Vliv specifických antibiotických terapií na prevalenci lidských hostitelských rezistentních bakterií (SATURN)

Provedeme observační longitudinální prospektivní studii ve 3 nemocnicích na jednotkách s vysokou prevalencí rezistentních organismů. Souhlasící pacienti budou při přijetí vyšetřeni na přenos AMR organismů a ti, u kterých bylo zjištěno, že jsou přenašeči cílového ARB, budou zahrnuti do longitudinální studie. Ke zlepšení výtěžnosti screeningu můžeme použít stratifikaci rizika na základě rizikových faktorů identifikovaných v každém centru. Pacienti zařazení do longitudinální studie budou požádáni, aby poskytovali sériové vzorky stolice každé 2-3 dny během hospitalizace (rektální výtěr bude povolen jako náhrada za vzorek stolice po vyvinutí vhodné metodiky pro korelaci mezi vzorky stolice a výtěry z konečníku).

Tyto vzorky budou analyzovány pomocí kvantitativních kultur na počet rezistentních organismů a vzorky budou podrobeny kvantitativní PCR v reálném čase ke kvantifikaci rezistentních genů (CTX-M, TEM, SHV, KPC, VIM podle potřeby). Souběžně s tím bude pomocí podobných metod zkoumána a kvantifikována kontaminace životního prostředí. Denně budou shromažďována data týkající se antibiotické léčby, jiných léků, klinických parametrů, pohybů střev a přítomnosti průjmu a různých PK/PD indexů. Cílová antibiotika pro tuto studii zahrnují látky běžně používané v nemocničním prostředí včetně chinolonů, cefalosporinů, piperacilinu/tazobaktamu, ertapenemu, imipenemu, doripenemu, metronidazolu, klindamycinu a aminoglykosidů. Bude zkoumáno trvání, sekvenční pořadí léčby a PK/PD indexy. Jako důležitý cílový bod budou zkoumány účinky chirurgické antibiotické profylaxe. Účinky cílových antibiotik/tříd na selekci, obohacení a šíření cílových AMR organismů. Budou provedeny analýzy za účelem srovnání: 1. účinků různých antibiotik 2. účinku délky terapie 3. trvání účinku (doléčení). 4. Účinky PK/PD indexů.

Sekundární analýza bude zkoumat riziko rozvoje infekcí jako funkci různých faktorů včetně doby a zátěže přenášením rezistentních organismů a expozice antibiotikům. Bude provedena korelace s klinickými izoláty, včetně typizace, genové a plasmidové analýzy pro stanovení korelace mezi kolonizujícími a infikujícími kmeny. Bude proveden experiment simulující kontakt s pacientem, aby se prozkoumala kontaminace rukou, rukavic a plášťů po kontaktu s cílem korelovat mezi kontaminací životního prostředí a kontaminací zdravotnických pracovníků. Další práce budou prováděny na profilování bakteriálních komunit technikami DNA fingerprintingu pomocí délkové heterogenity (LH-PCR) a automatizované analýzy ribozosmálních vnitřních mezerníků (ARISA) na vzorku studovaných pacientů.