms involved. Front Oncol. 2023 Jul 19;13:1208140. doi: 10.3389/fonc.2023.1208140. eCollection 2023.
- Cai Z, Zhang J, He Y, Xia L, Dong X, Chen G, Zhou Y, Hu X, Zhong S, Wang Y, Chen H, Xie D, Liu X, Liu J. Liquid biopsy by combining 5-hydroxymethylcytosine signatures of plasma cell-free DNA and protein biomarkers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. ESMO Open. 2021 Feb;6(1):100021. doi: 10.1016/j.esmoop.2020.100021. Epub 2021 Jan 25.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, He C, Zhang W, Bissonnette M. 5-Hydroxymethylated Biomarkers in Cell-Free DNA Predict Occult Colorectal Cancer up to 36 Months Before Diagnosis in the Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian Cancer Screening Trial. JCO Precis Oncol. 2024 Oct;8:e2400277. doi: 10.1200/PO.24.00277. Epub 2024 Oct 11.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, Moore M, He C, Bissonnette M, Zhang W. Machine learning identifies cell-free DNA 5-hydroxymethylation biomarkers that detect occult colorectal cancer in PLCO Screening Trial subjects. bioRxiv [Preprint]. 2024 Feb 26:2024.02.25.581955. doi: 10.1101/2024.02.25.581955.
- Song D, Zhang Z, Zheng J, Zhang W, Cai J. 5-Hydroxymethylcytosine modifications in circulating cell-free DNA: frontiers of cancer detection, monitoring, and prognostic evaluation. Biomark Res. 2025 Mar 7;13(1):39. doi: 10.1186/s40364-025-00751-9.
- Baldassarre G, L de la Serna I, Vallette FM. Death-ision: the link between cellular resilience and cancer resistance to treatments. Mol Cancer. 2025 May 15;24(1):144. doi: 10.1186/s12943-025-02339-1.
- Ferrara R, Imbimbo M, Malouf R, Paget-Bailly S, Calais F, Marchal C, Westeel V. Single or combined immune checkpoint inhibitors compared to first-line platinum-based chemotherapy with or without bevacizumab for people with advanced non-small cell lung cancer. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Apr 30;4(4):CD013257. doi: 10.1002/14651858.CD013257.pub3.
- Guler GD, Ning Y, Coruh C, Mognol GP, Phillips T, Nabiyouni M, Hazen K, Scott A, Volkmuth W, Levy S. Plasma cell-free DNA hydroxymethylation profiling reveals anti-PD-1 treatment response and resistance biology in non-small cell lung cancer. J Immunother Cancer. 2024 Jan 11;12(1):e008028. doi: 10.1136/jitc-2023-008028.
- Shao J, Xu Y, Olsen RJ, Kasparian S, Sun K, Mathur S, Zhang J, He C, Chen SH, Bernicker EH, Li Z. 5-Hydroxymethylcytosine in Cell-Free DNA Predicts Immunotherapy Response in Lung Cancer. Cells. 2024 Apr 19;13(8):715. doi: 10.3390/cells13080715.
- Li Q, Huang CC, Huang S, Tian Y, Huang J, Bitaraf A, Dong X, Nevalanen MT, Patel M, Wong J, Zhang J, Manley BJ, Park JY, Kohli M, Gore EM, Kilari D, Wang L. 5-hydroxymethylcytosine sequencing in plasma cell-free DNA identifies unique epigenomic features in prostate cancer patients resistant to androgen deprivation therapies. medRxiv [Preprint]. 2024 Oct 17:2023.10.13.23296758. doi: 10.1101/2023.10.13.23296758.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Odhadovaný)
Dokončení studie (Odhadovaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Odhadovaný)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 23228/EpiDRIVE
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Popis plánu IPD
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .