Effekten av specifika antibiotikaterapier på förekomsten av mänskliga värdresistenta bakterier (SATURN)

Vi kommer att genomföra en observationell longitudinell prospektiv studie på 3 sjukhus på enheter med hög prevalens av resistenta organismer. Patienter som samtycker kommer att screenas för bärande av AMR-organismer vid intagningen, och de som visar sig vara bärare av mål-ARB kommer att inkluderas i den longitudinella studien. För att förbättra resultatet av screening kan vi använda riskstratifiering baserad på riskfaktorer som identifieras vid varje center. Patienter som ingår i den longitudinella studien kommer att uppmanas att tillhandahålla seriella avföringsprover varannan till var tredje dag under sjukhusvistelsen (rektal pinnprover kommer att tillåtas som ersättning för avföringsprover, efter att ha utvecklat lämplig metodik för att korrelera mellan avföringsprover och rektala pinnprover).

Dessa prover kommer att analyseras med hjälp av kvantitativa kulturer för antalet resistenta organismer, och prover kommer att bli föremål för kvantitativ realtids-PCR för att kvantifiera resistenta gener (CTX-M, TEM, SHV, KPC, VIM efter behov). Parallellt kommer miljöföroreningar att undersökas och kvantifieras med liknande metoder. Data kommer att samlas in dagligen om antibiotikabehandling, andra mediciner, kliniska parametrar, tarmrörelser och förekomst av diarré samt olika PK/PD-index. Målantibiotikumet för denna studie inkluderar vanliga medel i sjukhusmiljö, inklusive kinoloner, cefalosporiner, piperacillin/tazobactam, ertapenem, imipenem, doripenem, metronidazol, klindamycin och aminoglykosider. Varaktigheten, behandlingsordningen i följd och PK/PD-index kommer att undersökas. Effekterna av kirurgisk antibiotikaprofylax kommer att undersökas som en viktig slutpunkt. Effekterna av målantibiotikamedlen/klasserna på urval, anrikning och spridning av mål-AMR-organismer. Analyser kommer att utföras för att jämföra: 1. effekterna av olika antibiotika 2. effekten av behandlingens varaktighet 3. effektens varaktighet (efterbehandling). 4. Effekterna av PK/PD-index.

Sekundär analys kommer att undersöka risken för att utveckla infektioner som funktion av olika faktorer inklusive tid och belastning av transport av resistenta organismer och exponering för antibiotika kommer att utföras. Korrelation med kliniska isolat kommer att utföras inklusive typning, gen- och plasmidanalyser för att fastställa korrelation mellan koloniserande och infekterande stammar. Experiment som simulerar patientkontakt kommer att genomföras för att undersöka kontaminering av händer, handskar och klänningar efter kontakt för att korrelera mellan miljökontamination och kontaminering av vårdpersonal. Ytterligare arbete kommer att utföras på att profilera bakteriesamhällen genom DNA-fingeravtryckstekniker med längdheterogenitet (LH-PCR) och automatiserad ribosomal intern spaceranalys (ARISA) på ett prov av de studerade patienterna.