Wpływ specyficznych terapii antybiotykowych na częstość występowania bakterii opornych na żywiciela ludzkiego (SATURN)

Przeprowadzimy obserwacyjne podłużne badanie prospektywne w 3 szpitalach na oddziałach o dużej prewalencji drobnoustrojów opornych. Pacjenci, którzy wyrażą na to zgodę, zostaną poddani badaniu przesiewowemu pod kątem nosicielstwa organizmów opornych na środki przeciwdrobnoustrojowe przy przyjęciu, a ci, u których wykaże się, że są nosicielami docelowego ARB, zostaną włączeni do badania podłużnego. Aby poprawić wydajność badań przesiewowych, możemy zastosować stratyfikację ryzyka opartą na czynnikach ryzyka zidentyfikowanych w każdym ośrodku. Pacjenci włączeni do badania podłużnego będą proszeni o dostarczanie seryjnych próbek kału co 2-3 dni podczas hospitalizacji (wymaz z odbytnicy będzie dozwolony jako zamiennik próbki kału, po opracowaniu odpowiedniej metodologii korelacji między próbkami kału a wymazami z odbytu).

Próbki te zostaną przeanalizowane przy użyciu kultur ilościowych pod kątem liczby organizmów opornych, a próbki zostaną poddane ilościowej reakcji PCR w czasie rzeczywistym w celu ilościowego określenia genów oporności (CTX-M, TEM, SHV, KPC, VIM zgodnie z wymaganiami). Równolegle podobne metody będą badane i określane ilościowo zanieczyszczenie środowiska. Codziennie będą zbierane dane dotyczące antybiotykoterapii, innych leków, parametrów klinicznych, wypróżnień i obecności biegunki oraz różnych wskaźników PK/PD. Antybiotyki docelowe w tym badaniu obejmują środki powszechnie stosowane w warunkach szpitalnych, w tym chinolony, cefalosporyny, piperacylinę/tazobaktam, ertapenem, imipenem, dorypenem, metronidazol, klindamycynę i aminoglikozydy. Zbadany zostanie czas trwania, kolejność leczenia i wskaźniki PK/PD. Efekty chirurgicznej profilaktyki antybiotykowej zostaną zbadane jako ważny punkt końcowy. Wpływ docelowych środków/klas antybiotyków na selekcję, wzbogacenie i rozprzestrzenianie się docelowych organizmów opornych na środki przeciwdrobnoustrojowe. Prowadzone będą analizy porównujące: 1. działanie różnych antybiotyków 2. efekt czasu trwania terapii 3. trwałość efektu (po leczeniu). 4. Wpływ wskaźników PK/PD.

Przeprowadzona zostanie wtórna analiza ryzyka rozwoju infekcji w zależności od różnych czynników, w tym czasu i ładunku nosicielstwa opornych organizmów oraz ekspozycji na antybiotyki. Zostanie przeprowadzona korelacja z izolatami klinicznymi, w tym typowanie, analizy genów i plazmidów w celu określenia korelacji między szczepami kolonizującymi i infekującymi. Eksperyment symulujący kontakt z pacjentem zostanie przeprowadzony w celu zbadania zanieczyszczenia rąk, rękawiczek i fartuchów po kontakcie w celu skorelowania skażenia środowiska z zanieczyszczeniem pracowników służby zdrowia. Dodatkowe prace będą prowadzone nad profilowaniem społeczności bakteryjnych za pomocą technik pobierania odcisków palców DNA z wykorzystaniem heterogeniczności długości (LH-PCR) i automatycznej analizy rybosomalnego wewnętrznego przerywnika (ARISA) na próbce badanych pacjentów.