Personalized Oncogenomics (POG) Program i British Columbia

Carcinogenese er en uhyre kompleks proces, således at selv inden for en histologisk cancersubtype - for eksempel adenocarcinom i lungen eller brystet - er der betydelig variation i canceradfærd og respons på terapi. Analyser af individuelle patienter viser unikke molekylære signaturer for hver undersøgt kræftsygdom. Ofte er flere forskellige veje involveret i sygdomsvækst og -progression, og den dominerende proces varierer fra person til person og måske endda inden for forskellige sygdomssteder inden for en person. Også disse variationer udvikler sig som reaktion på behandlingen.

Anerkendelse af genetiske afvigelser, der fremmer sygdom, letter målrettet behandling; dette er blevet påvist i flere små undergrupper af cancere, hvor specifikke genetiske mutationer eller translokationer er blevet behandlet med succes med målrettede kemoterapimidler. Med mange anerkendte mutationer og aberrationer kan personlig evaluering af den genetiske signatur kodet i DNA og RNA give vigtig diagnostisk information og potentielt muliggøre rettet terapi til den passende onkologiske vej og derved give information til at hjælpe med at vejlede valg af kemoterapi

Vores første pilotprojekt viste gennemførligheden af ​​denne tilgang på vores institution (med 100 patienter). Vi ved nu, at det er muligt at identificere og give samtykke til patienter, sekvensere genomet og transkriptomet, analysere og rapportere abnormiteter og identificere potentielle handlingsrettede mål inden for en klinisk relevant tidsramme.

Personalized OncoGenomics (POG)-programmet har været operationelt i hele BC-provinsen siden 2012. Den indledende to-årige fase etablerede infrastrukturen og arbejdsgangen, hvormed patienter med metastaserende eller uhelbredelig cancer kunne identificeres, give samtykke og biopsieres til genomisk sekventering i et klinisk akkrediteret laboratorium (Laskin et al., 2015). Den næste fase af POG-programmet (2014 - 2017) omfattede en stærk uddannelses- og engagementsproces, således at 83 (80%) af de medicinske onkologer hos BC Cancer blev trænet i at give samtykke og indskrive patienter til POG. Det betyder, at det onkologiske samfund i BC har en bred uddannelse i cancergenomik, og hvordan disse data kan anvendes på individuelle patienter. Siden 2017 har programmet været integreret i Vancouver Cancer Centres fase 1 kliniske forsøgsenhed, og fokus er flyttet til at bruge undersøgelsens patienter og data til at adressere mere fokuserede kliniske terapeutiske forsøg såsom CCTG CAPTUR-studiet (Skamene et al., 2018) ). POG-lignende WGTA har været drivkraften bag oprettelsen af ​​Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), som er et nationalt program for kræftgenomisk datadeling på tværs af Canada.

Det overordnede tema for dette POG-program er at skabe en omfattende katalogisering af somatiske cancermutationer og cellulære pathway-abnormaliteter, der kunne generere dybtgående indsigt i genetiske mønstre, der ligger til grund for særlige cancerfænotyper, og give værdifuld prognostisk og forudsigelig information.

Kvalificerede forsøgspersoner vil få analyseret flere prøver: en frisk tumorbiopsi (typisk kræves 5 kerner), en blodprøve til normal sammenligning og arkivtumorer, når de er tilgængelige. Teknologien er også blevet forbedret, så vi kan overveje at bruge paraffinindlejrede materialer. Omfattende DNA- og RNA-sekventering udføres efterfulgt af en dybdegående bioinformatisk analyse for at identificere somatiske mutationer, genekspressionsændringer eller andre abnormiteter, der kan være "drivere" til kræft eller give handlingsegnede (diagnostiske) eller medicinbare mål. POG-teamet mødes hver uge for at diskutere de detaljerede genomiske rapporter for patienter, overveje yderligere valideringstest, når det er nødvendigt, og debattere forskningsspørgsmål. Klinikerne (typisk 5 - 10) kommer til enighed om, hvilke systemiske terapier der kan være passende baseret på disse resultater. Når det er muligt, matches forsøgspersoner til kliniske forsøg.