Personalizovaný onkogenomický (POG) program Britské Kolumbie

Karcinogeneze je nesmírně složitý proces, takže i v rámci histologického podtypu rakoviny - například adenokarcinomu plic nebo prsu - existuje významná variabilita v chování rakoviny a odpovědi na terapii. Analýzy jednotlivých pacientů prokazují jedinečné molekulární podpisy pro každý vyšetřovaný nádor. Na růstu a progresi onemocnění se často podílí více různých cest a dominantní proces se liší od člověka k člověku a možná dokonce v různých místech onemocnění u jedné osoby. Tyto variace se také vyvíjejí v reakci na léčbu.

Rozpoznání genetických aberací, které podporují onemocnění, usnadňuje cílenou léčbu; to bylo prokázáno u několika malých podskupin rakovin, u kterých byly specifické genetické mutace nebo translokace úspěšně léčeny cílenými chemoterapeutickými látkami. S mnoha rozpoznanými mutacemi a aberacemi může personalizované vyhodnocení genetického podpisu zakódovaného v DNA a RNA poskytnout důležité diagnostické informace a potenciálně umožnit cílenou terapii na vhodnou onkologickou dráhu, a tím poskytnout informace, které pomohou při výběru chemoterapie.

Náš počáteční pilotní projekt prokázal proveditelnost tohoto přístupu v našem zařízení (se 100 pacienty). Nyní víme, že je možné identifikovat a souhlasit s pacienty, sekvenovat genom a transkriptom, analyzovat a hlásit abnormality a identifikovat potenciální akceschopné cíle v klinicky relevantním časovém rámci.

Program Personalized OncoGenomics (POG) funguje v celé provincii BC od roku 2012. Počáteční dvouletá fáze vytvořila infrastrukturu a pracovní postup, pomocí kterého mohli být pacienti s metastatickými nebo nevyléčitelnými rakovinami identifikováni, schváleni a biopsii pro genomové sekvenování v klinicky akreditované laboratoři (Laskin et al., 2015). Další fáze programu POG (2014 – 2017) zahrnovala silný vzdělávací proces a proces zapojení, takže 83 (80 %) lékařských onkologů v BC Cancer bylo vyškoleno, aby souhlasili a zapsali pacienty do POG. To znamená, že onkologická komunita v BC má široké vzdělání v oblasti genomiky rakoviny a toho, jak lze tato data aplikovat na jednotlivé pacienty. Od roku 2017 byl program začleněn do oddělení klinických studií fáze 1 Vancouver Cancer Centre a zaměření se přesunulo tak, aby využívalo pacientů a dat studie k řešení cílenějších klinických terapeutických studií, jako je studie CCTG CAPTUR (Skamene et al., 2018 ). WGTA podobná POG byla hybnou silou vytvoření sítě Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), což je národní program pro sdílení genomických dat o rakovině v celé Kanadě.

Zastřešujícím tématem tohoto programu POG je vytvořit komplexní katalogizaci somatických rakovinových mutací a abnormalit buněčných cest, které by mohly přinést hluboký vhled do genetických vzorců, které jsou základem konkrétních fenotypů rakoviny, a poskytnout cenné prognostické a prediktivní informace.

Způsobilým subjektům bude analyzováno několik vzorků: biopsie čerstvého nádoru (obvykle je vyžadováno 5 jader), vzorek krve pro normální srovnání a archivní nádory, pokud jsou k dispozici. Technologie se také zlepšila, takže můžeme zvážit použití materiálů zalitých v parafínu. Provádí se komplexní sekvenování DNA a RNA, po kterém následuje hloubková bioinformatická analýza k identifikaci somatických mutací, změn genové exprese nebo jiných abnormalit, které mohou být "hnací silou" rakoviny nebo poskytnout akceschopné (diagnostické) nebo léčitelné cíle. Tým POG se schází každý týden, aby prodiskutoval podrobné genomické zprávy pro pacienty, v případě potřeby zvážil další ověřovací testy a prodiskutoval otázky výzkumu. Lékaři (typicky 5-10) se na základě těchto výsledků shodnou na tom, jaké systémové terapie by mohly být vhodné. Kdykoli je to možné, jsou subjekty přiřazovány klinickým studiím.