Impact des thérapies antibiotiques spécifiques sur la prévalence des bactéries résistantes à l'hôte humain (SATURN)

Nous allons mener une étude prospective longitudinale observationnelle dans 3 hôpitaux dans des unités à forte prévalence d'organismes résistants. Les patients consentants feront l'objet d'un dépistage du portage d'organismes RAM à l'admission, et ceux qui seront porteurs de l'ARA cible seront inclus dans l'étude longitudinale. Pour améliorer le rendement du dépistage, nous pouvons utiliser une stratification des risques basée sur les facteurs de risque identifiés dans chaque centre. Les patients inclus dans l'étude longitudinale seront invités à fournir des échantillons de selles en série tous les 2-3 jours pendant l'hospitalisation (un écouvillon rectal sera autorisé en remplacement d'un échantillon de selles, après avoir développé une méthodologie appropriée pour établir une corrélation entre les échantillons de selles et les écouvillons rectaux).

Ces échantillons seront analysés à l'aide de cultures quantitatives pour le nombre d'organismes résistants, et les échantillons seront soumis à une PCR quantitative en temps réel pour quantifier les gènes résistants (CTX-M, TEM, SHV, KPC, VIM selon les besoins). En parallèle, la contamination environnementale sera examinée et quantifiée à l'aide de méthodes similaires. Des données seront recueillies quotidiennement concernant le traitement antibiotique, les autres médicaments, les paramètres cliniques, les selles et la présence de diarrhée, ainsi que divers indices PK/PD. L'antibiotique cible de cette étude comprend des agents couramment utilisés en milieu hospitalier, notamment les quinolones, les céphalosporines, la pipéracilline/tazobactam, l'ertapénème, l'imipénème, le doripénème, le métronidazole, la clindamycine et les aminoglycosides. La durée, l'ordre séquentiel du traitement et les indices PK/PD seront examinés. Les effets de la prophylaxie antibiotique chirurgicale seront examinés en tant que point final important. Les effets des agents/classes d'antibiotiques cibles sur la sélection, l'enrichissement et la propagation des organismes cibles de la RAM. Des analyses seront menées pour comparer : 1. les effets de divers antibiotiques 2. l'effet de la durée du traitement 3. la durabilité de l'effet (post-traitement). 4. Les effets des indices PK/PD.

Une analyse secondaire examinera le risque de développer des infections en fonction de divers facteurs, notamment le temps et la charge de transport d'organismes résistants et d'exposition aux antibiotiques. La corrélation avec les isolats cliniques sera effectuée, y compris le typage, les analyses de gènes et de plasmides pour déterminer la corrélation entre les souches colonisatrices et infectantes. Une expérience simulant le contact avec le patient sera menée pour examiner la contamination des mains, des gants et des blouses après contact afin d'établir une corrélation entre la contamination environnementale et la contamination des travailleurs de la santé. Des travaux supplémentaires seront menés sur le profilage des communautés bactériennes par des techniques d'empreintes génétiques utilisant l'hétérogénéité de longueur (LH-PCR) et l'analyse automatisée de l'espaceur interne ribosomique (ARISA) sur un échantillon des patients étudiés.