Utveckling av ett cfDNA 5mC/5hmC-baserat biomarkörpanel för att förutsäga effekten av målinriktad terapi vid mCRC (EpiDRIVE)

Patienter med metastaserad kolorektalcancer (mCRC) som fick EGFR- eller VEGF-riktad terapi och uppnådde en progressionsfri överlevnad (PFS) ≥ 12 månader, klassificerades som kliniska respondenter.

Pre-behandlings plasma cfDNA-prover analyserades med genomomfattande 5mC/5hmC-sekvensering för att identifiera epigenetiska bestämningsfaktorer associerade med ihållande behandlingsrespons.

Patienter med mCRC som fick EGFR- eller VEGF-riktad terapi och visade progressionsfri överlevnad (PFS) < 12 månader, klassificerade som icke-svarare.

Pre-behandlings cfDNA-prover analyserades med hjälp av genombredd 5mC/5hmC-sekvensering och jämfördes med lång-PFS-svarare för att identifiera differentiella metylerings- och hydroxymetyleringsmönster förknippade med resistens.

Oberoende mCRC-kohort med PFS ≥ 12 månader efter EGFR- eller VEGF-riktad terapi.

Kandidat-cfDNA 5mC/5hmC-markörer som identifierades i upptäcktsfasen validerades med riktad sekvensering (EpiDRIVE-analys) för att konstruera den prediktiva epigenetiska biomarkörspanelen.

Separat valideringskohort av mCRC-patienter som uppnått PFS ≥ 12 månader under EGFR- eller VEGF-riktad terapi.

qPCR-baserad EpiDRIVE-analys användes för att bekräfta den prediktiva noggrannheten hos cfDNA 5mC/5hmC-biomarkörpanelen i att identifiera långvariga respondenter.

Oberoende valideringskohort av mCRC-patienter med PFS < 12 månader efter målinriktad terapi.

cfDNA analyserades med den qPCR-baserade EpiDRIVE-analysen för att bedöma modellens specificitet och särskilja icke-responderare från långtidsresponderare.