Personalized Oncogenomics (POG) Program i British Columbia

Karcinogenes är en oerhört komplex process så att även inom en histologisk cancersubtyp - till exempel adenokarcinom i lungan eller bröstet - finns det betydande variationer i cancerbeteende och respons på terapi. Analyser av enskilda patienter visar unika molekylära signaturer för varje undersökt cancer. Ofta är flera olika vägar involverade i sjukdomstillväxt och -progression och den dominerande processen varierar från person till person och kanske till och med inom olika sjukdomsställen inom en person. Även dessa variationer utvecklas som svar på behandlingen.

Att känna igen genetiska avvikelser som främjar sjukdom underlättar riktad behandling; detta har visats i flera små undergrupper av cancer där specifika genetiska mutationer eller translokationer framgångsrikt har behandlats med riktade kemoterapimedel. Med många erkända mutationer och avvikelser kan personlig utvärdering av den genetiska signaturen kodad i DNA och RNA ge viktig diagnostisk information och potentiellt möjliggöra riktad terapi till lämplig onkologisk väg och därigenom ge information som hjälper till att vägleda val av kemoterapi

Vårt första pilotprojekt visade på genomförbarheten av detta tillvägagångssätt vid vår institution (med 100 patienter). Vi vet nu att det är möjligt att identifiera och godkänna patienter, sekvensera genomet och transkriptomet, analysera och rapportera abnormiteter och identifiera potentiella handlingsbara mål inom en kliniskt relevant tidsram.

Programmet Personalized OncoGenomics (POG) har varit i drift i hela provinsen BC sedan 2012. Den första tvååriga fasen etablerade infrastrukturen och arbetsflödet genom vilka patienter med metastaserande eller obotlig cancer kunde identifieras, samtyckas och biopsieras för genomisk sekvensering i ett kliniskt ackrediterat labb (Laskin et al., 2015). Nästa fas av POG-programmet (2014 - 2017) inkluderade en stark utbildnings- och engagemangsprocess så att 83 (80 %) av de medicinska onkologer vid BC Cancer utbildades i att ge sitt samtycke och registrera patienter till POG. Detta innebär att onkologisamfundet i BC har en bred utbildning i cancergenomik och hur dessa data kan tillämpas på enskilda patienter. Sedan 2017 har programmet integrerats i Vancouver Cancer Centres fas 1 kliniska prövningsenhet och fokus har flyttats till att använda studiepatienter och data för att ta itu med mer fokuserade kliniska terapeutiska prövningar som CCTG CAPTUR-studien (Skamene et al., 2018) ). POG-liknande WGTA har varit den drivande kraften bakom skapandet av Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN) som är ett nationellt program för cancergenomisk datadelning över hela Kanada.

Det övergripande temat för detta POG-program är att skapa en omfattande katalogisering av somatiska cancermutationer och cellulära vägavvikelser som kan generera djupgående insikter i genetiska mönster som ligger till grund för särskilda cancerfenotyper, och ge värdefull prognostisk och prediktiv information.

Berättigade försökspersoner kommer att få flera prover analyserade: en ny tumörbiopsi (vanligtvis krävs 5 kärnor), ett blodprov för normal jämförelse och arkivtumörer när sådana finns tillgängliga. Tekniken har också förbättrats så att vi kan överväga att använda paraffininbäddade material. Omfattande DNA- och RNA-sekvensering utförs följt av en djupgående bioinformatisk analys för att identifiera somatiska mutationer, genuttrycksförändringar eller andra abnormiteter som kan vara "drivkrafter" för cancer eller tillhandahålla handlingsbara (diagnostiska) eller drogbara mål. POG-teamet träffas varje vecka för att diskutera de detaljerade genomiska rapporterna för patienter, överväga ytterligare valideringstester vid behov och diskutera forskningsfrågor. Läkarna (vanligtvis 5 - 10) kommer till enighet om vilka systemiska terapier som kan vara lämpliga baserat på dessa resultat. Närhelst det är möjligt matchas försökspersonerna till kliniska prövningar.